除了在資本市場上的激情表演，麵對洶湧的互聯網熱浪，趙新先也表現得非常積極。2000年4月24日，就在三九醫藥上市的同時，號稱全國最大醫藥健康網站的999健康網開通。趙新先宣布，三九將采用“四網合一”的思路，以三九全國的銷售網絡為依托，以全國醫藥連鎖店為端口，以三九健康網為樞紐，以中藥遠程診療網為延伸，組成一個超級醫療健康服務體係。在“概念就是一切”的互聯網熱中，趙新先的這番遠景描述，自然又是受到市場的一片追捧。
然而，在日後的經營中，“四網合一”根本無法實現，健康網的定位搖擺不定，從健康門戶網到學習型網站，再到電子商務，每一次轉型就意味著大量的資金投入。趙新先為了展現公司在網絡時代的超前形象，又不斷收購中小網站，到2003年，三九名下共有13個公眾服務網站和29個企業網站，其網站數目之多、性質之雜、燒錢之多都讓人驚歎。
在這一時期，三九的發展戰略已經從之前的“八大產業並舉”，變成了“以生命健康產業為主營，網絡信息和金融租賃兩大產業為支柱”。趙新先的表述是：“主營好像是飛機一樣，支柱則像飛機的兩個發動機，它們推動主營發展。”
這樣的描述看上去無比鮮亮，它既堅持了三九的中藥路線，同時又嫁接了當今商業圈最炙手可熱的兩大產業——互聯網和金融。三九的戰略始終看上去非常美好，但是在執行中卻缺乏整合和深耕，第二次的擴張，仍然沒有讓三九實現決定性的飛躍。
一個事實是，三九集團自1990年之後便再也沒有開發出一個成功的中藥產品。後來的10多年裏，它一直靠三九胃泰以及皮炎平等“老臣”支撐著天下。2000年，深圳召開全國性的高科技商品交易會，三九集團一口氣推出了一大批帶有高新科技含量的醫藥醫療設備，如精製中藥電子調配中心、三九智能煎藥機、網上中醫診療係統、近紅外線乳腺癌診斷儀、數字化心髒介入C臂係統等。另外，還有一批網絡信息產品亮相，如“VIOP”電話係統、三維數碼立體圖像製作係統、東方新幹線網絡信息係統等。這些新產品讓三九成為高交會上最耀眼的明星，人們對它的科研開發能力大為驚歎。然而，讓人遺憾的是這些高新產品最終都沒有形成規模生產，自然也沒有為三九帶來相應的經濟效益。
2001年8月27日，三九在猝不及防的情況下遭到中國證監會的警告。這天晚上，趙新先在中央電視台的新聞聯播節目中意外地聽到了自己的名字。新聞稱，中國證監會公開通報批評三九醫藥，指稱其在募集資本的使用上與招股說明書不符，大股東及關聯方占用上市公司資金超過25億元，占公司淨資產的96％，嚴重地侵占了廣大中小投資者的利益，直接威脅到上市公司的資產安全。通報還公開點名批評三九醫藥的董事長趙新先，稱其“有重大失職行為，情節特別惡劣，應當予以譴責”。這是中國證券史上，中國證監會第一次用公開通報的方式，對一家上市公司董事長進行點名譴責批評。
這則新聞對一向形象良好的三九而言，損害之大可以想見。在過去的1年裏，莊家呂梁事件、銀廣夏事件以及基金黑幕等證券市場的負麵新聞已經讓人們對上市公司失去了信心，中國證監會的公開譴責一發表，三九頓時成為又一個“股市巨騙”。
趙新先對這次事件毫無預知。在他的意識中，三九集團和三九醫藥本就是他的左口袋和右口袋，資金挪用應屬正常之事。想當年他創辦三九，便是把建職工用房的錢擅自挪用去買設備了，因此還被傳為佳話。有一次，他去北京大學做演講，還曾用嘲諷的口吻講過一段他與外國投資商的“鬥爭”逸事：“當初外方收購我們的股權時，按照當時我們的財務管理，外方的錢進來，是進到財務結算中心的，這個財務中心的錢放在這裏，大家可以花。我拿這些錢，搞了房地產，搞了旅遊，外方不滿意了。按他們的企業管理規則，公司的錢母公司不能占用，寧可存在銀行裏也不能動。外方的幾個代表就到上級管理機關告我們的狀，說你們的趙總花了我們的錢。上級領導也是業務幹部，就說，你們看看《中外合資法》，上麵寫的是，為了利用外資搞中外合資企業，為什麼趙新先給你們打工？不就是為了錢嗎？”據記者記錄，趙新先的這番話，“引來了巨大的掌聲”。