通過這次糧食風波，最終引起銀行市場的劇變，讓朱有孝徹底認清了這個時代人們思想的局限性，包括自己對與風險控製的力度有限性。為此朱有孝決定再次加大基礎建設的力度。
朱有孝一直認為通過不斷增加國家和老百姓的富裕，抵禦自然災害的能力肯定會越來越強，但是對於這次大麵積的自然災害還是出現了不小的風波，尤其是投機囤糧的現象，讓朱有孝心有餘悸，如果不是憑借後世的一些簡單的金融知識和大明皇家貿易商行強大的實力，很可能大明就會發生難以承擔的後果。
在曆史上，從崇禎一年就不斷發生自然災害，大麵積的旱災、水災不停地發生，致使陝西、山西、河南、山東、河北流民四起，而江南的經濟完全控製在大商人手中，他們的代言人，就是所謂的東林黨人，還不斷的為他們提供經濟保護政策，結局是國本動蕩，日漸沒落。最終走到了亡國的下場。
現在的天啟九年，就是曆史上的崇禎二年，也就是曆史上流民起義的大爆發時間，今年是憑借雄厚的皇家財力安全度過了危機，以後是不是一直還要靠這樣的措施解決類似的問題呢？
朱有孝認為這是絕對不可能的，不是以後每一個皇帝子孫都會有自己這樣的超前想法，自己的出現是一個意外，那就必須將抵禦自然災害的方法形成一種製度，就算執行的不算完美，也不會發生危機國家基礎的動蕩。
朱有孝想，為了能夠以後有限的抵禦自然災害，盡量減小自然災害帶來的危機，要建立一個機構，這個機構將由戶部牽頭，利用國家的力量來救濟災民，避免出現大麵積的流民現象，不能僅靠人們的道德思想來保證，要靠實際的物資作為救災的強大後盾。
於是，在朱有孝的建議下，戶部便設立了一個救災巡撫的職務，成立了一個應急衙門，以但發生水災、旱災、地震等自然災害時，便可以隨時調動各地的物資，進行及時、清廉的救濟。
與此同時，戶部還在各地設立了救濟糧倉，裏麵儲備有可以保證當地居民半年的糧食，有了這半年的糧食，再加上老百姓自己家裏的糧食，一般情況下應付一年沒有收成的自然災害不成問題。
自然災害在地域遼闊的大明是常見的，尤其是現在處於小冰川時代，在接下來的幾年中，曆史上除了崇禎三年天氣還比較正常，其他的年份始終有大大小小的自然災害發生，涉及的區域有大有小，而河南、陝西又是災害發生最頻繁的地方，朱有孝便重點加強了這兩個地區的基礎設施建設力度。
袁應泰在陝甘的沙漠治理頗有成效，已經在河套地區修建了數十條大型人工河道，將黃河的水源引到沙漠的深處，讓黃河兩側的沙漠開始變成良田，尤其是內套地區，經過幾年的精心治理，現在變成了一片沃土，加上新型糧食作物在這裏始終成功，這裏生產的糧食已經可以滿足陝甘和廣闊的蒙古人口所需。
隨著黃河上遊治理的不斷改善，人口的遷徙減少，往日一直渾濁不堪的黃河現在開始變得清澈了，水土流失現象得到了良好的控製，這兩年黃河沒有發生泛濫，不過這也可能和這一帶的雨水量減小有關，但是黃河變得清澈是顯而易見。