劄薩克圖汗自然不會選擇抵抗，在強大的明軍麵前，謨囉唄瑪選擇了接受大明的談判，土謝圖汗部落選擇了抵抗，結局是滅亡，林丹汗這位嫡傳大汗選擇了屈辱的投降，看看他們不同的地位，劄薩克圖汗在哲布尊丹巴活佛的勸說下，愉快的選擇了融入大明，屬於劄薩克圖汗的圖巴人自然也成了明朝的一部分。自此起，喀爾喀蒙古三部徹底融入了大明的體係之中，徹底接受大明農耕文明的傳統文化，放棄遊牧民族的諸多不良習慣。
被盧象升部擊敗的準葛爾部落現在遇到了很大的麻煩，在南麵有強大的盧象升軍隊，他們無法抵抗，在西麵又有哈薩克部落的阻擋，他們隻能逃亡額爾齊斯河和鄂畢河之間的區域，在那裏整合附近地區的勢力。現在他們遇到了另一股龐大的勢力，俄羅斯的哥薩克人也開始進入這一帶地區，並且開始和他們發生了衝突，雖然人數不是特別多，但是他們的凶殘比明軍有過而無不及，不僅搶奪財產，更是血腥嗜殺，所過之處是寸草不留。
盧象升部自從擊敗準格爾部的聯軍以後，收服了土爾扈特部和和碩特部，兩大首領和鄂爾勒克和圖魯拜琥已經成為他的兩個得力手下。經過半年多的休整和訓練，現在盧象升部已經達到近八萬的兵力，部將包括劉芳亮、田見秀、袁崇第、和鄂爾勒克、圖魯拜琥和小帖木兒的兒子哈爾巴拉，可謂兵強馬壯。在這半年裏盧象升沒有繼續向西擴張，也沒有繼續攻擊準葛爾部落，而是環著巴爾喀什湖周圍，按照朱有孝的意思練兵和安頓地方，經營好目前所占領的地域，使這一帶的地域徹底安穩下來，發展這裏的經濟，提高人們的生活水平。這裏將來要成為明軍的一個可靠的前進基地，除了規定的牧區以外，凡是可以更重的肥沃土地今年都已經種下了莊稼，既有本地的春小麥、棉花，也有從內地引進的玉米和土豆，大部分的人口開始定居，形成大大小小的無數個村落，在具有戰略意義的地方駐兵，形成數個小城鎮，這些小城鎮將成為以後的商品交易中心。
和這裏相比，北逃的準葛爾部落的生存條件開始變得越來越差，並且隨著俄羅斯、哈薩克人的擠壓，準格爾部落的一些小部落開始向孫傳庭暗送秋波，對此孫傳庭也是順勢慢慢向北擴張，結果是準葛爾部落的勢力範圍逐漸減少，實力開始減弱。尤其是對於俄羅斯灼灼逼人的軍隊作戰能力越來越差，不斷的向東退縮，失去了鄂畢河上遊，隻能在葉尼塞河上遊遊牧，無奈的哈喇忽刺隻好通過族人向孫傳庭示好。
現在的形勢對準葛爾部落很不利，對於孫傳庭來說，他也需要龐大的人口來填充這一帶的區域，哈喇忽刺的準葛爾部落是衛拉特蒙古四部裏麵人口最多的部落，而且在上次的戰役中沒有受到打擊，但是在和俄羅斯的哥薩克人戰爭中損失慘重，因此哈喇忽刺示好的舉動，孫傳庭馬上給予了響應，很快的就開始了雙方的談判，談判的結果很簡單，就是準格爾部落舉族加入了大明，地位和其他的兩部一樣，也挑選出二萬部落青壯加入了大明孫傳庭的部隊，哈喇忽刺的兒子巴圖爾也成為了孫傳庭的部下，此人很不簡單，在哈喇忽刺去世以後統一了衛拉特蒙古四部，他的第六個兒子葛爾丹建立了準格爾汗國。
孫傳庭的部隊達到了近十萬人，主要是步騎兵部隊，騎兵人數有七萬萬餘人餘下是三萬步騎兵，為了做好和哈薩克人和俄羅斯人的作戰，孫傳庭就派出不少當地精通各種語言的士兵開始對他們的偵查，搜集對方的軍隊信息，包括武器、編製、火炮射程等。