送走了諸位藩王以後，朱有孝開始集中精力改造大明朝的海軍艦隊了，目前的海軍艦隊主要是集中在東南部沿海地區，這些艦隊的火炮也是老式的實心彈，現在的作戰方式還主要以登船搏殺為主，對於直接擊沉對方的艦船還是不太多，關鍵是炮彈威力太小，除非是大艦隊遇到小船，可以直接擊沉。
戚金的部隊有一部分老兵就是在船上長大的，所以在孫承宗和戚金回來之後，朱有孝才開始正是決定這個問題的。朱有孝的意思是直接把戚金的部隊改編成海軍，這些精兵都是經過戰場拚殺出來的，有較好的心理素質，再加上他們也都熟悉新式火炮的應用，這樣一來他們很快就可以成軍，迅速形成戰鬥力。
戚金對於皇上欲將其部隊轉為海軍非常高興，這標誌著皇上對自己的重視。戚家軍自從抗擊倭寇開始，一直很注重海軍士兵的訓練，要不然的話也不會有對倭寇的海上圍剿取得絕對性的勝利。但是自從戚家軍被調到薊州以後，海軍方麵的戰例就再也沒有了，隻剩下陸戰蒙古人的戰例了，而且其戰果輝煌勝過了海戰，但是這並不意味著海戰方麵的人才就沒有了，而是成了海陸戰鬥兩方麵都具備的人才了，這才是朱有孝更看重戚家軍的原因，再加上現在戚家軍擴編之後變成了神機營，以後再加以訓練就是標準的大明朝海軍陸戰隊的雛形。這樣一來，這支部隊無論海戰還是陸戰，都將是大明朝的精銳部隊。
建設海軍首先要建設的就是軍艦，現在的軍艦都是木製的，朱有孝想建立的則是由鋼鐵打造的戰艦，但是對於目前的鋼鐵產量和質量來說，這事還不太現實的，所以朱有孝也隻能像曆史上那樣一步一步的前進，首先製造的是鐵甲艦隊。但是就算是這樣，船隊的動力問題也不太好解決，蒸汽機的動力還是很小。在朱靈和宋應星、徐光啟、畢懋康的共同努力下，在經過近半年的研究和試驗中，他們發現有一個重要的問題不好解決，那就是潤滑問題，在曲軸連接處的關節點上，經常有發熱現象，造成了溫度過高使用壽命過短，朱有孝想了想就告訴他們可以用蓖麻油或者菜籽油試一下，最後實驗結果是蓖麻油效果更好。另外還有蒸汽機的調速問題、汽缸溫度問題、傳送動力問題等，這些都是一時半會不還解決的問題。對於這些問題朱有孝雖然心中有解決的辦法，但還是沒有直接講出來，他怕自己說的太多妨礙了這些大牛們的思維能力，讓他們形成解決不了問題就找皇帝的習慣，但是，也講了一點離合器、變速器原理。其他的朱有孝隻是讓他們自己去在實踐的過程中發現問題，繼而解決這些問題，哪怕因此失去了製造艦船的時間向後拖延也在所不惜。
經過這麼長時間以來，朱靈他們也終於製造出了一台可以實用的蒸汽機來，雖然功率不是太高，但是如果用來裝在比較小的船舶上還是可以當做動力的。為了不浪費太多的材料，朱有孝決定把這一台可以實用的原始蒸汽機為藍本，試製十二台同樣的蒸汽機來試驗大明朝的三等福船，一共建造三艘這樣的鐵甲船，每艘船使用四台蒸汽機。明朝的福船分為五個級別，最大的有近二十丈長，四丈寬，六丈高，最小的也有四丈長，一丈寬。一等福船不是用來做戰艦的，就相當於現在的補給艦，二等福船是用來做戰艦的，設計的比較結實，三等福船是用來巡哨的，行駛速度比較快。