(一)內設機構和人員管理的行政化與官僚化的弊端
這種檢察長——副檢察長——部門負責人——辦案組長——承辦人的檢察權的運行模式，可以稱之為檢察權對於“官僚製”組織的依附式運行。
司法過程並不是強調效率優先的經濟過程，作為上層建築的法律一定是包含了各種價值判斷的因素。檢察官永遠不能是法律條文的機械執行者，也不能成為操持法律的工匠。檢察官要有係統法學理論知識，能夠運用法律邏輯進行獨立性、自治性的分析判斷，要追求司法正義，堅決維護人權。但是依附於嚴密的官僚組織的檢察權運行模式，在行政層級越多，機構越複雜的情形下，檢察官的能動性被官僚組織嚴格限製，反映客觀合理性的追求獨立的價值判斷和司法正義的動機逐漸淡化，代之以反映了形式合理性的便宜主義、實證主義和司法技術化。對於司法倫理的認知和追求，讓位於缺乏人性的冷冰冰的整理、歸納、演繹、推理、計算和論證之中，全部的司法過程都被抽象化、行政化和官僚化，形式合理性不斷蠶食著實質合理性應該發揮作用的領域。不違法成為檢察官執法辦案的主要追求。作為司法能動主體的檢察官，在龐大而且全能的官僚製機構麵前完全無能為力，他們已被徹底地工具化了。
(二)內設機構和人員管理的官僚化以及在此基礎上形成的“三級審批製”不符合檢察權運行規律
1、辦案責任無法落實。正因為案件的審查權和決策權分離，案件最終決定要經過層層請示、彙報，集體研究，看似集體負責，實際上往往成為在躲在集體的盾牌後推脫責任的最好借口。
2、承辦檢察官沒有職業成就感和職業榮譽感，工作責任感降低。無論承辦人如何努力工作，都無權在自己的職業判斷基礎上決策，而必須遵從領導的意見。每個人都像是檢察業務流水線上的一枚配件，永遠看不見成品的樣子。長期以來會導致職業成就感和榮譽感降低，同時工作積極性較差，難以培養對案件負責的態度。
3、檢察官的晉升通道狹窄，一方麵造成內設機構的膨脹，另一方麵造成了優秀檢察人員的流失。在內設機構行科層管理體製下，檢察官的晉升必須遵循辦案組長、部門負責人、副檢察長、檢察長的軌跡。但實際上按照人數比例計算，檢察機關內部的領導幹部職數通常遠小於同級黨政機關下設的委、局、部等機關。因此為了保障檢察幹警的職位晉升，檢察機關一方麵通過增設內部機構來增加盡量中層幹部的編製，而領導崗位的增加又會造成一線辦案力量的不足，同時而增設的機構過多，彼此協調配合不暢通，通常又會對檢察權的順暢行使造成一定的阻礙；另一方麵檢察官晉升通道狹窄，晉升的條件往往與辦案能力脫節，也會導致優秀的檢察官向本院行政崗位和其他黨政機關流失。
三、渝中區院以往的改革措施與本次改革要求的差距
基於對上述傳統檢察權運行模式弊端的分析，渝中區院經曆過近10年的試點，在人員分類、檢察權運行機製的改革上取得了一定的成績，如檢察業務人員與檢察行政人員的分類初步成型，以“檢察官②”或“檢察員③”為主體的執法辦案機製基本確立等。但對照高檢院本次檢察官辦案責任製改革的要求，尚存在一定的差距。
1、內設機構整合的不科學
改革中，我院對原有內設機構進行了大膽整合。其初衷是精簡機構、便於管理。但從實踐看，機構整合是沒有對檢察機關的職權進行係統的梳理和分類，並在此基礎上以相關聯的職權科學整合帶動機構整合，而是在原有部門的基礎上相對隨意的進行了組合。如原訴訟監督局由民行、控申和監所三個部門整合而成，但實際上這三個部門內在聯係並不強。由於我院隻是改革試點單位，上級檢察機關並未同步進行，仍然是各機構並立。同時作為日常工作軸心的《基層檢察院工作目標考核指標》並未因我院試點工作而有所區別，依然將同屬訴訟監督局的三部分業務板塊分類考核。這就導致了訴訟監督局內並未能實現由檢察官組通盤處理整合業務的局麵，內部依然按照原有業務科室分立配置人員，對上級檢察機關亦是分別對口應對，實際上部門強行整合造成了形合神不合，機構合業務不合的後果，並使各項管理工作都比較不便。因此，內設機構的整合雖然實現了精簡機構的目標，但其更加有利於檢察業務發展的積極成效尚未顯現。
2、帶組檢察官、部門負責人、檢察長權限分配的不科學
渝中區院在改革中建立了各部門帶組檢察官直接對分管副檢察長負責的機製，取消了部門負責人對案件的審批權。但實際運行中，部門負責人依然可以憑借手中的行政管理權和部分案件分配權，影響不同辦案組承辦案件的數量和難易程度，也能影響到案件的實際處理結果。
而帶組檢察官直接對分管檢察長負責的機製，雖然一定程度上減少了原有三級審批製的弊端，但由於對帶組檢察官授權範圍過於狹窄和機械，如偵查監督部門所有的不批準逮捕案件，公訴部門對於所有的不起訴案件，都要由分管檢察長、檢察長或檢委會決定，因此對於大量的帶組檢察官無權決定的案件，或者其有權決定但案情重大疑難複雜的案件，繼續存在帶組檢察官——分管副檢察長——檢察長或檢委會這樣的案件決策機製，依然沒有擺脫唯領導意誌決策的行政化窠臼。