在成都，自從叛軍圍攻城池以來，雙方都想盡了辦法。朱燮元先是命令附近官軍征收方圓二百裏內的糧食，允許民眾為躲避叛軍攜帶糧食進城，朱燮元這一招既為城裏添加了防守力量，又增加了糧食。然後朱燮元又安排守城事宜，不得不說朱燮元是一個合格的官員，他先保證自己守護南門，那裏是最重要的地方，讓巡按禦史薛敷政守護東門，布政使周著守西門，按察使林宰守護北門，石柱宣慰使秦良玉帶著著名的白蠟杆兵隨時援助最危險的地方。因為明朝軍隊欠響的問題無處不在，為了保證士兵士氣，朱燮元請求蜀王出資幫助補響，並承諾戰事結束後將向皇上請求補償蜀王的損失。經過朱燮元不懈的努力，成都城的防衛可以說是固若金湯，讓奢崇明的進攻總是無功而返。
先是奢崇明命令士兵身披牛皮、獸皮盔甲，帶著鐃鉤爬城，在城外堆積土山，不慢荊棘掩護，用弩箭向城裏猛射，朱燮元就命令士兵士兵用火箭（箭頭纏沾了油脂的布條點燃）襲擊，然後又派人掘開都江堰用水漫灌，結果奢崇明不得不退回想辦法造橋，這就為城裏防守爭取了時間。
一計不成再施一計，奢崇明暗地派人聯係城裏的內奸，朱燮元早就防範了這一手，就在放老百姓攜糧進城的時候，就安排親兵甄別，等這些奸細蠢蠢欲動時，朱燮元就來了個一網打盡，將二百多奸細全部羈押、砍頭，然後設伏，讓奢崇明損失五千精兵。奢崇明又在城外建造木樓，樓高與城門高低一樣，以便窺視城裏的兵馬調動，朱燮元就安排敢死隊冒死突出，斬殺奢崇明三個土司勇士，焚毀其木樓。
總而言之，朱燮元是臨危不亂，調度有方。雙方鬥智鬥勇，奢崇明想盡一切方法攻城，朱燮元則利用一切手段守城，雙方就這樣僵持下來，知道年關將近，奢崇明還是攻不下成都。
而隨著孫承宗、戚金的神機營不斷的取得勝利，成都的士兵士氣高漲，奢崇明的部下士氣不斷低落。當安邦彥造反時，奢崇明興奮無比，認為明軍肯定會大亂，沒想到在一個時辰之內安邦彥灰飛煙滅。得到消息後，奢崇明如喪考妣，不得不安排防守後路，在加緊從各個土司那裏調兵，爭取在明軍到達前攻下成都，以便橫掃成都平原。
孫承宗和戚金在天啟二年正月初六，決定發兵成都，貴州之事就交由李信處理。李信也不含糊，就把自己的親兵派出十組，各自帶一萬民兵分赴貴州的各府、各縣，把凡是參加叛亂的土司、頭人、首領們的地盤橫掃一番。這些民兵們可出氣了，以前騎在自己頭上的那些老爺們現在被自己用繩子綁著，就像狗一樣被牽著到處批鬥，完了把這些人腦袋砍掉，把他們的土地分掉，你說這有多解氣。不過他們嚴格遵守了李信的要求，凡是沒有參加反叛的土司，並且積極幫助朝廷平叛的，不得動其一寸土地，一粒糧食，凡是膽敢違反者，收回其分得的一切財物。李信現在猶如神明，他的話沒有人敢不聽，不聽的話，那如命根子一樣的土地就成別人的了，孩子老婆恐怕也會成了別人的。李信也怕遭人嫉妒，暗語中傷是必須防止的，所以每收複一府一縣，必要通知王三善派人管理，每收服一個土司也通知王三善派人組織安排裏長。但是為了不再發生官逼民反的事情，李信也要求王三善必須以自己的烏紗帽做擔保，他所派出的官吏務必平等對待彝人、苗人及其它少數族裔的人，並把朱有孝開辦的“大明官吏學校”的模式告知王三善，讓他也模仿著這樣建立一所“貴州官吏學堂”。王三善現在對李信是言聽計從，就是李信稍稍有些失禮的方麵也不敢有所怨言。這就是王三善的聰明之處，麵對將來的貴人，現在必須要巴結，這也為後來王三善後來能夠入閣打下了良好的基礎。