在對達爾文的公開抨擊中，亞當·塞奇威克說，“達爾文的理論不是歸納的——不是以一係列公認的事實為基礎的”（達爾文，1903，1：149頁注），而且，達爾文的方法“也不是真正的培根式的方法”（達爾文，1887，2：299）。他寫信給達爾文說：“你已經拋棄了……真正的歸納法”。但是，達爾文在他的《自傳》（1887，1：83）中聲明，他“應用真正的培根原理，而且絲毫不根據任何已經有的理論，極其廣泛地去搜羅事實”。達爾文非常高興地認識到“所采取的研究方法，無論從哪個方麵說，在哲學上都是正確的”（1903，1：189）。亨利·福西特告訴他，根據約翰·斯圖爾特·密爾的看法，達爾文的“推理，自始至終都是相當嚴格地依照嚴密的邏輯原則”。此外，密爾說，達爾文所遵循的“研究方法是這一學科特有的唯一方法”。我們可以理解赫胥黎為什麼對1860年7月《每季評論》中對達爾文的批評尤其感到不快了（達爾文，1887，2：183）。在《每季評論》上的那個批評中，“一位膚淺的冒牌的理工碩士”竟厚顏無恥地嘲笑達爾文“是一個‘愚蠢的’人，他竭力‘要把他完全不可靠的猜測和臆想的構架支撐住’，而且他‘對待自然的方式’要被視為‘對自然科學是完全恥辱的’而加以譴責和拒絕”。赫胥黎通過揭露那位批評者對古生物學的無知，以及完全缺乏比較解剖學的知識，而表明這個批評是不合格的；隻泉在赫肯黎寫了這些文字之後，他才發現那位批評者是他在牛津的宿敵——一畢曉普·威爾伯福斯（達爾文，1887，2：183）。
另一方麵，達爾文的敬慕者則把他與牛頓和哥白尼相比——他們是過去的公認的偉大革命的發起者。德國生理學家埃米爾·杜布瓦盾蒙說，達爾文極為幸運地活著看到他的思想被普遍接受和承認（1912，2，29），這與哈維的情況形成鮮明對比。哈維在他那個時代的科學家們欣然承認血液循環之前就去世了。T.H.赫胥黎對於“查爾斯·達爾文與伊薩克·牛頓和邁克爾·法拉第齊名”，並且像他們一樣“提出了一位真理的探求者和自然的闡釋者的崇高理想”這一點毫不表示懷疑（達爾文，1887，2：179）。他還說，就像牛頓的名字“與萬有引力理論”有著密切聯係，達爾文的名字是同“關於棲息在我們地球上的生物的起源的理論”分不開的。而且，《物種起源》一書是擴展自“牛頓的《自然科學的數學原理》發表”以來產生的“自然知識領域”的“最有效的手段”（p.557）。A.R.華萊士（189，142）堅持認為，《物種起源》“不僅把達爾文的名字放在與牛頓同一個平麵上，而且他的著作將永遠被視為19世紀科學成就的偉大（即使不是極其偉大的）著作之一”。
甚至達爾文本人也在許多談到接受或反對“牛頓萬有引力理論”的場合，把自己與牛頓相比（1903，2：305）。他極其謹慎和謙虛地堅持認為，他並不想說，自然選擇無論如何都是與萬有引力相當的。而且，他在自己的辯護中確實援引了這樣一個事實：“牛頓不能揭示引力到底是什麼”。達爾文（1887，2：290）還補充說，牛頓反對萊布尼茨並且說：“正是哲學領悟了一個鍾表的運動，雖然你並不知道為什麼重力往地麵傾斜”。
達爾文革命的後期階段
在《物種起源》出版之後的20年中，英國以及其他許多地方（在這些地方有許多著名的傑出人物，但在法國普遍缺少支持者），大多數生物學家都逐漸改變原來的立場，轉信物種進化學說。達爾文在1878年寫道：“現在，在生物學家中間，對於進化論幾乎取得了完全一致的意見”（1887，3：236）。但是，人們對自然選擇、達爾文關於人類的性選擇和共同由來的思想，似乎並無多大興趣（見邁爾，1982，第501及以下各頁；魯斯1979，8；尤其是鮑勒1983）。在我們剛引證過的那封信中，達爾文承認，“關於方法，諸如自然選擇發揮了多大作用，外部條件起多大作用，或者是否存在某種神秘的、先天的完美趨向，仍然存在相當大的分歧”。如R.W.布爾克哈特說的（《科學》，N83，222：156），“達爾文在其所處時代的最熱烈的擁護者——英國的T.H‘赫肯黎和德國的恩斯特·海克爾——對於進化的作用有著與達爾文不同的而巨彼此也互不相同的）理解”。
爭論的主要問題是，進化是否是通過一代又一代的繁殖過程中的小的變異的漸漸積累起來的影響而進行的，或者是否大的變異起著決定性作用。另外一個主要的問題產生於對遺傳性的爭論，這個問題在兩個方麵使選擇複雜化了：是什麼機製引起自然選擇對其起作用的變異，而且變異又是如何傳給後代的？到20世紀，孟德爾的遺傳學把注意力從自然選擇和小的變異轉向大的變異、突變和不連續變異（參見愛倫，1978；普羅文，1971；魯斯，1979）。此後，自然選擇和達爾文學說開始衰落，這是朱利安·赫胥黎所說的“達爾文學說的黑暗”時期（1974，22ff.）。20世紀30年代，當我開始做研究生的時候，曆史的評價是明確的。有一本我們都曾讀過的權威著作，即埃裏克·諾登舍爾德的《生物學史》（英文第二版，1935））說，“正如人們通常所做的那樣”，把自然選擇理論“抬高到與牛頓確立的引力定律同樣重要的自然規律的地位”是“極其不合理的”，“時間已經證明了這一點”（p.476）。實際上，諾登舍爾德告誡他的讀者，“達爾文的物種起源理論在很久以前就被放棄了。達爾文所確定的其他事實也都僅僅具有次要的價值”。那麼，我們以什麼為根據才能“充分證明”在倫敦威斯敏斯特大教堂墓地中達爾文的墳墓緊鄰牛頓的墳墓呢？諾登舍爾德的答案是，假若我們不考慮他在科學中的地位而是“依照他對整個人類文化發展的影響”——即他對語文學、哲學、曆史觀和人的一般生命觀的影響——來“評判他”，那麼，他可以享有這樣一種榮譽。
但是，近幾十年，自然選擇又重新得到認可，並且出現了一種“進化論的綜合”（關於這一點請參看邁爾和普羅文1980年的論述，尤其是邁爾的序言）。換言之，最初的達爾文革命衰弱了，因此出現了一場反對達爾文的反革命，這場反革命不是反對整個的進化論，隻是反對達爾文的進化論及其自然選擇的首要概念。恩斯特·邁爾根據“遺傳學家與生物學家之間的概念差別”探討了達爾文主義者或新達爾文主義者與他們的論敵之間的這個分歧，並且指出，這兩個派別分別“屬於兩種不同的生物學，我把它們叫做近因生物學和終因生物學”（邁爾和普羅文1980，9；邁爾，1961）。對於一個局外人來說。構成近來進化論生物學——這是遺傳學家和生物學家共同活動的結果—一特點的“進化論的綜合”，很可能就是第二次達爾文革命或者說是達爾文革命的第二階段，或許也可以說是一場變化了的達爾文革命。但是，人們不應當認為這場革命已經結束。入、們提出了一個重要的修正，它又一次對簡單的自然選擇提出了挑戰，並且根據“不時間斷的平衡”作了說明（見愛爾德雷季和古爾德，1972；古爾德和愛爾德雷季，1977）。
達爾文革命在科學之外的影響
達爾文的思想在科學領域之外產生了革命性的影響，這一影響遠遠超出了它們對於生物學或自然史的重要性。通過對小說的“進化”一直到社會的進化的研究，“進化”已擴‘展到人類思想或努力的各個方麵，還有誰不熟識這～點呢？伍德羅·威爾遜在對《美國憲法》的卓越研究中指出，把牛頓的自然哲學原理運用於這一學科是一個錯誤。他說，相反，應當通過進化來理解《憲法》：“政府不是一台機器，而是一個活生生的東西。對於達爾文來說，它是可以解釋的，而對於牛頓就不是這樣”（1917，56）。人們都清楚地知道，在19世紀末，出現了一種被稱之為“社會達爾文主義”的特殊社會思想，它試圖把社會學與進化論聯係在一起，而達爾文在一封著名的信中曾經說這個聯結是“愚蠢而荒謬的”（1887，3：237）。
當然，在達爾文所處的時代，就進化論而言，真正使人們產生震動的是這一理論對《聖經》的字麵解釋所提出的挑戰和懷疑。我並不認為，如果問題隻是一個動植物的問題，甚或地球的年代問題，那麼會有人如此強烈地臣對達爾文。也就是說。如果沒有必要把人本身也包括進進化的範圍和進化的過程之中，或者沒有必要斷言人類是自然選擇的結果，那麼，宗教信仰者也就不會作出如此強烈的反應。當然，過去（現在仍然）有某些原教旨主義者如此相信基督教聖經的字麵解釋，以致他們可能奮起進行武裝反抗，甚至對地球的年代要比聖經中所計算的年代長這樣一個假設提出質疑。而且我們一定不能忘記，同一種原教旨主義信仰者，現正在美國的州議會和法院中進行努力，為將“神造論”與進化論相並列而確立教室中的“平等時間”原則。
達爾文在《物種起源》中，隻是在一個句子中曾經暗示“人類的起源和曆史，由此也將得到許多啟示”，以圖避開人的問題（1859，倒數第三段）。但是，達爾文的批評者自那時到現在一直強調進化論對我們自身的明顯含義以及顯然無法回避的結論：人類隻是持久的進化過程的一個暫時的最終結果。的確，甚至阿爾弗雷德.拉塞爾·華萊士也不能使自己相信，自然選擇可以解釋或說明曆史中人類的發展，並且認為有必要祈求某個造物主的積極參與（見科特勒，1974）。這個問題是有案可查的。它在1864年第一次出現於《人類學評論》中一篇論“人”的文章中，後又見於《每季評論》（1869）中的一篇書評之中，在這篇書評中，華萊士評述了賴爾的《地質學原理》第10版（1867－1868）和他的《地質學基礎》第6版（1865）。他認為，僅僅自然選擇永遠也不可能產生出人的大腦，人類的語言器官和手等等。達爾文極度痛苦地在1869年3月給華萊士寫信說，“但願你還沒有把你自己的和我的子孫如此斬盡殺絕”。在他自己的那一份《每季評論》中標出這段話時，在“不”字下麵連畫了三條線，並且用了一連串的感歎號。
達爾文革命大概是科學中曾經發生過的最重要的革命，因為它的效果和影響在許多不同的思想和信仰領域中都是相當深遠的。這場革命的結果是對世界、人和人的製度的本質重新進行了係統的思考。達爾文革命對世界產生了新的看法，它把世界看作是一個動態的、進化的世界，而不是一個靜態的、有係統的世界，並且認為人類社會是以一種進化的模式向前發展的。我們將會看到，卡爾·馬克思甚至預見了技術和發明的進化史，在這個進化史中，達爾文用來說明動物器官的概念將被用來分析人類工具的發展。
新的達爾文主義的觀點否認任何宇宙目的論，並且認為進化並不是通向一個“更好的”或“更完美的”型式的過程，而是這樣一係列階段：在這些階段中，具有最適合於它們環境的特殊條件的特點的個體得以繁殖和延續———對於社會來說也是如此。特殊的創造將不再有任何根據。任何“絕對的人類中心說”都將成為過去，因為“共同血統”的原則是對所有活著的生物（包括人）而提出來的。關於這些推斷和結論，我們還必須補充說，達爾文的革命給任何關於宇宙或自然中的目的的論點敲響了喪鍾，因為變異是一個偶然的和無定向的過程。在生命科學中，實現了從比較陳舊的生物學概念向新的人口思維的引人注目的重大轉變。而且，除了這些新的方麵外，達爾文還開始了方法的創新，引入了一種新的科學理論，在這理論中，預測的作用是與經典的牛頓的模式不同的。
所有這些含義並不是立刻展現出來的，但是，其中有相當部分是如此必然地展現在人們麵前，以致引起了直接的激烈的爭論。在曆史上，從未有哪一種科學理論的預言和發表在世界上幾乎所有國家中引起如此直接的激烈的爭論——這是達爾文自然選擇進化論的真正革命的特點的一個標誌。對於這種理論的闡釋、評論和抨擊幾乎是同時開始的，而且一直持續到今天我們所處的時代。在現時代其他科學創造者之中，隻有一人是可以與達爾文相比的，他就是西格蒙德·弗洛伊德——這一事實向人們表明了弗洛伊德早期把他自己思想的未來影響與達爾文思想所曾產生的作用相比時表現出的遠見卓識。關於進化論及其意義的曆史的、哲學的甚至科學的爭論，在達爾文去世一個世紀之後仍然影響著嚴肅的思想家們的思想，這一點使我們更進一涉確信達爾文學說的非凡的生命力以及他的進化論的深遠意義。