再說西班牙人為了報複明軍和奪回馬尼拉城，也是蓄謀了很久，畢竟他們在菲律賓統治了很長時間，對這一帶的情況要比大明熟悉的多，所以明軍已開始南下，他們就得到了情報，在明軍南下的同時，他們的海軍就開始北上，想趁機奪回馬尼拉，然後再把困在保和海峽的明軍艦隊消滅。
西班牙人的計謀確實不錯，憑著熟悉的地理優勢也成功的完成了這一計謀。在於化龍被困到保和海峽的同時，西班牙人的海軍艦隊也抵達了馬尼拉，在軍艦上的火炮掩護下開始登陸。這時的馬尼拉確實並沒有太多的明軍，隻有不到一萬人的守軍和十幾艘軍艦，因為軍艦太少了，肖海龍也沒有強行出擊，而是把軍艦藏了起來準備進行偷襲。
西班牙人一百多艘軍艦帶著三十艘補給艦大約三萬多人再次占領了馬尼拉城，肖海龍則帶著明軍撤到了馬尼拉的東北側小高地上，任憑西班牙人上岸，把所有的迫擊炮都布置好了攻擊陣地，等待著他們的進攻，消耗他們的有生力量，然後再進行反擊。
奪回了馬尼拉城堡的西班牙人士氣高昂，果真向明軍的陣地發起了進攻，肖海龍則不慌不忙的固守陣地，也不用迫擊炮轟炸，就憑著步槍射擊，反正他們的實心鐵彈對堅固的陣地也起不到太大的作用，就和西班牙人慢慢的磨了下來，耐心的消耗著西班牙人的火炮彈藥。就這樣不緊不慢的和西班牙人消耗了三天，終於西班牙人的火炮終於弱了下來，畢竟他們帶來的彈藥是有限的，三天的進攻也讓他們精疲力盡，攻勢也隨著炮火的減弱停頓下來，為了減輕疲勞，現在大部分的西班牙人都開始住進了城堡休息。
到了第四天的淩晨，還沒等西班牙人起床，明軍的十幾艘軍艦就趁著黑夜的掩護，接近了西班牙人的軍艦，一陣猛烈的炮擊，炸掉了西班牙人的三十多艘軍艦，徹底堵死了西班牙人撤退的海上通道，把主力艦隊堵死在了港口內，然後肖海龍命令所有的迫擊炮對著城堡全力轟炸，被迫擊炮三麵包圍的城堡幾乎沒有射擊死角，小小的城堡裏麵二萬多西班牙士兵被炸得血肉橫飛，死傷慘重，一個時辰後，終於打出了白旗，肖海龍又奪回了馬尼拉城堡，俘虜了一萬多西班牙俘虜。
被困在保和海峽的於化龍也找到了解決的辦法，他讓艦隊後撤了五十裏，讓後就找到了一個西班牙人防守薄弱的小漁村，在哪裏卸下了二萬人的海軍陸戰隊，讓他們沿著海岸攻擊前進，海軍軍艦則沿岸進行炮火保護，慢慢的向前攻擊前進。在戰爭中的攻方和守方各有利弊，守方具有地利優勢，攻方卻有選擇時間的地點的優勢，於化龍就是選擇了有利的攻擊地點。海軍陸戰隊在軍艦的掩護下不緊不慢的向宿務城靠近，前來阻擊的西班牙人就越來越多，因為現在的西班牙人還沒有建立起堅固的城堡，（現存的城堡是後來修建的，原來是木製的）所以他們並沒有裝備守城的大炮，隻能憑借士兵的數量來阻擊明軍的進攻，但是在明軍優勢的火力下，隻能步步後退，最後投降。