1899年到1901年間，姚錫光到安徽擔任地方官，1902年至1911年回京任職，擔任過多種職務，曾參與清政府教育、軍事的“新政”和練兵，一直關心蒙古、西藏等邊疆地區的局勢，到過蒙古地區的哲裏木盟、卓索圖盟等地考察，出版了《塵牘叢鈔》、《籌蒙芻議》、《籌藏芻議》等著作，對於鞏固西藏、蒙古地區和重建海軍等提出了很多的建議。他的很多主張，比如在四川、西藏交界的少數民族設立“川西邊防大臣或提督”，在蒙古地區創辦銀行、工廠、學堂，移民實邊等，都對清政府的決策有很大影響。在決定於四川、雲南、西藏交界地區設立“川滇邊務大臣”後，清政府開始時準備讓姚錫光出任，但他以資曆淺為由辭謝，後來由趙爾豐擔任。
維護中國海權、複興海軍也是他的重要主張。甲午戰爭後，外國軍艦在中國沿海橫衝直撞，中國殘存的60多艘大小艦艇無力鞏固海防，不少人主張重建海軍，但因列強瓜分中國軍港和八國聯軍侵華而一再推遲。1907年，姚錫光升任練兵處提調，奉命製定複興海軍的規劃。在製定方案時，他充分考慮到經費、艦隊、軍港等多種因素，建議全國統一海軍，統一事權，統一指揮；設立海軍 “兵官學堂”、研究所、工科學堂等機構，選派學生出國留學。他還強調：海軍、陸軍“相為表裏”，我國海疆綿延七省，如果沒有海軍，就會“海權坐失”，陸軍也會“運調不靈”。
讓姚錫光無奈的是，清政府並沒有批準他的方案。當時，美國軍事理論家馬漢的“海權”思想在世界上影響很大，美、英、德、日等國都借助這一理論，積極發展海軍，加緊爭奪世界，我國邊疆地區及周邊形勢危急。他為此更加擔憂，極力倡導“海權說”，1908年出版了《籌海軍芻議》，指出：當今世界“海權爭競劇烈”，如果“不能長驅遠海，即無能控扼近洋”，中國必須發展具有遠洋作戰能力的海軍，才能維護海權。甲午戰爭時我國的威海衛、美西戰爭時西班牙殖民下的菲律賓，都沒能守住，就是因為海軍不能進行遠洋作戰。現在有列強勸說中國多購買淺水軍艦，維護近海治安，當權者和海軍中的一些將領竟然樂於接受，但是中國決不應聽信這些人的話，因為這恰恰使中國失去了海權！
民國建立後，由於他對邊疆事務頗有見地，1912年7月至1913年9月受派出任蒙藏事務局副總裁，一度“兼署總裁”，1923年4月還被特派“督辦川邊礦務事宜”，繼續致力於蒙藏事務的管理和邊疆地區的穩固，成為當時“知邊”、治邊的重要人物。