孫元化在遼東的戰役中極為出彩，朱有孝讓孫元化把炮兵交給孫傳庭，讓孫傳庭將那一千多人的火炮兵分出五百人由孫元化帶回京城，剩下的當做師傅，在遼陽組建了五千人的火炮營，又給他送去四百門‘二踢腳’小炮，炮彈就讓他們就地製造。為此，朱有孝撥付遼東餉銀一千五百萬兩。
朱有孝還讓熊廷弼采用募兵製的方式練兵，原來的衛所製度在遼東取消，把他們改成軍墾兵團。到八月份的時候，熊廷弼已經募到十萬可戰之兵。很簡單，原來的士兵改製，去留自願，老兵退役在遼東賦田二十畝，送銀十兩，帶家人來，每人賦田十畝，免稅五年。於是從山東、河北、河南、陝西來遼東的人是絡繹不絕，田地可以自由開發，家裏有當兵的人，每人十畝免稅五年，沒有當兵的人家，每人五畝免稅五年，這一家夥對於有土地情結的大明朝老百姓有多大的吸引力呀。所以，熊廷弼很快就能募到可戰之兵。不過這也把從鹽商那裏抄來的白銀幾乎用去一半，朱有孝不在乎，隻要遼東穩定，花這錢就值得。
朱有孝指示熊廷弼，穩妥蠶食建虜的地盤，分化努爾哈赤的盟友，有機會時攻下鐵嶺、開原一線，徹底切斷努爾哈赤和蒙古人的聯係，離間努爾哈赤和其他建州女真人的關係，練好兵馬以後，囤積糧食，為的是隨後徹底控製遼東以及遼東以東地區直達極北之地。隻要能夠住人的地方就想法安排居民，不但不收稅，還要補貼他們，為他們的生活提供方便。
孫元化帶領五百多人於七月底抵達京城，朱有孝就帶著他去了火器廠。
現在火器廠已被朱有孝分成了兩部分，一部分專門研製火藥、炸藥、引線，具體有雷鳴天負責，但是這家夥屬於研究狂人，朱有孝就另外安排人負責具體的生產、生活、安全，尤其是安全一塊，朱有孝讓負責人盯得非常緊。另一部分則是專門研製槍炮，具體有畢懋康負責，畢懋康在研製成功擊發槍和迫擊炮以後興趣大增，然後朱有孝就指點他研究加農炮，因為加農炮以後可以安裝到軍艦上，是一種適用範圍大，威力猛的多用途炮。想想看，要是海戰時，明軍測距儀加上穿甲彈射中敵人的軍艦，那是多爽的事。
宋應星負責煉鋼廠，朱有孝提示他可以建一個小型煉鋼坩堝，不要怕浪費焦炭和其他材料，也不要害怕銀子不夠花，隻要需要隨便可以從戶部或者內庫領取，他已經和戶部、王安打過招呼。他可以嚐試著在煉鋼的過程中加入別的礦石，看看能夠煉出別的什麼更好的東西。並且一定要記住做好重量、顏色、溫度的記錄，並裝訂成冊，以備以後需要的時候查詢。
徐光啟負責全麵的個工廠調劑工作，每半個月就把負責各個部門的人員召集到一起，一方麵通報各自的成果，看看誰需要這些成果；另一方麵就是各自提出自己的需要，看看別人誰能幫上忙。通過這種協調會的召開，各種新的研究成果不斷被使用，而各種需要也不斷的被研究出來。比方說，雷鳴天需要各種透明瓶子，宋應星兼管的玻璃廠就設法研製各種透明的瓶子；朱靈需要各種鐵管子，煉鐵廠就設法研製。總之這樣的研究會被朱有孝確立為科學研究會，成為日後大明朝科學研究院的例會，是的大明朝的科學技術始終引領世界的科技潮流。