隨著對沙俄帝國戰役的結束，朱有孝開始對小玉茲汗國、希瓦汗國等采取經濟合作，軍隊的戰鬥就非常少了，為了更重要的經濟建設，朱有孝繼續將一部分部隊變為建設兵團，讓他們繼續留在那裏，充實邊疆地區的人口，如果短時間內發生戰爭，還可以拿起武器繼續參加戰鬥。
孫傳庭坐鎮秉忠堡堡，成為新成立的朱堡行省總督，管理這個行省的一切軍民事務，張秉忠主官軍事訓練，副手是賀人龍，碩壘坐鎮朱堡，變成了純粹的地方行政官，巴圖爾成為西平城新成立的西平府巡撫，負責這一地區的軍民事務。
朱有孝安排好這些地方事務以後，便將毛文龍的部隊全部調回北京，這家夥屬於好戰分子，打理地方事務還不如他手下的幾個幹將，最起碼像孔有德、尚可喜還做過後來清朝的藩王，而毛文龍現在隻是朱有孝培養的戰將，他的三大部下現在也是彪悍的戰將，他們不能閑下來，需要繼續在部隊發揮特長。
毛文龍的部隊經過精簡，最後留下一萬人的規模，三大部下每人各帶三千精銳，毛文龍自己則留下一千士兵做護衛。這一萬精銳的士兵既有作為骨幹的基層軍官，還有更多的是從近年戰鬥中表現突出的新兵，人數雖然不多，但是戰鬥力非常恐怖驚人。
至於從毛文龍部退役的士兵，朱有孝卻沒有讓他們集體轉業變成建設兵團，而是把他們交給了鄭三炮，讓他駐紮在那個無名小鎮，不過現在已經有了名字了，新名字就叫做定軍堡，士兵們搖身一變成了武警部隊，鄭三炮就成了朱堡行省的武警司令，負責地方的安全，這是一隻新型的武裝形式，將主要負責地方治安，必要時也會參與正式戰鬥。
毛文龍的部隊整編好以後，朱有孝將他們留在京城繼續訓練，武器裝備方麵繼續保持最先進的配備，朱有孝並不是想讓這支部隊守衛京城，那樣太浪費了，現在京城就算是沒有一個士兵衛戍也是安全的，老百姓安居樂業，官員們辛勤處理事物，外敵也根本到不了這裏，朱有孝的目的是要將這支精銳的部隊送給朱由檢，成為朱由檢的武裝力量核心。
自從天啟六年末將朱由檢召回京城以後，朱有孝便將許多日常國家管理的事情都交給他打理，起先是為了防止自己突然出事後引起動蕩，後來看到自己沒有任何意外發生，就重新做了計劃，繼續讓朱由檢代替自己的日常管理，鍛煉他的領導能力。
經過近兩年的考驗，朱有孝發現朱由檢的能力確實出眾，不但是保持了前世的刻苦勤奮，而且還非常注意鍛煉自己的體質，不會發生未老先衰的事情，再就是朱由檢的多疑、寡斷性格不見了，反而是非常善於聽從大家的意見，還非常有自己的主見，完全具備了一個合格君主的條件。
自從朱有孝將朱由檢安排和毛文龍一起出戰開始，朱有孝就打算把毛文龍送給朱由檢，讓朱由檢擁有強大的軍隊，忠心的將領。毛文龍確實也沒有辜負自己的期望，把他送過去的士兵訓練辦法加以實踐，訓練出一支彪悍、凶猛的軍隊，這次的西征戰役，就是毛文龍的考試答卷，毛文龍做的非常合格，這就更加堅定的朱有孝的決心。
宋康年是朱有孝早就給朱由檢準備好的軍師，也就是朱由檢以後的宰相人選，朱有孝也早早的就把他交給了孫承宗去調教，無論是軍事還是經濟、政治上的才華，這家夥是一學就會，而且非常精通。朱有孝從心眼裏稀罕這樣的人才，宋康年真不愧是李自成的大宰相，相比於牛金星這家夥太喜歡享受強多了，但是各人都有自己的長處，斂財方麵牛金星就比宋康年厲害多了，現在還是朱有孝的大金庫。