雖然東亞家族企業製度存在眾多的競爭優勢，但是，隨著家族企業的發展，企業製度內在的矛盾與弊端也逐漸顯露出來。與政府和銀行形成的密切關係，在為企業帶來好處的同時，也滋生了企業的道德風險。
一、獲得金融資本和管理資本與家族控製權之間的矛盾
資金是企業發展的最重要的要素之一。隨著家族企業規模的擴大或所從事產業的轉型和升級，企業需要越來越多的資金。傳統的依靠自我積累和親朋好友幫助的籌資渠道已經遠遠不能滿足企業擴張的需求。部分家族企業也采取了公開發行股份來融資的方式。但是，如果擴大股票的發行，就會導致家族所控製的股份比例降低，從而有失去對公司控製的可能性。當然，家族企業可以通過發行公司債券或者公司優先股籌集滿足發展所需要的資本，由於公司債券與優先股通常沒有投票權，因而不必擔心家族控製權的失落。但相對於公司普通股來說，它們的融資成本都很高，風險也更大。並且，從股市融資，家族企業的財務狀況和其他事情也要求被披露，因此，企業主為了保持對企業的控製權，往往不願意采取控製權分散的股權融資形式。加之東亞經濟發展初期股票市場不完善，企業主也擔心市場投機色彩太濃，法規不健全，怕股票上市風險過大，家族利益受損，因此不願通過股票上市直接融資。家族企業放棄了從股市融資的機會，導致企業資金不足，規模不大，缺乏競爭力，並且因為對股市的排斥，導致家族企業對銀行貸款的嚴重依賴，造成企業負債率較高，財務風險加大。
企業內部體製的另一個矛盾是管理專業化與家族控製權之間的內在矛盾。為了保證對企業的控製，家族企業對管理人才的選拔往往局限於家庭血緣關係中，高級管理崗位一般都由家族成員占據著，不管他們是否具有足夠的能力。這種用人製度中的家族主義雖然能在一定時期內降低代理成本，但是，家族主義信任不能或難以解決隨著組織規模或交易的複雜性增加時出現的代理能力不足問題，李新春稱之為“家族主義困境”。這種任人唯親的用人製度不能在更大範圍內選擇優秀人才，不能由具有管理、技術、人力資源、市場營銷等專業知識的人員來管理企業，必然影響企業的經營效率，成為其取得更大成就的障礙。
二、創業者有限的生命周期與家族企業可持續發展的矛盾
家族企業的人格化特征使其易受創業者的生命周期影響，當創業者年老垂暮或者身故之時，企業就麵臨著財產分配和繼承問題，而這個問題是否能妥善解決直接影響企業未來的發展。華人世界曆來就流傳著“富不過三代”這個帶有宿命色彩的說法，這也說明企業代繼傳承問題的難度之大。第一，家族企業是父傳子，子傳孫，假如兒孫滿堂，自然香火日盛，但要是無子少孫，就很難做到“肥水不流外人田”；第二，即使家族有後代，當創業者身故後，若後輩誌不在此時，便容易將企業分化、轉讓甚至結束，從而使企業不能延續；第三，華人分家業的習慣做法是將家產平分給幾個兒子，這樣造成的結果可能是企業規模因此而縮小，經過幾代子女的分割，大的商業帝國可能逐步萎縮，甚至由於家庭糾紛而衰敗；第四，確定接班人很難，在許多家族企業中，接班人的選擇是企業創始人的個人決策，一般不與其他人商量，當創始人因故不能視事時，便開始物色接班人，但在眾多的子女中，究竟選擇誰來當接班人是很困難的，子女們可能會為繼承財產、爭奪權力而明爭暗鬥，家族凝聚力下降，在創始人去世後，後輩間因權力不平衡、利益不平均產生的家族糾紛甚至會鬧上法庭；第五，即使家族企業實現了順利的交接班，但若接班人的能力有限，也可能造成家業的衰落，一般情況下，第一代企業經營者久經風浪，因而處理各種事務，遊刃有餘，得心應手，到了第二代或第三代，由於各種原因，接班人可能是平庸之輩甚至是敗家子，這樣家族企業就很難發展或是毀於一旦。
三、家族式經營管理製度的弊端
家族式經營管理的核心是人治，即依靠家長權威和家族主義來管理企業。這與西方企業所遵從的依靠製度規章來管理企業的法治是迥然不同的。家族關係中的權威主義、上下尊卑和家族信任固然在幫助企業快速決策、降低企業管理中的代理成本、發揮家庭成員的積極性方麵起到一定的作用，但同時帶來許多弊病，成為家族企業發展的隱憂。
第一，權威型決策製度的高風險。家族所有權在保證家族企業家最大限度發揮積極性的同時，也潛藏了企業家由於個人能力有限而決策失誤，從而造成企業利益受到重大損害的風險。家族領導有正確決策的動機，卻不一定有相應的能力。企業內部缺乏完善的、科學的決策機製和民主管理機製，所有的重大決策都由企業領導人自己做出，主觀性和隨意性較強，其決策正確與否主要取決於領導者個人的能力，這實際上孕育著做出錯誤決策的較大風險。企業規模越大，這種危險性就越大。另外，還有一個重要問題我們應該重視，那就是權威型決策可以被家族用來為自己謀利益。尤其是在家族控股的股份公司中，家族的利益與企業的利益並不是完全一致的，家族控股股東與小股東的利益也存在衝突。如果一個項目能為家族帶來更多的收益，卻要犧牲其他小股東的利益，家族也可能會借用它手中的權威型決策機製去冒險開發這個項目。所以說，權威型決策機製是一把雙刃劍，在帶來高效率的同時，也隱藏著高風險。