在國民黨發動的力圖控製中國的運動中，排外主義浪潮繼續有增無減。因此，亞洲艦隊在1926年的活動主要是保護在華美國人的生命安全和特權。
蔣介石於1925年10月打敗了廣東省的軍閥，隨後他就開始鞏固自己對國民黨的控製。他的主要對手是由中國共產黨控製的共產主義左派組織和他們的俄國顧問。黨內的這一派人要求國民黨立即著手在廣東省建立一個社會主義國家。省港大罷工和抵製英貨的鬥爭給他們的這種活動提供了一個重要基礎。1925年“五卅”事件爆發之後，香港立刻就於6月初舉行罷工，這次罷工也是國民黨蓄意使用的一個計策，目的是要把中國人民的排外情緒集中到一個鮮明的目標之上。國民黨希望加強自己對中國懼洋仇外情緒的控製，因此他們有意把英國挑選出來作為目標(另一個目標自然就是日本，但是沒被選上)，因為：第一，英國在華南地區的經濟利益處於領先地位，另外“英國政界一些新的成員正在作出讓步，允許附屬國各抒己見；第二，對它的經濟打擊不會過重，不至於嚴重到使它進行報複的程度[而日本則將進行報複]”。
省港大罷工和抵製英貨的運動得到廣州的中國共產黨黨員的資助，並由他們控製，這場罷工一直到1926年10月方才結束。但在這一年3月，蔣介石對廣州政府中的中國共產黨領導人采取了行動。他大量裁減了對罷工的經濟援助，4月間他施加影響，使自己當選為國民黨軍事委員會主席。
蔣介石隨即一味堅持要發動北伐戰爭，以便統一全中國。他認為，用武力征服華中、華北地區比在政治上鞏固廣東地區更為重要，應給予優先考慮。5月中旬，蔣介石又把自己任命為國民革命軍代理總司令，並命令革命軍的先鋒部隊北上挺進湖南省。這就是北伐戰爭的開端。到6月4日，蔣介石在黨內的勢力已十分強大，他被任命為北伐軍總司令，並命令外交部長陳友仁開始同英國人進行談判，以便解決罷工問題。
北伐戰爭一直到1928年12月才結束，但在同一年夏天國民革命軍攻陷北京時，北伐戰爭的主要目標已經實現。北伐戰爭的對手名義上是北洋政府，但實際上這個政府在1926年到1928年期間已是四分五裂，徒有其名，早已成為各派軍閥你爭我奪的對象，而這些軍閥才是國民革命軍真正的軍事對手。
這些擁有軍權政權的軍閥都試圖各占一方，建立自己的權勢，他們中絕大部分也力爭在全國範圍建立權勢。在這些軍閥中稱雄稱霸的有四位軍閥，他們在不同情況下，要麼是互結聯盟，要麼是相互抗衡，有效地控製了北京政府。這四位“超級軍閥”是權力根據地位於華中的吳佩孚；發跡於中國西北甘肅省的“基督將軍”馮玉祥；得到中國西北山西省支持的“模範省長”閻錫山；還有“滿洲虎”張作霖。張作霖和吳佩孚曾分別得到過日本和英國的支持，他們兩位都是保守派，在二十年代中他們都被各自的外國老板所拋棄，沒等北伐戰爭結束兩人就垮台了。馮玉祥和閻錫山都比較進步。雖然他們在政治上都是獨裁統治者，但他們在各自控製的地區內都進行了經濟和社會改革，試圖實現現代化。他們兩人後來都同蔣介石結為聯盟。
蔣介石擁有一些訓練有素的部隊，他們紀律嚴明，受過大量的思想教育。但是隨著北伐戰爭的展開，國民革命軍迅速龐大起來，並且變得難以控製。國民革命軍急需擴充兵力，他們主要有兩大兵力來源，也就是農民和被打敗的軍閥部隊。隻要有時間，從農村來的新兵就能受到訓練，並可以向他們進行係統的思想教育。其實，隻要向他們提供糧食，並讓他們感到自己是國家的一員，這也許就足夠使他們效忠盡力了。但是被打敗的軍閥部隊卻不一樣，他們往往都是一些雇傭軍，其中有些完全是十足的雇傭兵，如吳佩孚的部下孫傳芳雇傭過白俄炮兵和騎兵，這種雇傭兵對國民革命軍毫無用處。另外還有一些部隊，如張作霖的滿洲兵，他們隻是出於對自己統帥和對自己故土的忠誠才來參軍打仗，隻要能贏得他們的效忠，這些士兵就能成為國民革命軍中卓有價值的成分。
在北伐戰爭中爆發過許多大規模的戰鬥，這些戰鬥切斷了交通，使得大批百姓無家可歸，同時也危及在華外國僑民的利益。但是北伐戰爭所產生的政治影響使得在華外國僑民的未來遭到了更為嚴重的破壞。國民黨發動運動，號召中國人民團結起來，接受它的綱領，這一運動的一大主題就是反帝排外。
外國勢力在中國的存在，最明顯的現象莫過於他們的傳教活動和商業活動，因此這些活動便成了國民黨宣傳的主要目標，在某些情況下，它們甚至成了攻擊的對象。一張1925年的宣傳標語對那種“由不平等條約帶來的製度”不勝哀歎，這些條約“長期以來已使中國不斷沉淪，現在還不及那些被征服的殖民地”。北洋政府和廣州政府的官員都試圖通過外交努力廢除或修改關稅和治外法權條約。但中國大眾百姓根本看不到這些活動，在他們眼裏，外國勢力在中國的存在就是那些租界、商船和傳教士，他們力求向這些從外麵闖入中國的、肉眼可見的東西發動進攻。
北伐戰爭也把外國人的利益牽涉在內，因此這場戰爭必然要引起美國海軍的注意。隨著北伐軍向北挺進，接二連三的危機不斷出現，尤其是在北伐戰爭打到外國僑民聚居的長江流域和京津地區的時候，危機更是層出不窮。美國僑民受到的威脅和攻擊成了美國各領事館著手處理的主要問題，各領事館都迅速籲請海軍提供援助。
威廉士海軍上將在1925-1926年冬天按照常例巡視了菲律賓和東南亞地區，直到1926年5月才回到中國。亞洲艦隊經過在菲律賓水域的冬季維修和訓練之後，已被認為“普遍都有所改善，……隻有較老的內河炮艦除外。艦隊大部分軍艦都於4月底或5月初進入華北地區的夏季崗位。但是從前一年冬天起，一支由五艘驅逐艦組成的分艦隊就一直在中國海域執行“緊急巡邏任務”，因此這幾艘軍艦錯過了在菲律賓進行維修的機會。這支分艦隊總部設在上海，它曾訪問過漢口和其他通商口岸。
冬季，海軍在直隸灣的代表是駐在大沽的美國“艾什維爾號”炮艦。這年冬天，由於沒有出現危機，這艘炮艦上的官兵常同天津領事館的官員們一起進行一些收集情報的旅行。這隻是一種附帶性的任務，艦隊的主要任務是要保持“存在”，也就是試圖靠美國戰艦的不時出現來維持和平。要實現這一目標，必須把艦隊驅逐艦艦隻的三分之一留駐在中國水域。威廉士海軍上將指出：“由於缺乏巡洋艦和適於航海的炮艦，隻能用驅逐艦來保護我們在華的國家利益。”威廉士之所以提出這一意見，是因為海軍作戰部長曾建議減少亞洲艦隊的驅逐艦。
威廉士不僅反對裁減他的驅逐艦實力，他還向駐北京外交界同事發出警報。馬慕瑞於2月2日打電報給國務卿，反對撤回任何一艘驅逐艦。這位公使爭辯說，現在“裁減任何軍艦都非常不合時宜。政治形勢和軍事形勢都動蕩不堪，難以料定，中國大眾的情緒十分激烈，大有一觸即發之勢，現在根本無法預測將會出現什麼情況”。馬慕瑞預計在近期內將會出現“排外騷動”，他指出，將來會需要海軍軍艦“迅速出發前往為數眾多的港口，保護美國人的生命財產”。
馬慕瑞對美國輪船在長江上遊不斷遭到騷擾深表關注。1926年1月8日發生的一起事件頗具典型性，美最時輪船公司的一艘“治平號”輪船由於負荷超重，無法起航。這是因為船員和乘客把大量私人貨物偷運上船，使得輪船無法安全航行。美最時輪船公司的美國老板C·R·考克斯向“埃爾卡諾號”炮艦艦長求援。艦長派遣一名軍官帶領十名武裝水兵登上了“治平號”輪船，在他們的威脅下，估計有五十噸私人貨物被卸下船來，輪船終於駛離了重慶。
1月28日，美最時輪船公司的另一艘輪船“宜林號”也塞滿了船貨單上不曾登記的貨物，根本不能起航，不然就會出事。“埃爾卡諾號”炮艦再次派出一支武裝衛隊，可是這一次船員拒絕把走私貨物卸下船去，因為船邊圍著無數舢板，舢板裏的人正在大聲嚷嚷，進行威脅，他們都將從這批貨物裏得到報酬。美國兵搬出兩個滅火龍頭，噴出水柱，把舢板趕到一邊，然後把約有四十五噸重的貨物扔進河裏。在這之後，一支由四人組成的美國衛隊又留在“宜林號”輪船上保護這艘輪船的船長，他是這艘船上唯一的一名外國人。
美最時輪船公司是美國在長江擁有的最大的輪船公司，它經常成為攻擊的目標。1925年10月發生了一起同此公司有關的嚴重事件，這一事件一直拖到1926年才得以解決。“埃爾卡諾號”派遣一支美國武裝衛隊登上“梅仁號”輪船進行護航，在輪船向上遊行駛的時候，岸上有人向船射擊，衛隊也開火還擊。沒有水手受傷，很明顯岸上也沒有傷亡。盡管這樣，指揮那些參預這一事件的中國部隊的將軍們卻於1926年1月12日提出訴訟，分別要求得到三萬美元和一萬三千一百五十六美元的賠償，據稱這是給那些在此事件中死亡的士兵家屬們的賠償。這幾位將軍威脅說，如果考克斯不了結此案，他們將要聯合起來抵製美最時輪船公司的輪船。輪船公司最後還是用金錢同將軍們達成了協議。但是采用這種策略勢必將把公司的美國老板趕出長江，然後再把美最時輪船公司也給趕出去。沿河將軍們慣用的戰術是一看到可以到手的輪船就搶占過來，運送自己的部隊。1926年2年11日，中國軍隊搶占了正在逆流而上的“宜林號”輪船，這時豪威爾海軍少校正在船上。他重申美國過去對這種作法提出過抗議，並質問帶頭的中國軍官是否知道唐將軍(名義上掌管這一段河段)已經命令停止征用商船。那位軍官說他當然知道這件事情，但是“唐將軍不在這裏，我們要[繼續幹]”。 1月28日，“埃爾卡諾號”再次接到請求，向一艘負荷超重的美最時輪船公司輪船派遣了一支武裝衛隊。這次“宜賓號”得到一支由四人組成的武裝衛隊的保護。如同上次“宜林號”一樣，他們用滅火龍頭把圍在船邊的舢板衝開，然後再把非法貨物拋入河中。
豪威爾海軍少校在他關於重慶之行的報告中，列舉了中國部隊為什麼向外國輪船和炮艦射擊的原因。其中一個原因是“這些士兵中很大一部分……都是十歲至十六歲的孩子”，他們向船開槍射擊“也許隻是因為輪船構成了一個流動的目標而已”。另外，船隻也可能遭到土匪和士兵的射擊，他們的目的是要把船截住，搶占船隻或者搶劫財物。豪威爾談到四川人偏狹的地方觀念，接著他又探討了如果在這裏爆發大規模排外活動，是否能對該省發動懲罰性遠征的可能性。他得出的結論指出，這種遠征“幾乎無法進行”，因此根本不應予以認真的考慮。
豪威爾海軍少校的報告結尾時顯得十分憂鬱：美最時輪船公司可能會被“趕出長江”，四川的形勢將“持續惡化”，除此之外，“帕洛斯號”和“摩諾克西號”“完全是力不從心”。美國如要取得勝利，就一定得向宜昌以上的長江地區派遣新型炮艦。他接著又把“帕洛斯號”和“摩諾克西號”貶為“愚不可及的錯誤”，因為它們馬力太小，根本無法保護輪船逆流而上，再說它們的載煤量也小得可憐，不得不依靠中國的煤場。
豪威爾海軍少校的報告頗有洞察力，其觀點同重慶領事瓦爾特·亞當斯前一年夏天提出的報告內容十分相似。就在這位海軍軍官結束這次旅行之後不久，駐北京的陸軍武官馬格魯德少校也提交了自己的報告：
根據領事報告，四川的排外情緒正在日益高漲。傳教士指出最近他們受到前所未有的攻擊，在重慶街頭，人們通常都把外國人喚作“洋狗子”。人們朝外國人吐唾沫，向他們的轎車拋擲泥塊和其他髒東西。幾乎每個星期都有排外遊行，……萬縣的軍人已向懸掛條約國國旗的船隻征稅，他們接二連三地征收貨品和過境稅等，幾乎達到嚴重妨礙船運的地步。
就在海軍在1926年年初滿足各方提出要求的同時，它仍然感受到前一年活動所留下的影響。艦隊總司令向海軍作戰部長報告說，在中國港口之間來回行駛的驅逐艦去年一年就消耗了“一百多萬加侖燃料油”。因此需要額外提供一百萬加侖的燃料油。在許多情況下都需要用油，一個典型的例子就是3月間威廉士答應美孚煤油公司的請求，同意派遣一艘驅逐艦前往汕頭。但是艦隊司令也向廣州的總領事抱怨，因為他認為這件事情根本不必請求援助。
3月間，華北出現了更為嚴重的對抗。3月2日，大沽的中國炮台向兩艘日本驅逐艦開炮射擊。日本驅逐艦進行還擊，但是相對來說它們傷亡更重，有一人死亡，八人受傷，其中兩人傷勢十分嚴重。與此同時，北京的中國政府宣布已在大沽布雷。駐北京外國代表們認為，這已不再是一件無足輕重的小事，而是中國試圖阻止外國軍艦在海河上航行的嚐試。這違反了《辛醜條約》的規定，也許還將成為試圖孤立北京城裏外國人的第一步。
馬慕瑞完全同意這一觀點，他打電報告訴華盛頓，可能有必要在華北地區建立“外國聯合防禦”。這時約瑟夫·格魯正擔任代理國務卿，他表示同意馬慕瑞的“態度”。柯立芝總統隨隨便便地就批準了格魯的行動，他對格魯說：“這件事情你懂得比我多。”這樣，馬慕瑞就同其他外國代表一起要求恢複海河的航行自由。中國立刻退了回去，並於3月18日宣布已經撤雷。
這一事件構成了格魯失寵於凱洛格的一大因素。國務卿於3月16日返回華盛頓，他對格魯說：“我了解到……在我離開華盛頓的時候，你已向中國宣戰。”凱洛格迅速否定了格魯的行動和馬慕瑞的“態度”。國務卿打電報告訴馬慕瑞公使：“我們的總政策是不用武力來實施條約特權，隻有在保護美國人生命時方能使用武力。”電報沒有提及保護財產這個問題。
亞洲艦隊並沒有受命向大沽派遣軍艦，但是艦隊的華南巡邏隊又遇到了一個老問題。梧州斯托特浸禮會醫院的學生和職員又要求掌管醫院的設備。在1925年6、7月間，這裏曾經發生過騷亂，後來西方職員重新開放了這所醫院，但是現在(1926年3月)由於他們不願把醫院交給“激進分子”控製，他們又決定重新關閉這所醫院。3月24日，學生用石塊攻擊這所醫院附屬的女子學校，並把學校封閉。兩天後，“帕姆帕恩加號”炮艦於3月26日趕到梧州。已在港內的一艘“昔卡達號”英國炮艦已經同意撤出醫院的西方職員，當“帕姆帕恩加號”趕到這裏時，它發現“一批批情緒激憤的煽動分子……一刻不停地圍著醫院大院，……他們一看到外國人就百般嘲弄，並進行威脅詛咒。”
“帕姆帕恩加號”炮艦艦長同當地的中國軍政領袖們進行了會談，會談之後他認識到如果這所醫院要繼續開放，就不得不把它交給中國人，除此之外，別無其他選擇。但是教會人員拒絕這樣做。因此他於4月1日給醫院貼上封條，予以關閉。西方職員決定離開這裏。在接下來的兩天裏，他們把絕大部分時間都用來搬運行李，把自己的行李搬到泊在“帕姆帕恩加號”邊上的一艘小輪船上。“約有三十件大行李和數不勝數的小行李”被安全地搬上輪船。他們還搬走了“X光儀器、手術儀器和牛痘苗”，他們認為這樣一來中國人就難以順當地使用這所醫院。傳教士們的這一想法似乎不無道理，因為他們認為中國人沒有能力使用西方現代化的儀器設備。在從事教學和醫療工作的美國傳教士中間，這種觀點十分流行，司空見慣，這也是中國人憎恨這些外國人的一個主要原因，按理說這些外國人來到中國本來應該幫助他們。學生騷動經常是要求增加中國人對西方人建立的機構的控製。“帕姆帕恩加號”艦長對這些傳教士也很惱火，但他並不是因為上述原因，而是因為這些傳教士“為了挽救一些毫無用處的古玩小擺設而使整個[撤離]計劃毫無必要地承擔風險”。
4月4日，醫院被人闖入搶劫一空。盡管這樣，那些百折不撓的傳教士們又於1926年9月再次返回梧州，重新開放斯托特醫院，這次他們事先征得了地方國民黨政府的同意。
精琦士總領事對海軍在梧州的工作大加讚賞，他在寫給馬慕瑞的信中指出：“達格爾艦長[“帕姆帕恩加號”艦長]判斷力異常正確”，避免了一場“武裝衝突”。但至少有一位著名傳教士持有異議。在北京的洛克菲勒基金會中國醫學董事會(協和醫學校)董事顧臨(羅傑·格林)醫生在給詹森的信中指出，美國在中國的軍事存在和海軍駐軍加劇了這裏的緊張局勢，並說“帕姆帕恩加號”的到來非但未能完成派給它的任務，反而使得“發生這種騷亂的危險”有所增加。