2．農田水利和防洪救災
包世臣十分關心與農業密切相關的水利事業。1801年，他遊幕於直隸承宣使署時，對於署內架存各州縣地圖廣加閱覽，對於轄區水道走向、水量、水源、堤防現狀以及潛在危害進行分析總結，撰成《記直隸水道》一文。內容涉及京津地區較大河流，計有漳河、溢陽河、滹沱河、滋河、沙河、唐河、豬龍河、易水、白溝河、桑幹河、洋河、她河、白河、薊河、灤河等，指出漳河水最關利害，因其轄區較大，流被較廣，宜特加注意。清王朝由於朝政腐敗，江淮地區河堤長久失修，水患頻繁。l804年南京發生水災，1806年蘇十H發生水患，數年後南京又災。他作為幕僚除積極從事救災外，還提出許多建議。1829年為治理水患，掌握黃淮水情，他坐船從山東臨演出發、沿大運河南下往東呂、洛寧、宿遷到達揚州，考察了沿路的許多河流湖泊(包括馬郟河、安山湖、馬踏湖、南旺湖、蜀山湖、白馬河、獨山湖、昭陽湖、微山湖、駱馬湖、高郵湖、那伯湖等)的水位、水源、流向及防洪設施，針對存在的問題，提出建議。他在江西當幕僚時，反對盲目圍湖造田。當時江西的汗田建設十分混亂，一個大圩中往往有數個小圩，單一的農戶隻顧自己的小圩，而轄區的官吏隻知橫征暴斂，不管修汗防洪，一到洪水季節，大汗一破。小圩全部被淹。“魚米之鄉盡成澤國”，但“田去糧在”，老百姓還得按團交糧。因此他在給江西巡撫陳玉生的信中談到要治理江西，第一要務是處理好圩田建設中的防洪問題。
3．重農思想
包世臣對農業生產有深刻的認識，他認為“生財者農”，“天下之富在農而已”，因而治理國家的根本便是抓好農業生產，“聖人治天下，使菽粟如水火，而民莫不仁”，“聖王治天下，至纖至悉，莫不出於以民食為本”，因此他提出“治平之樞在郡縣。郡縣之首在農桑”。18世紀後期由於封建王朝的腐敗，江南地區災害頻仍，官吏貪贓枉法，兩江總督轄區的鹽務漕運弊端百出，人民負擔日益加重，許多人認為當時主要改務便是水利，治河、鹽務、漕運等，有人間他：“你認為治河、漕運、鹽務都不是大政，那麼是軍事嗎?”他回答道：“軍事雖然重要，但還不是大政，能稱得上大政的隻有農業而已。”在這裏，包世臣繼承了古代一以貫之的重農思想。
他在提倡重農的同時，並不一味限製商業的發展。相反，他十分注意流通對於農業生產的作用，以防穀賤傷農，但是工商業的發展也是有一定限度的。當時江淮地區煙酒業比較發達，這是由於江淮一帶工商業發達，能夠吸收其他地區的糧食以緩解其發展多種經營所造成的缺糧額。但後來隨著鴉片貿易的興起和發展，造成硬通貨白銀大量外流，製錢貶值，使得國庫空虛；同時鴉片的貿易又帶動烤煙、酒肆大量發展，造成糧煙爭地，糧酒爭穀米的矛盾，這些絲毫不能認為是商品經濟的正常發展的結果。因此，他指出不僅不能提倡，而要嚴加製止。他在1820年所著的《庚辰雜著二》中對煙酒鴉片的狀況深感憂慮。他比林則徐上《禁煙奏折》(1838)早18年就指出鴉片的危害，提出禁止鴉片貿易。
包世臣的一生足跡遍布大半個中國，奔波所及無不以澤被蒼生為第一要務，從不計較個人名利得失，仕途對於他來說隻是一個更好地為百姓謀利的機會。他雖以儒者自居，卻公然蔑視儒家一貫揭櫫的反對言利的主張，一再聲稱自己是好言利，並說這不是什麼缺點，而恰恰是一大優點，自己平生所學大半在此。當他讀到顧炎武《日知錄》時，極力闡揚經世致用的主張，並力求付諸行動，在致力於乾嘉樸學精微考據的學術氛圍中投入一顆不尋常的炸彈，使得溟濛於傳統學術活動的土大夫驀然警醒。他的思想影響了稍後一些的思想家，如魏源、龔自珍，雖然沒沒有後者尖銳犀利和集大成，但畢竟是有限的幾個清醒者之一。包世臣不僅是一位農學家、農業經濟學家，而且是一位思想十分敏銳的思想家。