朱元璋覺得都不甚妙，但一時又不得安領。他環視了一下全場，見劉基雙目炯炯。沉默不言。朱元璋見狀，知道這位軍師一定又有妙計在胸了。他連忙召劉基進入內室，問他為何一言不發。劉基憤憤地說：“先立斬主張投降及逃鍾山的人，才可以樹立正氣，消滅陳賊。”朱元璋說：“先生有何具體計策？”劉基答道：“陳友諒這次是以驕兵來戰，勞師遠襲。而我們則有了上次失守太平城的教訓，並且是以逸待勞。天道以後舉者勝，我們哪裏害怕打不贏他們？現在我們的當務之急是敞開府庫，心懷至誠，以穩固士民之心。古代兵法說，日行300裏，奔襲敵人，即使不交戰也會潰敗。為什麼？士兵疲勞！我們可先放棄幾個地方，移走兵餉，裝成逃跑的模樣，再派人假裝投降，引誘陳友諒全速奔襲，我們卻中途設下埋伏，派兵截斷他的後路，叫他首尾難顧。後援不至，奪敵之心；設伏圍攻，亂其部署；以逸待勞，挫其銳氣，怎麼會有戰而不勝的道理！然後我們乘勝追擊，陳友諒必然拚力逃命，我們不僅能收複失地，還可以占領他的屬地。陳友諒遭此慘敗，進一步製服他就容易了。帝王之業，在此一舉，天賜良機，豈可錯過？”
此言正合朱元璋心意。然後他們密謀，先命胡大海出搗信州，牽製陳友諒後路；命常遇春、馮國勝、華高、徐達等將領各處理伏，打算截擊。一切部署停當，朱元璋先請陳友諒的老朋友康茂才給其寫一封密信，假稱與陳友諒裏應外合，請他趕快來攻城。
陳友諒收到信後，不禁一陣暗喜：“這下勝券在握了。”他急於取勝，占領建康這塊風水寶地，於是馬上發兵進攻。
朱元璋這邊也在積極準備：先在石灰山側埋伏奇兵3萬人，並拆掉江東木橋，易以鐵石，設置水障，隻等他中計。時日既到，陳友諒果然如約，引著戰船徑直駛入一條狹窄河道。到達江東橋時，看見橋下都是大石塊，沒有了原來的木橋。他甚為驚異，連忙用暗語聯絡，並無一人答應。這時，陳友諒方知中計，但想撤退已遲。
朱元璋的軍隊見陳友諒已到達江東橋，黃旗一舉，伏兵見此信號，跳躍四起，水陸夾攻。不一會，陳友諒全軍就被殺得大敗，他自己獨自跳上另一小船逃走了。朱元璋指揮大軍乘勝追擊，太平城先而複得，取得了保衛建康的大捷。
勝利後論攻行賞，朱元璋欲將最高級別的“克勝獎”獎給劉基。劉基認為自己隻圖懷才有遇、學有所用，不圖眼前的名利，故堅辭不受。從此之後，劉基聲名大振，人們都說他是諸葛孔明再世。
三、奇襲江州
陳友諒退居江州之後，不甘失敗，便派部將以優勢兵力攻占了朱元璋屬地重鎮安慶。安慶是朱元璋西部邊境的門戶，朱元璋想乘勝一鼓作氣，再次討伐陳友驚，但心中猶豫不決，隻好去征求軍師劉基的意見。劉基分析了目前的形勢，認為此時軍隊士氣正旺，加之這次出征為收複失地，出師有名，如果可以做好戰前發動，完全可以戰勝陳友諒，殲滅其有生力量。有了這位“諸葛孔明”的支持，朱元璋決計再次伐陳。
依照劉基的計策，宋元璋在臨發兵前宣諭眾將土：“陳友諒殺主僭號，侵犯我疆土，戮殺我將土。觀其所為，不滅不足以平民憤，不滅不足以慰我國魂。”朱元璋的一席話，眾將士聽了，情緒昂揚，誓死要與陳友諒決戰。然後，整裝西進。朱元璋與劉基共乘龍驤巨船，率師乘風溯長江而上。沿途，將士們鬥誌旺盛，精神抖擻，長江上萬舟競發，旌旗蔽天，蔚為壯觀。
但勝利並非唾手可得。陳友諒屬將張定邊驍勇善戰，而且廣於謀略，加上安慶城池堅固，地勢險要，易守難攻，朱元璋手下將士奮勇攻打，激戰一天，未取得任何進展。
晚上，朱元璋很是煩悶，將劉基召來商量對策。劉基對朱元璋說：“我們大軍遠道而來，本擬一舉攻克安慶，然而激戰一天，卻未得寸土，將士將生倦意；而且張定邊驍勇，安慶城固，再打必然更費時日。陳友諒知我在此鏖兵，一定會派人前來決戰，以報上次失利之仇，如此，內外夾攻，我軍必敗。”
朱元璋聽罷，長歎一聲說；“難道別無他法，隻好放棄安慶嗎？假如門戶一開，猛虎入室，今後哪還有一日可以安寧？”
劉基擺擺手，對朱元璋說：“主公勿憂，暫時放棄安慶，並非就不要了。《武經》雲：我欲戰，敵卻深溝高壘，不得與我戰，則攻其所必救。安慶彈丸之地，城池固若金湯，足以久勞我師。陳友諒不敢出兵迎戰，正由於心存恐懼。我們如果放棄安慶，迅速西上，直逼江州，搗其老巢，陳友諒必定撤離安慶而救江州。那麼，安慶還能跑到哪裏去？不是順手可以攻克嗎？如此一舉兩得，何樂而不為？”
朱元璋聽罷，撫掌稱妙，完全聽從了劉基的計策，連夜出兵而去，卻在營地亂設青火旗幟，縛活羊於戰鼓上，敲擊有聲，迷惑敵人。
暗夜沉沉，迷霧深重。朱元璋除留少量兵力在安慶迷惑敵人外，其餘均偃旗息鼓，沿江西進，長驅直入，逼近江州。當陳友諒的江州守軍還在夢中時，他們已發起攻城戰。江州守軍認為神兵自天而降，忙於應戰。陳友諒匆忙發兵，卻不能挽救敗局。江州全線崩潰，陳友諒最後隻得攜妻子逃出，乘夜幕奔往武昌。江州守軍投降，很快為朱元璋所攻取。陳友諒在逃跑的過程中，抓到了幾個朱元璋的兵士，得知此舉皆劉基所謀，他仰天長歎道：“我部眾就缺像劉伯溫這樣的謀士，將來亡我者，必伯溫也。難道天意在朱元璋，故造伯溫助之？”
劉基不但在軍事上表現出卓越的謀略，而且在政治上，外交上也很靈活，做到戰取與招撫並重，一切從實際出發，采取機動靈活的辦法。
陳友諒的江西省丞相胡廷瑞守衛南昌，素聞朱元璋部隊的聲威，更懼怕劉基的神機妙算，遂派遣部將鄭仁傑到朱元璋的軍門前通報，請求和談。朱元璋把他請到密室商議，大部分條件已談妥，隻是在“不解散其部下所屬部隊”這一條上，朱元璋還很遲疑，麵有難色，怕他們日後養兵滋事。而劉基認為這正是分化瓦解敵軍、恩威並重的良機。看到朱元璋不想答應的樣子，劉基很著急，忙從後踢朱元璋坐的太師椅，聽到“咚咚”的踢椅聲，朱元璋清楚了劉的意思，便答應了他們的要求，並附信慰問胡廷瑞軍，稱讚他們的明智之舉。不久，胡廷瑞公開宣布投降，在他附近的餘於、建昌、吉安和南康等路府州縣，也都相繼望風投誠，全都授朱元璋的號令。
十月，那起初久攻不克的孤城安慶，也很快被朱元璋部隊攻下。
四、鏖兵鄱陽
至正二十三年（1363）二月，朱元璋決定親征，解救為張士誠的部將呂珍包圍的安豐（今安徽壽縣南）。從整局出發，劉基意識到此舉與原定先取陳又破張的方針相違，所以力勸朱元璋勿出兵。他說：“萬一陳友諒乘虛來攻，便會進退無路。再者，如救得小明王韓林兒出來，怎樣安置他呢？是繼續讓他當明王，還是把他禁閉起來？或是把他殺掉？”“要是關起來或者殺掉，那如今救他幹什麼？還不如借張士誠之手殺了他。要是讓他繼續當明王，豈不是自討沒趣，平白找個頂頭上司來管製自己？”朱元璋則認為若安豐失守，應天也會失去屏障，救安豐即是保應天。所以還是親自統兵去了。
不出劉基所料，當朱元璋出兵支援安豐時，陳友諒果然乘虛進犯，調動了數百艘戰艦，五六十萬軍隊，傾巢出動圍困洪都（今江西南昌市），很快攻下吉安、臨江、無為州等地。南昌被圍80餘日，激戰數十晝夜，情勢非常危急。朱元璋聞之，方知劉基的話是正確的，自責說：“不聽先生之言，才有今日之失。”劉基寬慰他說：“現在醒悟還來得及。”朱元璋立即親率20萬大軍救援，命劉基留守應天。
陳友諒聽說朱元璋來援，怕腹背受敵，隨即撤圍，在邵陽湖擺下陣勢準備迎戰。雙方大戰於鄱陽湖之上，初時，朱元璋屢戰屢敗，幾處險境。無奈，隻好又命徐達去應天換劉基。
劉基星夜趕來，便與朱元璋研究破敵戰術。兩人都主張用火攻，但朱元璋生怕風向不定、船多難燒淨盡，弄不好還有可能燒及自身。據劉基觀察天象，黃昏時分將有東北風起。他們隨即準備了七艘小船，上載草人迷惑敵方，並把蘸滿油漬的蘆葦、硫磺火藥等物放置船上，迅速開進湖中，待接近敵船，即拋出鐵鉤搭住敵船，乘勢放起火來。刹那間烈焰騰空，大船多被燃著。戰鬥進行得十分激烈，一天幾十次接火，喊殺聲。濤聲、燃燒聲混在一起，煞是雄壯。激戰中雙方都有很多損傷，隻是陳友諒始料不及，損失更大。
一次，朱元璋正在指揮船上發號施令，忽然，侍坐在身旁的劉基，一躍而起，大呼道：“難星過，請主公急速換乘別船！”平時十分鎮定的朱元璋也驚起回顧，隻見劉基雙手揮舞，堅持說：“火速換船！”朱元璋不及多想，就被劉基和幾個貼身衛士拉著換乘另一隻船。坐都沒有坐穩，隻聽“轟隆”一聲，指揮船被陳友諒的大炮擊中，頓時粉碎，沉入湖中。此時朱元璋才緩過神來，明白了是怎麼回事，不由得稱讚劉基的神機妙算。
原來，劉基見朱元璋一心求勝，顧不得指揮船的隱蔽，穿行兵陣之中，然而這一切都被陳友諒的軍隊發現。他想陳友諒必定會集中所有的炮火首先把朱元璋的指揮船擊沉，恰好這時天家異常，出現所謂的“難星”，劉基便趁機催著朱元璋換船，躲過了這場事關勝負成敗的禍事。
這邊的陳友諒見朱元璋的坐船已被擊沉，以為朱元璋必死無疑。全軍歡聲一片，舉杯慶功。正在狂喜中，又看到朱元璋指揮戰船進攻，不免大驚失色，以為有神仙庇佑，頓時，陳友諒陣勢大亂。朱元璋軍隊的戰船乘機旋繞漢軍巨船，時出時沒，勢如遊龍，弄得陳友諒手足不搭。朱元璋的將士見狀，一時勇氣百倍，呼聲驚天動地。同時，湖麵上波濤大起，陰雲密布，給朱軍進攻創造了良好條件。朱元璋軍雖是小船，但移動自如，正好采用火攻，陳友諒的巨船卻處處挨打，有的被擊沉，有的燃起了熊熊大火。
雙方在鄱陽湖中激烈地戰鬥7三天，仍未決出勝負。後來，劉基又建議朱元璋將主力軍隊移往湖口，扼住放軍通路，用關門打狗的辦法，以致陳軍補充給養的後路全被切斷。給養斷絕，將士疲乏，內爭不已，陳軍敗局已定，大部被俘和投降。陳友諒也在露麵瞭望時被流矢射中身亡。朱元璋的軍隊，在付出了很大傷亡代價，幾經險境，終於徹底打敗了這一強敵。
回到應天，朱元璋對自己的這次決策曾表示反悔，問劉基說：“我實在不當有安豐之行！如果陳友諒乘虛直搗應天，那我便進無所成，退無所守，大事去矣！幸而他不攻應天而圍南昌，南昌又堅守了三個月，致使我有足夠時間集中兵力。陳友諒出此下策，不亡何待。”
在平定陳友諒的幾個主要戰役中，對基胸有成竹，運籌帷幄，每奏奇效，特別是鄱陽湖一戰，奠定了平漢興明的霸業。劉基在鄱陽湖中的戰略戰術思想，很值得人們研究借鑒。
五、平張士誠
劉基在戰略上為朱元璋製訂了先滅陳友諒，後平張士誠的方針，為朱元璋獲取了奪取天下的主動權。當西邊平漢戰火漸漸平息之後，朱元璋立即集中兵力，掉轉矛頭，揮戈東進，進攻張士誠所建的吳國。
當時張士誠據有浙西，北連兩淮，憑恃武力，屢屢侵占朱元璋的勢力範圍。劉基認為這是一股不久之師，他們起事的目的，不是為了救民於水火之中，而是爭名奪利，劫民掠商，而我們的軍隊就要與之不同，不要擄掠，不妄殺戮，不毀廬舍，為仁義之師，如此就能贏得民心。作為一名著名的政治家，劉基首先提出了以上的建議，使朱元璋軍隊在軍事紀律上就高於張士誠一籌。在平定張士誠的過程中，劉基的軍事思想也得以實現。
至正二十三年（1363），張士誠圍攻建德城，守軍統帥李文忠聞訊非常生氣，要同他拚死決戰。恰好劉基在建德，他詳細向李文忠解釋了他在《百戰奇略》中提到的“以飽待饑”的戰術；“大凡遠道而來的敵人，給養不濟。敵饑我飽，我們可堅壁不戰，斷其糧源，斷其糧道，與敵持久對峙；敵方必定要發生糧食危機，將士不飽則軍易生亂。因此，敵軍一定會主動撤退，我方即密派騎兵半路伏擊，後麵再縱兵追殺。這樣大獲全勝是必然的了。”據此，他推斷：“三日後張士誠必定會因糧源不濟而撤走，他逃我追，就可以一舉擒獲。”
李文忠雖然並不完全相信，但見他說得在理，就按他的去做了，堅壁清野，依城固守，並乘夜色派出小股伏兵。
三日後，劉基從容率眾將士，登城觀望。觀察了一會，劉基自信地說：“張賊已經逃走了。”眾將領看到張士誠的軍營裏，戰陣中旗幟獵獵，一如往日，而且傳來了一陣陣威嚴洪亮的戰鼓聲，都大為生疑，不敢隨便發兵。
劉基再次催促，李文忠才下令出擊。直到張士誠的軍營一看，果然如劉基所料，軍營裏空空蕩蕩，張士誠的主力盡皆撤走，留下搖旗擂鼓的，隻錄一些老弱士兵。李文忠急忙傳令追趕，即時快馬奔騰，一齊飛馳，一直到東陽才趕上張立誠的部隊。一番鏖戰，疲乏饑餓的張士誠軍被擊潰，被俘者無數。
浙東台州人方國珍，元至正八年起兵抗元，占有沿海慶元、溫、台各州縣，元兵屢對不克。劉基與他打交道，可說由來已久。元至正十三年，劉基為浙東行省都事，因其維護統治階級利益的本性，他建議：“方氏首亂，數降數叛，乖戾多變，不可赦免，應該捕獲歸案，依法斬之。”但因為方國珍賄賂了一批元朝官僚，朝議不聽劉基的話，接受方國珍的投降，而列基則被扣上“越權言事”、“擅權”的罪名，棄置不予重用。方國珍被授予元官後，仍然擁兵自重，不受元朝調遣，卻利用官軍的名義，大肆搜刮民財，掠奪國庫，壯大自己的力量，擴大自己的地盤。
方國珍雖然與劉基有這一層“姻緣”，但他本是一位見風使舵，傾慕賢能的人，他對劉基仍然很看重，不記前仇。劉基的母親死後舉行葬禮，方國珍還派人送來吊唁信。這時，劉基認為陳友諒、張士誠的消滅乃當務之急，暫時可利用方國珍，不可“捕而軌之”。