“魚和熊掌不可兼得”，後來，蓋茨和艾倫決定把更多的精力放在自己的公司上，但此時他們仍在MITS兼職。1976年底，MITS內部出現波動，公司業績一落千丈。1977年，羅伯茨將MITS賣給Perterc公司。Perterc要把軟件作為交易的一部分，這個爭端最後被訴諸仲裁。在蓋茨父親及其律師朋友的幫助下，蓋茨僥幸在這場官司中獲勝了。“真是倒黴，這個裁決完全是錯誤的。”若幹年後，羅伯茨仍然憤憤不平，覺得自己被人出賣了，因為MITS已經付足了20萬美元，應該拿到這批軟件的所有權才對。蓋茨也承認這個裁決對羅伯茨是有些不公平。
但到了1995年，蓋茨與艾倫在一次對話中談到此事時，口氣已變得完全不一樣：“他們想把我們餓死，我們甚至付不出律師費，他們想以此（指停止給錢）逼我們就範，我們也差點妥協了。”很顯然，功成名就的蓋茨開始以另一種語氣來回顧這段至關重要的曆史，因為這是微軟頗不尋常的起步，這是一場微軟輸不起的官司，如果輸掉這場官司，蓋茨不得不從頭再來，今日微軟的曆史也許會重新改寫。
艾倫回憶起當年的情況，心有餘悸：“這場官司讓人心驚膽戰，如果我們輸了，我們就得從頭再來。蓋茨讓他老爸想辦法，我們對實際的情況心裏沒底，一直如坐針氈。但發生過這件事情後，微軟再也沒有借過錢。”
羅伯茨這位微軟曾經的“功臣”，在此時儼然成了微軟的“罪人”。
但不可否認的事實是，正是MITS，讓蓋茨和艾倫有機會進入BASIC語言這個新天地，並從此躋身這個新興行業。同樣是MITS，為微軟的發展積累了第一桶金和客戶資源，同時他們在目睹並參與了MITS從設計到生產、從宣傳到銷售服務的全過程後，鍛煉了自身的市場能力。
借來的MS-DOS係統
MS-DOS是Microsoft Disk Operating System的簡稱，意思是由美國微軟公司（Microsoft）提供的磁盤操作係統。
MS-DOS建立起了一個在磁盤操作時代相對完備的人機交互環境，就是由它開始，一步步過渡到Windows係列，微軟公司後來用自己的實力征服了世界。然而，給微軟帶來輝煌的DOS操作係統並不是微軟的“親生”兒子，DOS的創建者是西雅圖計算機公司的工程師——皮特森。
1978年7月底，26歲的Tim Paterson參加了一個有關Intel 8086的研討會，會後他認為可以在8086基礎上進行進一步的開發，西雅圖計算機公司老板Rod Brock對此表示高度認可，並給予了有力的支持。
1980年春天，Paterson開始著手開發磁盤操作係統（DOS），到7月份的時候，他已經很順利地完成了係統的50％，隻兩個多月時間，就快速開發出來了，Paterson幹脆把這一操作係統叫做QDOS 0.10，QDOS的意思是“Quick and Dirty OS”。
1981年4月，86-DOS 1.0正式發布。1981年7月，微軟洞察了DOS的商業前景，於是掏腰包從西雅圖公司購得了DOS的全部版權，並將它更名為MS-DOS。隨後，IBM發布了第一台個人計算機（PC），其實當時采用的操作係統依然是西雅圖公司的86-DOS 1.14，但微軟很快改進了MS-DOS係統，並使它成功地成為IBM PC采用的操作係統。微軟“帝國”從此開始了它輝煌的發展曆程。
微軟自1983年春季才開始研究開發Windows，希望它能夠成為基於Intelx 86微處理芯片計算機上的標準GUI操作係統。它在1985年和1987年分別推出Windows 1.03版和Windows 2.0版。
Windows起源可以追溯到Xerox公司進行的工作。1970年，美國Xerox公司成立了著名的研究機構Palo Alto Research Center（PARC），從事局域網、激光打印機、圖形用戶接口和麵向對象技術的研究，並於1981年宣布推出世界上第一個商用的GUI（圖形用戶接口）係統——Star 8010工作站。但如後來許多公司一樣，由於種種原因，技術上的先進性並沒有給它帶來它所期望的商業上的成功。