1963年起，隨著國內政治形勢的變化，“在對待知識分子問題、教育科學文化問題上發生了愈來愈嚴重的左的偏差”。關於中小學學製，當時提出“學製要縮短，教育要革命”的方針。1964年2月，中共中央成立學製研究小組，研究和草擬學製改革方案，提出加快小學五年一貫製的試驗步伐，擴大試點麵。並從1965年秋起，進行四年製中學和分科予備學校的試點工作。但是，所有這些計劃、方案，連同正在進行的試驗，都因“文化革命”的開始而中斷，從而結束了從1958年開始延續了七、八個年頭的第二次中小學學製的改革。
這一時期的中小學學製改革，除了1958年外，主要是在部分學校進行改革的試驗，但在指導思想上是試圖對中小學學製進行全麵改革，與五十年代初的第一次改革相比，不單是縮短小學學製，而且開始變更中學學製，其學製年限的變化也最多；整個學製改革的進程也與這一時期的政治形勢緊密相連。改革進程雖然為“文化大革命”的興起所打斷，但是在學製改革問題上的急於求成的指導思想，思想批判開路，“群眾運動”的方法等都在“文化大革命”中得到進一步發展，“學製要縮短、教育要革命”還寫進了作為“文化大革命”綱領的中共中央《關於文化大革命的決定》中。
“文化大革命”一開始就徹底否定了中小學原來的學製，地方各級有關部門、學校都可以根據自擬的“教育革命方案”改變學製。但是在“左”的思想占主導地位的情況下，中小學九年製仍然成了我國中小學的基本學製。
3·第三次中小學學製改革
1976年10月粉碎了“四人幫”，“文化大革命”結束。為整頓經過十年動亂之後的中小學教育，原教育部於1978年1月頒發中小學統一的教學計劃，規定全日製中小學學製為十年製，小學五年，中學五年。中學五年按初中三年，高中二年分段。這是建國以來，中小學學製的又一次全麵的改革。這個規定否定了“文革”中出現的中小學九年製的學製，要求凡條件具備的九年製學校逐步過渡為十年製。它比中小學原有學製縮短了兩年，是建國以來由教育行政部門正式規定的中小學的最短的一個學製；由於教學計劃的安排，教材內容的要求都有所提高，脫離了當時中小學的實際，加重了師生的負擔。
1979年6月，教育部在北京市組織部分教育工作者座談討論學製改革問題。同時又發出通知，要求各地討論研究學製改革問題。1980年12月，中共中央、國務院作出《關於普及小學教育若幹問題的決定》，決定“中小學學製，準備逐步改為十二年製”。
(二)建國後中小學學製改革的啟示縱觀建國後三十多年來幾經起伏的中小學學製改革，盡管每次改革起止的直接原因，改革的具體內容和做法等都不盡相同，但卻留下了共同的經驗教訓。
1·建國後曆次中小學學製改革的提出，都是為當時的“政治鬥爭”服務的。五十年代末以後尤為明顯，先是貫徹“總路線”，克服所謂“中小學教育為少慢差費”。實現“教育在躍進”的重要措施，繼而是教育工作中“反右傾，實現更大躍進”的一個重要組成部分，再後又成了“反修防修”、“培養無產階級革命事業接班人”的“必要一步”。到了“文革”期間，是否讚成“學製要縮短”竟成了“革命還是不革命”的問題。這種一味跟著政治形勢搞學製改革的做法，違背了中小學教育的規律。政治形勢的多變使中小學學製長期處於不穩定狀態，這不僅影響了中小學教育質量的穩步提高，也使我國的基礎教育長期處於不穩定狀態。
學製是各級各類學校的係統，而中小學學製是核心。中小學學製的變動，不僅會引起中小學教育、教學、管理工作的變動，也會影響與中小學教育相銜接的各級專業教育結構的變動。因此，中小學學製一旦確定，就應當在一個相當長的時期內保持穩定，以利於穩定學校教育事業，建立科學的教育體係，穩步提高教育質量。另一方麵，社會政治經濟製度的變革，人類文化科學技術的進步，教育科學的發展，少年兒童身心發展水平的變化等等，都會引發變動中小學學製的要求，但是，一種中小學學製的確立，是一個逐步形成的過程，它要受上述社會的、政治的、經濟的、教育的諸方麵因素的製約，而又必須以能完成中小學教育的任務為最終目標。所以中小學學製改革是一個非常複雜的問題。需要進行長期的綜合考察研究。