2011年10月20日，阿裏巴巴宣布淘寶網旗下團購平台聚劃算將以公司化的形式獨立運營，成為阿裏巴巴集團旗下的獨立子公司。
2011年10月，聚劃算從淘寶網分拆，成為獨立平台。
2012年1月11日，阿裏巴巴集團旗下淘寶商城正式更名為天貓，完全脫離淘寶品牌，並采用獨立品牌拓展在線零售市場。
2012年1月，阿裏巴巴成立阿裏巴巴公益基金會並向該會撥款，以支持不同範疇的公益活動。
2012年2月1日，阿裏集團宣布，其聯合旗下子公司成立的“阿裏巴巴公益基金會”已通過國家民政部批準審核，由民政部直接主管。
2012年2月9日，阿裏巴巴集團向旗下港股上市公司阿裏巴巴網絡有限公司宣布停牌。
2012年2月21日夜間，阿裏巴巴宣布，向旗下子公司上市公司阿裏巴巴B2B（即阿裏巴巴網絡有限公司）提出私有化要約，其最終回購價格為13.5港元。該價格與阿裏巴巴B2B公司2007年底上市招股價持平，較2月9日停牌前的最後60個交易日的平均收盤價格溢價60.4%，據悉，如私有化成功，預計將耗資近190億港元左右。
2012年5月6日，阿裏巴巴集團發出一份公開信，首次披露了旗下淘寶體係中首批因不正當行為而被永久關店並進入司法程序的網商名單。2012年5月21日，阿裏巴巴集團與雅虎聯合宣布，雙方已就股權回購一事簽署最終協議，阿裏71億美元向雅虎回購20%股權。25日，阿裏巴巴網絡有限公司股東大會通過私有化要約。28日，阿裏巴巴集團旗下B2C平台天貓與國內九大快遞公司達成戰略合作。
2012年6月，阿裏巴巴網絡有限公司正式從香港聯交所退市。
2012年6月15日，阿裏巴巴集團宣布，與國家開發銀行簽署合作協議，並將向國開行融資。根據協議，雙方還將就阿裏巴巴B2B香港上市公司私有化以及阿裏巴巴集團此前和雅虎達成的股權回購項目等方麵開展融資合作，並共同深化國家助學貸款業務領域合作。
2012年7月5日，阿裏巴巴集團發布公告，稱聚劃算原總經理閻利瑉因涉嫌非國家工作人員受賄被杭州警方刑事拘留，案件調查正在進行中。這也是阿裏集團就內部貪腐事件交出的首份答卷。
2012年7月23日，阿裏巴巴集團宣布將現有子公司的業務升級為阿裏國際業務、阿裏小企業業務、淘寶網、天貓、聚劃算、一淘和阿裏雲七個事業群。
2012年8月24日，阿裏資本投資4000萬美元於陌陌，B輪融資估值2億美金。
2012年9月，阿裏巴巴完成對雅虎初步的股份回購並重組與雅虎的關係。
2012年11月，淘寶網和天貓平台本年度的交易額突破人民幣10000億元。
2012年11月，阿裏巴巴戰略投資陌陌。
2012年11月，阿裏巴巴戰略投資丁丁網布局O2O。
2013年1月，阿裏雲計算與萬網合並為新的阿裏雲計算公司。
2013年1月，阿裏巴巴重組為25個事業部，以更好地迎接中國增長迅速的電子商務市場所帶來的機會和挑戰。
2013年1月10日，阿裏巴巴收購蝦米網。
2013年1月10日，阿裏巴巴宣布對集團現有業務架構和組織將進行相應調整，成立25個事業部，已經沒有“淘寶事業部”字眼。
2013年1月15日，馬雲向員工發出信件，宣布於2013年5月10日起不再擔任阿裏巴巴集團CEO一職。