朱有孝為此召來內閣和六部尚書，現在內閣成員變化了不少，孫如遊功成身退，致仕回家養老去了，朱有孝還給他加了銜，他走得很高興。方從哲則是因為東林黨禦史的彈劾，為了自保也請求致仕，朱有孝在他請辭了兩次之後，也加了銜，讓他高高興興的回家養老去了。然後葉世高再次擔任了首輔，韓爌還是次輔，孫承宗則是內閣大學士兼任兵部尚書，徐光啟是內閣學士，還有劉一燝，新進的朱國楨。其他是戶部尚書朱國祚、吏部尚書周嘉謨，工部尚書宋應星、禮部尚書孫慎行、刑部尚書王紀等。
朱有孝加上這些內閣、六部尚書共十二人，現在在座的就算是大明朝的核心決策人，朱有孝之所以把這些人都召集過來，目的是為了不讓那些言官、清流在朝堂上再胡攪亂纏，什麼招撫了、招撫鎮壓並舉了等等，而這幾個人就比較好說服了。
當朱有孝把奢崇明反叛的事情詳細介紹完畢，首輔葉世高就當先開口：“陛下，臣以為像這種不仁之臣，必殺之以儆後人，免得其他的人效仿，其罪必不可恕，隻不過陛下是不是用兵太過。”
葉世高出任首輔的事情朱有孝有過考慮，用他的目的是為了推進大明朝對外的開放，此人頗熟悉西洋事宜，思想也比較容易接受先進的實物，從他能夠和傳教士利瑪竇交往並結為朋友看，說明此人並不保守。其次，此人是東林黨的領袖級人物，朱有孝準備從仁義道德的製高點上，用精神枷鎖套住他，讓他自己去鬥東林黨的徒子徒孫，其實就是挑起東林黨內鬥，以便從中減少自己的壓力。
次輔韓爌也表示了同樣的意思。
孫承宗說：“對待如此宵小，必須以泰山壓頂之勢，牛刀宰雞，斬草除根，免得反反覆覆。臣以為須一擊全殲，務必不能使其漏網，永除後患。”
徐光啟、宋應星、周嘉謨也表達了同樣的意思。
戶部尚書朱國祚表示：“陛下，今年托陛下洪福，陝甘一帶糧食收成不錯，百姓們生活狀況比去年有所好轉，如果明年繼續擴大玉米、紅薯、土豆的種植，百姓就能夠吃飽飯了。如果陛下要大動幹戈，希望盡量從湖廣用糧，這樣百姓就不會受苦了。”
朱有孝深感此人愛民，就說：“朕已決定從內庫撥付四百萬兩白銀，戶部撥付同樣數目的白銀，從湖廣地區采購糧食，從陝甘地區采購藥物，給士兵發足夠的軍餉，在平叛的的同時，促進周圍地區的經濟發展，依此解決百姓的貧困問題，這樣就解決了戰爭和發展的相矛盾的事情。”