二、我國知識產權刑事保護與公正、效率原則的不契合性
我國有關知識產權犯罪的立法從最初分散在不同的部門法到統一規定在刑法典中，實現了知識產權犯罪罪刑設置的係統化，增強了刑法的威懾力。但是，由於對知識產權犯罪的刑事法律規定總體上前瞻性不夠、可操作性低，導致對知識產權的刑事保護存在諸多問題，難以實現公正、效率原則的要求。
（一）與公正原則的不契合性
1.保護範圍無法滿足現實對公正的需求。我國刑法規定的知識產權犯罪涉及商標、專利、著作權和商業秘密幾個部分，主要限於傳統的知識產權，對因技術的發展出現的新權利類型未予以明確，導致對這些新型權利的保護不僅落後於國際條約的要求，而且與我國的其他法律法規相脫節。同時，雖為故意但不以營利為目的的侵權案件特別是網絡侵權案件大量出現，這與刑法要求侵犯著作權等行為必須以營利為目的的規定無法一致，必然導致該類侵權行為被排斥在刑事追訴之外，對被害人而言是極不公正的。
2.刑罰配置難以真正實現打擊犯罪的目的。我國刑法對侵犯知識產權的犯罪行為規定的刑罰主要包括有期徒刑、拘役和罰金；其中有期徒刑又因情節輕重的不同分３年以下和３年以上７年以下兩個法定刑期，但看似合理的刑罰配置實際上難以真正實現公正懲罰犯罪的目的。首先，如此統一的刑罰規定並未完全考慮不同性質、不同嚴重程度的犯罪所受懲罰的不應一致性。例如，在涉及假冒注冊商標的案件中，非法製造、假冒注冊商標的行為顯然重於銷售行為，但法律規定的刑罰完全相同。其次，缺失資格刑的配置，無法從源頭上消除行為人再次實施侵害行為的可能，違法成本較低，不利於對知識產權人的保護。
3.審判管轄的設置不利於案件的公正解決。在我國，侵犯知識產權的犯罪案件除外國人犯罪的外，主要由基層人民法院管轄，而涉及知識產權的民事案件主要由中級人民法院管轄，因此，就出現了一種極為不合理的怪現象：在涉及更為嚴重的知識產權侵權行為的處理中，沒有民事管轄權的基層法院卻解決了幾乎全部的刑事案件。這與較高級別的法院解決較嚴重案件的訴訟理念相悖，當事人無法體現公平的待遇。
4.被害人的損失不能得以公正的賠償。我國法律沒有賦予被害人在刑事訴訟中提起附帶民事訴訟的權利，因此被害人的物質損失在刑事訴訟過程中一般得不到賠償；而希望通過單獨提起民事訴訟要求賠償的可能也因被告人已被定罪量刑基本難以實現。同時，我國法律還不允許被害人提起精神損害賠償要求。而實際上，無論是自然人還是單位被害人，其共同的特征就是：最為關注自己的經濟損失能否得到賠償。因此，在被害人通過刑事訴訟獲得賠償概率極低的情況下，國家的刑罰權雖得以實現，但這樣的處理結果既不能體現知識產權的財產性特質，也不能使被害人切實感受到法律的公正。
5.法官的素質與能力對審判結果的公正性產生一定影響。知識產權涉及越來越多的知識領域和新技術等問題，訴訟爭點專業性強。雖然公眾不能要求法官精通所有的知識，但法官需要對侵害行為進行技術上和專業上的判斷，其素質與能力卻實實在在地影響著知識產權訴訟的結果。因此，如果因為法官本身的原因而導致侵害行為不能認定或者非侵害行為被認定為犯罪行為，對當事人雙方都是不公正的。
（二）與效率原則的不契合性
1.立案管轄劃分不明確，起訴效率較低。我國法律對知識產權犯罪的管轄規定的是公訴與自訴並存的模式，其立法本意是希望通過當事人的選擇能夠快速開展訴訟活動。但法律規定劃分模糊，對自訴案件的條件僅規定為有證據證明的輕微案件，除卻證據的製約外，何為輕微無法把握，當事人處於難以選擇的兩難境地，訴訟效率當然較低。
2.證據取得困難，當事人維權成本較高。由於知識產權犯罪的特殊性，被害人無法通過財務記錄、銀行交易記錄等獲得被侵害方實際控製的證據材料，因此，被害人獲取證據的困境導致其盡快起訴或者被司法機關立案的可能大大降低，訴訟活動難以順暢進行。