尤其是弗洛伊德對嬰幼兒性征的發現遭到廣泛的反對和抵製。弗洛伊德在自傳中說，“精神分析中沒有什麼發現像性功能開始於生命之初，而且甚至在幼年時期就以重要的性狀表現出來這個主張遭到如此普遍的反對和招致如此強烈的憤怒”（1952，62）。但是，“也沒有任何其他的分析的結論能夠如此容易又如此完滿地得到證明”。考慮一下那時流行的關於幼年時代的觀點，我們也許就可以明白弗洛伊德的發現是多麼新穎和具有革命性。弗洛伊德明確地解釋說：“幼年時代被看作是‘無真無邪的’，是沒有性的渴求的，而且，與‘縱欲’的惡魔的鬥爭被認為是到青春期的躁動年華才開始的。在嬰幼兒中不能忽視的這樣一些偶然的性活動被認為是墮落和不成熟的邪惡的證據，或者被視為天生的古怪行為。”
因此，科學中的弗洛伊德革命不是由棄惡從善的既定的職業男女進行的，而是由有吸引力的和自信的年輕人，不受傳統習慣思想的影響的將要開始其職業生涯而在後來成為精神分析學家的開業者進行的。新思想的擁護者們應馬薩諸塞州依斯特的克拉克大學校長G.斯坦利·霍爾的邀請在該校集會。被邀請者包括弗洛伊德本人，A.A.布裏爾（某些弗洛伊德著作的美國譯者），桑多爾·費倫奇（一位匈牙利精神分析學家，是弗洛伊德多年最密切的朋友之一），恩斯特·瓊斯（後來成為弗洛伊德的傳記作者）和卡爾·G.榮格。就在一年之前的1908年4月，一批精神分析學家在薩爾茨堡相聚，舉行他們的第一屆國際大會。出席這次會議的有一位美國人（布裏爾〕.二十六位奧地利人（其中包括弗洛伊德，阿爾弗雷德·阿德勒，奧托·蘭克，威廉·施泰克爾和弗裏茨·維特爾斯），兩位英國人（瓊斯和外科醫生、心理學家威爾弗雷德·特羅特），兩位德國人（包括卡爾·亞伯拉罕），兩位匈牙利人（費倫奇和F.斯坦），六位瑞土人（包括榮格）。會議之後，專門致力於這門新學科的第一本雜誌《精神分析和心理研究年鑒》創刊。1910年3月，在紐倫堡召開了第二次國際精神分析大會，而且從那以後，定期召開國際精神分析會議。地方的團體作為分會加入國際精神分析學會。到1911年，即該學會創立之後一年，這個專業團體就已包含106個成員。科學中的一場革命開始了。由於這個團體是由觀點各異甚至嚴重對立的人組成的，所以，不久就不斷有人脫離這個弗洛伊德主義的團體，然後各自形成一個持不同觀點的運動。其中主要有阿德勒（在1911年分裂），施泰克爾（1912），榮格（1913），蘭克（1926）。但是，即使如此，他們也仍然受到弗洛伊德思想的影響，盡管他們作了這樣或那樣的修正。而這正進一步證明了在關於人的精神的思想以及治療精神錯亂的方法中的徹底變革——這是弗洛伊德革命的標誌。正統的弗洛伊德派的精神分析的批評家認為，精神分析運動對於弗洛伊德的最初思想並沒有實質性的、足以引起重視的偏移或背離。其他人，包括阿爾弗雷德·卡津（195，16）則堅持認為，“就這場‘弗洛伊德的’革命的大部分而言，弗洛伊德本人並沒有起多大作用”。是19世紀的革命，還是20世紀的革命我把弗洛伊德的革命歸之為19世紀的一次革命，理由是這次革命的最初三個階段——自在的革命，投入的革命，理論上的革命——是在1900年達到的。鑒於弗洛伊德的科學及其推論在我們今天具有如此重要的意義，我們也許早就應當把注意力集中在發生在20世紀的科學中的革命。
在寫於1923年並於次年發表的一篇論文中（1953，19：191），弗洛伊德本人就是把這一場運動看作是一個19世紀的現象還是20肚紀的現象這個問題談了自己的想法。他說，“精神分析可以說是隨著20世紀誕生的；因為它在其中作為某種新東西呈現在世人麵前的出版物——我的《夢的解釋》——是在‘1900年’出版的。”弗洛伊德然後解釋說，“精神分析並不是從天上掉下來的既成的東西”——“它是從比較舊的思想出發的，並對這些過去的舊的思想作了進一步的發展；它起源於比較早的提議，然後對這些提議作了詳盡闡述。因此，關於它的任何曆史，必須首先考慮決定它的源起的那些影響，都不應忽視在它產生之前的時代和環境。”弗洛伊德以19世紀中葉對“人們所說的‘官能性’神經病”的治療為開端；接著，他又論述了伯恩海姆、夏爾科和雅內的工作以及布羅伊爾所作的推進和發展，這一切導致布羅伊爾和他本人的合作著作《歇斯底裏研究》的發表。然後他詳細敘述了自己的貢獻，這些貢獻到1900年達到一個頂峰。
但是，正如弗洛伊德或許要指出的，19世紀或20世紀這個問題並不是那麼明顯地確定的。弗洛伊德在他的論文中強調ZO世紀是因為，他在1923年寫的這篇論文，是一本題為《這些多事之秋：正如它的許多創造者所言，20世紀正在發展中》（倫敦和紐約，1924）的書中的一章。正像弗洛伊德心理學著作的標準版的編者指出的（1953，19：191；4：Xii），《夢的解釋》（如弗洛伊德所言）的確是在1900年出版的，但它實際上早在1899年11月就出版了。在1932年寫的一篇論文中，弗洛伊德（1953，4：Xii）說：“我的《夢的解釋》一書最後擺在我的麵前是在1899年冬天，盡管它的書名頁上填遲到20世紀”。而且，在1899年11月5日寫給威廉·弗利斯的一封信中，弗洛伊德告訴說：“這本書[《夢的解釋》]昨天終於出版了”（弗洛伊德1954，302）。
這個例子也許隻能用以證明，把思想史和科學史納入到諸如世紀這樣的任意的編年學的劃分是多麼的困難。無論怎樣，弗洛伊德同樣錯誤地認為，1900年是20世紀的開端。因為我們時代的第一年是1901年，第100年（完成一個世紀）是100年，而不是99年。因此，第19組一百年（19世紀）的最後一年或第一百年是1900年而不是1899年，而20世紀的第一年確切說應當是1901年。
弗洛伊德論科學革命和創造性
對弗洛伊德思想，尤其是那些關於性的思想的敵視，自然使弗洛伊德主義者把他們的大師的辛勞與任何勇敢的拓荒者的艱苦相比擬。弗洛伊德的傳記作者恩斯特·瓊斯曾寫道：“哥白尼和達爾文都以極大的勇氣麵對關於外部現實的不受歡迎的真理”（1940，5），但是，正如弗洛伊德所為，“麵對內部現實的那些真理則要付出某種隻有極少人能夠獨立付出的勞動”。弗洛伊德本人敏銳地意識到他在精神（心靈）科學和療法的曆史中的革命地位。他在許多場合把他自己的科學理論與哥白尼和達爾文的理論相比較。弗洛伊德對他們的理論感興趣，與其說是由於他們的科學影響，不如說是由於我們今天所說的他們的“意識形態的”內容。盡管弗洛伊德從未（在有記載的談話中，在已發表的通信中，或者說在已出版的著作中）援引或提出“哥白尼的革命”或“達爾文的革命”這樣一些說法，但是，他確實表達過這樣一個意思，即哥白尼和達爾文所做的工作是根本性的，而且對於人類關於自身的概念具有重大意義。顯然，弗洛伊德從來沒有明確說過他是一個革命者，或者精神分析就是一場革命。在《幻想的未來》（1953，21：55）中，弗洛伊德寫道：“科學觀點的轉變是發展，是進步，而不是革命。”
弗洛伊德在1907年斷言，如果有人要求說出“十本最重要的書”，那麼他將把“像哥白尼、相信巫術的老醫生約翰·維爾、達爾文的《人類的由來》等人所取得的那樣的科學成就算在內”（1953，9：245）。哥白尼、約翰·維爾和達爾文的這個排列並不是隨意的，因為這些人代表著弗洛伊德認為人類自我陶醉的自尊在其中受到重大打擊的三個領域：宇宙論、心理學和進化論生物學。弗洛伊德認為，哥白尼推翻了人類在宇宙中的固定的中心地位，而達爾文則揭示了人類與其他動物的密切的親族關係。維爾這位16世紀的沒有多少悟性和非凡膽識的醫生，則勇敢地同迫害巫師的狂熱的暴行作鬥爭，尤其是他解釋了假孕（“虛假的懷孕”）並不是一個婦女與魔鬼交合的征兆，而是一種醫學生理狀態，它是由我們今天所說的心理或身心原因造成的。令人奇怪的是，弗洛伊德引證的是一個在權威的醫學史（辛格和安德伍德；或施賴奧克；或齊爾布爾格和亨利，1941）中甚至都沒提到的相當不出眾的16世紀醫生，但是，我們也許應當尊重他的現代性、合理性和勇氣（見齊爾布爾格1935）。但是，另一方麵，沒有多少研究心靈的人物值得被抬高到與哥白尼和達爾文所享有的同樣高的地位。他也許選擇了夏爾科，因為他曾一再對他［夏爾科]表示讚揚（1953，1：135；3：5，9－10；6：149；12：335；19：290；24：411），並把他描述為神經病學的“最偉大的領袖”和“每一國家神經病學者”的“偉大導師”。弗洛伊德在這方麵選擇的另一個突出的例子是達爾文的在其《物種起源》之上的《人類的由來》。弗洛伊德是經過深思熟慮選擇《人類的由來》一書，還是他隻是匆匆記下他第一次想起的達爾文的書名，我們對此完全不清楚。但是，弗洛伊德也許是有意識地提到《人類的由來》，因為在這部著作中，達爾文斷然提出了人類和動物物種之間的親族關係的學說。鑒於弗洛伊德對人類的自我形象所遭受的打擊的特別興趣，《人類的由來》在當時顯然是一本比《物種起源》更為重要的著作，盡管後者對於進化論生物學甚至對於整個科學來說都可能是一部偉大得多的著作。
在弗洛伊德看來，哥白尼從地球中心的宇宙向太陽中心的宇宙的轉變——就像達爾文的“摧毀了人們傲慢地在人與動物之間豎起的壁壘”的人類起源的理論一樣——是非常重要的，這與精神分析學說所獲得的承認是基本類似的。弗洛伊德揭示了“有意識的自我與一個強大的無意識的關係對於人類的自我憐愛或自大是一個多麼嚴重的打擊”，正如“人類起源理論所給予的生物學的打擊以及哥白尼的發現給予它的比較早的宇宙論的打擊”以前對我們自我陶醉的自我形象的傷害一樣（1953，19：221）。弗洛伊德認為，接受這三種理論的障礙來自情感的而非理智的原因，這因此解釋了“它們的多情的特點”。他指出，“總體上說”，人們對精神分析理論都表示反對，正如“由於其神經錯亂而接受治療的個人神經病人”所作的那樣。對弗洛伊德理論的抵製和反對——類似於從前對哥白尼和達爾文理論的抵製和反對——並不是“通常起因於反對最科學的創新那種抵製和反對”，而是由於“這樣一個事實：強大的人類情感受到這一理論的主題的傷害。”
弗洛伊德把哥白尼和達爾文的影響與精神分析理論所受到的敵視聯係起來的最著名的例子見於他的《精神分析引論》（1916-1917）第三編“神經病通論”中。弗洛伊德在這一編中論述了“人類天真的自愛和自尊曾先後從科學手中受了兩次重大的打擊”。自哥白尼以來，人們“知道我們的地球不是宇宙的中心，僅僅是無窮大的宇宙體係的一個小斑點”（1953，16：285）。達爾文的研究“摧毀了人類假想的異於萬物的創生特權，證明人是動物王國的成員之一，而且同樣具有一種不可磨滅的獸性。”但是，在弗洛伊德看來，‘對人類的自大狂的第三次也是最沉重的一次打擊”“來自現代心理學研究，因為這種研究向我們每人的‘自我’證明，就連在自己的屋裏也不能自為主宰；而且能得到少許關於內心的潛意識曆程的信息，就不得不引以自滿了。”