雖然這個處理係統比較複雜，但更複雜的問題是在發貨的時候，卓越網要對每一件商品安排合適的配送方式並確保商品的安全配送。其實網絡購物和傳統購物的最大區別也就在這兒，由於客戶不能馬上拿到商品，需要一定的時間才能等到。因此，卓越必須要不斷地縮短客戶下單到收貨之間的時差，因為如果在這個時間內商品出現問題的話，受到損失的很可能就是卓越自己，因為客戶一般在拿貨的時候會先驗貨。就算客戶發現商品本身沒有問題，但是依然可以采用換貨或退貨的方式來維護自己的權益。
因此，要想保證商品在發送環節不出現問題，建立庫房和物流配送體係是關鍵。亞馬遜收購卓越之前，卓越隻在北京有庫房。現在為了貫徹“大而全”的經營路線，王漢華決定在上海和廣州建立庫房，以縮短商品與華東和華南兩大區域客戶的距離。與此同時，卓越網在全國308個城市實現貨到付款，在其中的140個城市還設有加急服務，在北京和上海這樣的大城市還提供當天配送的加急服務。
經過一段時間的模仿，卓越在物流配送和倉儲方麵得到了很大的改觀。對於王漢華而言，從商品種類到物流技術的內在變化已經告一段落，剩下的事情就是要對原有的商城係統進行改造了。
2006年10月，是王漢華在卓越進行大刀闊斧改革一年半的時間。至此，卓越進行了自公司成立以來最大的網站改版，並正式發布了全新的網站。和舊的網站相比，新網站的框架結構、頁麵風格已經全麵成為了亞馬遜的“影子”。於是一些人認為，“重生”之後的卓越會具備更為強大的市場競爭力，很快就能像母公司那樣成為行業中的領頭羊。
但是對於卓越的這種改頭換麵，李國慶卻有著自己的看法，他認為卓越本來奉行的是“小而精”的經營策略，這和亞馬遜的“大而全”的風格相差太大，因此要想順利地完成這種轉變，沒有一年到兩年的磨合期是很難做到的。
李國慶對亞馬遜的“影子工程”持有不同的看法，完全是站在一個冷靜的旁觀者的立場上，並不是一個競爭對手的惡意誹謗。很快，他的獨到見解就得到了印證。
在卓越開始效仿亞馬遜之後，外界曾經認為這個電子商務網站將借著母公司的神威橫掃互聯網並迅速搶占國內B2C的山頭，然而遺憾的是這種局麵並沒有出現。相反，人們發現卓越在摒棄了“小而精”的經營策略之後，又畫虎不成反類犬地學習“大而全”，結果搞得自己失去了以往那種清晰的發展方向，落得“整容失敗”。
轉型，對一個企業來說本身就不是一件很容易的事情，而且更多的時候是在環境發生改變的情況下才能進行的。亞馬遜人為地對卓越進行改造，正應了國外互聯網巨頭在進入中國之後水土不服的“魔咒”。一位從卓越網離職的員工無可奈何地表示，卓越已經成為曆史，現在隻剩下了平庸。
這句話可以說，既道出了卓越老員工們的心聲，同時也點出了這個“影子工程”的實質。卓越在被亞馬遜收購之後采取了照搬照抄的方法，很努力也很認真地把母公司的網上零售經驗和自己的中國市場經驗相結合。在這一係列的改革中，卓越又把變化的重點放在了購物平台的改良上，目的是培養用戶對網站的忠誠度。然而統計數據已經充分地表明，這種努力的效果並不明顯——卓越真的不再“卓越”，而是一點一點地走向了碌碌無為。
對於B2C網站來說，最大的賣點和盈利點所在就是圖書。比如亞馬遜，它的經營範圍雖然很大，但其70%的業務量還是來自於圖書銷售，所謂的日用百貨隻占很小的一部分。以當當網為例，圖書銷售也占營業額的60%—70%。是主要的獲利來源。因此，這樣的網站必須要弄清楚自己“主攻”的方向隻能是圖書，就算是改革也不能舍本求末。
然而實際上卓越的改革恰恰是踩進了誤區，在林永星和陳年等“老掌門”離去之後，它追隨亞馬遜走了一條南轅北轍的道路。在自己最擅長的圖書銷售領域，卓越已經變得越來越力不從心，增長的速度越來越慢，甚至落後於中國互聯網的自然增長速度。究其原因，主要是由於離職的陳年是懂行情的文化人，而王漢華將更多的注意力放在了公司的商業運營和管理上，忽視了卓越的“賣點”到底是什麼。卓越網之所以在圖書銷售上掉隊，與管理層缺乏圖書銷售經驗、供應鏈缺少資源是息息相關的。特別是在卓越進行改版之後，圖書業務隻占25%，相當於數碼產品所占的比例。相比之下，新開拓的日用百貨卻占到了總銷售額的50%。難怪有人說，卓越把百貨和數碼產品作為B2C平台的主打業務，這是很讓人匪夷所思的。因為B2C平台在整個百貨和數碼產品市場僅僅占有極少的市場份額，在供應商那邊幾乎沒有地位，因此在價格上也不存在多大的利潤空間。