遼東的戰事讓朱有孝非常高興，困難的局勢終於有所改變，現階段來說，不太用擔心遼東的局勢了，這讓朱有孝很有成就感，努爾哈赤席卷東北，然後鯨吞中原的事情，在自己的出現後應該不會發生了。
進入九月份，北方的玉米、紅薯、土豆都已收獲的差不多了，北方的糧食問題已經有所緩解。但是，離朱有孝希望的能夠吃飽還有所差距，現在的老百姓還是每天隻吃兩頓飯，朱有孝的希望是老百姓每天要吃夠三頓飯，最好每天都能吃上肉。當然了朱有孝隻能想著方麵努力，五年或十年大概能解決就不錯了。
煩心的事總是伴隨著朱有孝，九月底還是傳來了不幸的消息，四川的奢崇明造反了。本來朱有孝覺得不再調集奢崇明入遼東作戰，他就不會有借口進入重慶了，也就不會有再借閱兵之際殺死巡撫徐可求和二十多名軍政人員的事情了。誰料到這奢崇明還是造反了，看來這基層的官員們確實成問題，必須要想法解決，不然的話一有風吹草動，老百姓一被忽悠就起來造反可不是什麼好事。尤其是將來幾年是小冰川的活躍時期，旱災、澇災持續不斷，沒有穩固的民心，大明朝就危險了。
既然有動亂，那就得派兵，曆史上朝廷曾經調動貴州和四川各地兵馬平叛，結果反反覆覆，一直到崇禎年間才徹底消滅。
據情報顯示，這次奢崇明是悄悄的、分散的派出二萬人馬抵達重慶，趁著九月十五日重慶巡撫徐可求宴請群僚的時候，出其不意，迅速保衛巡撫衙門，結果將一班正喝到興頭上的官員一網打盡，並且迅速占領了武備庫，擊潰聞訊趕來的官兵。這些官兵們本來作戰不至於這麼差勁，無奈群龍無首，隻好做鳥獸散。
朱有孝決定這次來個牛刀殺雞，來一個大圈包圍，小圈決戰，然後分片圍剿，接下來在四川、貴州、廣西、雲南這幾個行省實行改土歸流，徹底廢除土司、部落、頭人製度，凡是聽話的首領門都集中到省城養起來，可以按規定收租、經營實業，或者做寓公都行，實在想在老家呆著也行，解除一切擁有的武器，不許擁有私人武裝，必須廢除所擁有的奴隸製度，所有傭人必須擁有人身自由，地租由政府統一製定，安全由政府的警察部隊負責。凡是不服從這些安排的首領做最簡單的處理——殺掉，分掉其土地、財產，直接給其奴隸和傭人。當然，這些政策可以實施，不能宣布，不然的話這些省的土司、頭人、首領一起造反，那也不是朱有孝能夠承受得了的。
曆史上對奢崇明的平叛用了將近十年，主要原因一方麵奢崇明實在狡猾，已有風吹草動這家夥就逃掉了，另一方麵就是平叛的明軍人數太少，每次打的都是擊潰戰，雖然每次都勝利了，但是奢崇明都沒有傷筋動骨，都還有再戰的能力，以至於奢崇明在四川攪得亂七八糟，民不聊生。到後來張獻忠入四川，殺得四川血流成河，跟奢崇明叛亂有一定關係，叛亂的時間太長，四川的人力物力損失慘重，以至於到清朝初期才有了“湖廣填四川”的人口大遷移。
朱有孝決定這次來個一勞永逸，先設置一個大的包圍圈，這個包圍圈由孫承宗負責，調集貴州、陝南、湖廣臨近四川的幾個省的兵力，一邊進兵，一邊練兵，不要急於進攻，隻是緩緩地包圍上去，這在策略上叫做溫水燉青蛙。為此，朱有孝從內庫撥付白銀四百萬兩，從戶部撥付白銀四百萬兩，由湖廣負責籌集糧食。湖南負責南方麵湖南、貴州部隊的供給，包括所有糧食、武器等所有物資，湖北則負責北方麵部隊的物資供給。朱有孝嚴令各部不許擾民，既然朝廷撥付了錢財，就必須嚴格按照公平的價格買賣，凡無故擾民者必將嚴懲。