但是草原瘟疫傳播的速度非常快，無論是天上的飛鳥，還是地上的牛羊、野馬，還有就是肉食類的草原野狼、狐狸，他們也都是傳染源，無法估計他們到底會跑到那裏。可怕的大草原瘟疫讓遊牧的人們談之色變，盲目的四處流浪躲避，結果是更多的地方被傳染，死亡了更多的人口。
瘟疫的大肆傳染，讓沙俄帝國損失慘重，他們不得不暫時停下了進軍的腳步，軍隊更不敢在疫區穿過，補給無法送到前線，於是這場戰爭就被瘟疫阻止了，奧斯曼帝國得到了喘息的機會，代價就是無數的人口死亡，這就是戰爭的殘酷性。
這場瘟疫的蔓延也波及到了大順侯國，因為有大量的戰爭流民湧入，李鴻基對於瘟疫的傳播早就有了一定的思想準備，並沒有給大順侯國造成過多的損失，反而讓李鴻基得到了一個再次擴大領地的機會。
在大明的軍校裏就有這樣的預防瘟疫課程，來自後世的朱有孝對於草原部落的瘟疫戰法有一定的了解，他酷愛讀書，無論什麼樣的書籍，他都能讀的津津有味。遊牧民族會發起瘟疫戰的事情他就是從書中得到的，無論是女真人還是蒙古人，這些都是草原遊牧民族，朱有孝自然會將這種預防瘟疫的方法在軍校講授，普通軍官都懂得預防的理論，隻不過沒有在大明本土發生這種情況。
當李鴻基的情報人員發現艾沙德總督和格萊三世的士兵將大量屍體倒進第聶伯河的時候，他們第一時間就將情報送到了李鴻基跟前，李鴻基和他手下的那些參謀們立刻就著手開始預防瘟疫的發生。
在大明軍隊裏有著良好的衛生習慣，朱有孝從開始在軍校講授瘟疫課程的時候就強調了這些事情，所以士兵們從來不喝生水，如果實在條件不允許，也要把水過濾以後再飲用，這是最後的衛生底線。
明軍隨軍配備的最簡單的清潔物資是明礬，再就是一定數量的生石灰，明礬的成本相對高一些，而生石灰這種東西隨處都可以找到，在大明生石灰是最常見的建築材料，隻要有石灰石的地方，都會燒出生石灰，就算再大明的軍隊裏麵，也有不少的士兵懂得這些基本的常識，會燒製生石灰。
現在瘟疫即將要發生，大順侯國自然要準備大量的生石灰來預防環境衛生。於是便首先在莫洛奇納亞河東岸開始，每一處軍營周圍都灑下了大量生石灰，必須要保證軍隊的戰鬥力，接著才是各個定居點周圍保護居民不受瘟疫的感染。對於瘟疫的傳染，預防工作是最主要的，如果發生了瘟疫再想法控製，那是非常麻煩的，肯定要付出不菲的代價，李鴻基的參謀們製訂了嚴格的預防措施。
首先是在重點區域大量噴灑生石灰，將瘟疫的發生降低到最小程度，其次是要求居民必須飲用開水，任何人不得在野外使用生水，還有就是餐前便後必須洗手，而且必須用肥皂吸收，為此李鴻基不惜免費大量發放肥皂，然後就是實行戒嚴，將領地內劃分為不同等級的防範區域，采取各種級別的防範辦法，盡量防止瘟疫的發生。
在和瘟疫區交界的地方，李鴻基建立了大量的隔離點，這些隔離點的防範措施級別最高，無論是群體衛生安全，還是個人衛生安全，都是防範最高級別。凡是新近過來的流民，必須居住在隔離點，經過一定時間的觀察之後，才可以進入普通定居點。
在藥物使用上，大順侯國調來了大量的中藥材，像金銀花、板藍根、蒲公英、雄黃、硫磺等，除了飲用中藥製劑預防，還用中藥熏蒸居住環境。
大順侯國的預防措施起到了明顯的作用，除了極個別的邊界隔離區發生了一些傳染病人，定居點在嚴格的預防措施下，沒有發生一處，安然渡過了這次瘟疫的流行，讓所有的民眾都感到了大明的安全。