二、統一全國
1635年，皇太極廢除舊有族名“諸申”（女真），定族名為“滿洲”。1636年，降服漠南蒙古。同年皇太極稱帝且改國號“金”為“大清”，正式建立清朝，改年號為崇德。1637年，降服李氏朝鮮。
1640年，鬆錦之戰爆發，洪承疇在鬆山被俘，祖大壽在錦州投降。鬆錦之戰標誌著明朝在遼東防禦體係的完全崩潰，在關外隻剩下寧遠一座孤城。1643年皇太極病死，福臨繼位，是為順治帝，由其叔多爾袞攝政。
1644年，李自成率領的大順軍攻陷北京，崇禎帝在景山自殺殉國。駐守山海關的明將吳三桂降清。多爾袞指揮八旗兵，以吳三桂為前導，兼程入關，擊敗大順軍，進占北京。同年順治帝遷都北京，祭告天地祖宗，表示是他全中國的君主。
接著，清軍南下剿滅農民軍，北方的漢奸、官僚紛紛勾結清軍，鎮壓農民軍。與此同時，南方的明朝遺臣相繼擁立皇族建立政權，史稱南明。此外還有李自成的大順政權、張獻忠的大西政權。
清軍進軍江南的過程中，燒殺搶掠，激起江南人民的強烈反抗，特別是剃發令強製執行，各地燃起抗清的熊熊烈火。清廷殘酷鎮壓，在揚州、嘉定、江陰等地進行了大肆屠城，史稱“揚州十日”，“嘉定三屠”。此後清軍各地“剃發易服”，清軍采取多次屠殺來鎮壓，造成人口驟減，發生西南地區民生蕭條、萬裏無人的景象，史稱甲申國難。1659年，清軍占領西南地區。並遷移湖廣人口填川，以補充勞動力的不足，視為曆史上的第二次“湖廣填四川”。清廷製定的圈地和投充政策使人民放棄土地，增加更多流民。為此又製定嚴禁奴仆逃亡的逃人法，激化京畿地區的民族矛盾。後來清廷下令停止這些政策，並實行獎勵墾荒、減免捐稅的政策。並且正式開科取士，追尊崇禎帝與明朝忠臣。
李自成死後，大順軍餘部與南明湖廣總督何騰蛟、湖北巡撫堵胤錫聯明抗清。1647年大敗清軍於全州，次年幾乎收複湖南全境。江西金聲桓和在廣州李成棟先後反正，出現了第一次抗清鬥爭的高潮。但永曆政權不能團結對敵，給了清軍以喘息之機。1649—1650年，何騰蛟、瞿式耜先後犧牲。1652年，李定國率軍8萬東出廣西，下桂林。又攻入湖南、廣東，“兩蹶名王，天下震動”。劉文秀亦出擊四川，克複川南。東南沿海的張煌言等的抗清軍隊也發動攻勢，抗清鬥爭再次出現高潮。這時孫可望同李定國之間矛盾爆發，破壞了大好形勢。孫可望投清後，雲貴虛實盡為清軍所知。由於華南反清勢力較大，清帝冊封吳三桂、耿仲明與尚可喜為王以鎮守雲南、貴州、廣東與福建等地，史稱三藩。1658年，吳三桂率清軍攻入雲南，1662年永曆帝被殺，南明滅亡。
延平王鄭成功在1661年收複了當時為荷蘭殖民地的台灣。永曆帝被害後，鄭成功之子鄭經繼續使用南明永曆年號，禮待南明寧靖王朱術桂，但未再擁立明朝宗室稱帝和監國。1683年，清朝攻克台灣，明鄭結束，1684年設立台灣府。清軍入關後曆經20多年的戰爭，基本占領中國大陸。