微軟為了改變目前被動的局麵，比爾·蓋茨和他的助手們也製定了一些策略。這些策略也為不久之後要與司法部門的調節做準備。在新上市的一些係統軟件中，微軟改變了過去的做法，沒有把InternetExplorer捆綁到操作係統中去。對於一些應用軟件，微軟也公開了源代碼和應用界麵。微軟做這些就是要讓外界看到，微軟在不斷改變。然而，事與願違，在接下來的談判中，微軟和司法部門還是不歡而散，不得不對簿公堂。
在與美國佐治亞州的州法庭上，法官指出了微軟的以下幾項罪名，微軟將瀏覽器與操作係統捆綁銷售，這是不合理的銷售方式。通過捆綁，微軟企圖壟斷瀏覽器市場。為了證明這一點，法官還從多方收集到了關於這方麵的證據，從美國政府有關部門統計數據顯示，微軟的個人計算機操作係統占全球市場的80%以上，而一些專業調查公司的數據更是高於這個數字。這些數據足以顯示出微軟在操作係統軟件市場有絕對的優勢，而且其他的公司很難進入這一領域與微軟進行競爭，這表麵微軟已經牢牢占據了係統軟件的壟斷地位。來自網景公司的的一份證據使微軟在這場訴訟中一敗塗地。網景公司指出，為了爭奪瀏覽器市場，網景公司推出了針對微軟Windows操作係統的瀏覽器，不久微軟就將這個版本的操作係統進行了“改進”，“改進”的結果是網景公司的瀏覽器不能在這個係統中運行，這表麵微軟存在不合理競爭。
當這場訴訟結束後，有人歡喜有人憂，微軟的競爭對手當然拍手叫好，他們認為自己的權益終於得到維護，被微軟壓製多年以後，終於可以揚眉吐氣了。而微軟和他的合作夥伴卻開始發愁。而美國司法部門的負責人也聲稱：“這或許是比較滿意的結局，司法部門下一步會采取一些強製措施，結束微軟的壟斷行為，重整瀏覽器市場，以此來保護廣大計算機用戶和其他軟件生產商。”
在美國佐治亞州的州法院宣布微軟壟斷行為存在的消息傳開以後，微軟當天的股價受到了嚴重的影響，股價的下跌使微軟在股市的股票價值從5000多億美元下降到了4000多億美元，同時微軟也失去了股票價值第一的寶座。受微軟股價的影響，紐約股票交易所的點數也下降了很多。而比爾·蓋茨以及其他微軟的股東的財富也都存在不同程度的縮水。微軟每天還要支付接連不斷的訴訟費用和歐盟高額的罰單，在外界看來，微軟的未來充滿變數。
比爾·蓋茨和他的助手也開始反思微軟以前走過的道路，甚至他們開始反問自己：難道我們做錯了嗎？從這次審判以後，比爾·蓋茨改變以前的發展策略，開始尋求與競爭對手實現共贏，保持係統軟件市場的平衡。