然而，這種虛假繁榮是不能持久的，在中國經濟持續增長的情況下，股市卻無法體現經濟晴雨表的作用，其走勢往往與宏觀經濟發生背離，這種現象在近幾年尤其顯著。顯然，扭曲的製度結構和低水平的公司治理是問題的根源所在。
首先，正如之前本書所分析的，國有企業由於不具備比較優勢，本質上是不具有自生能力的，它們是為了國家發展重工業的戰略而建立起來的，需要政府的扶持和保護才能生存，這是其承擔的戰略性負擔；而且，由於國有企業主要分布在重工業部門，創造的就業機會很少，因此，隻能把一個工作崗位分給更多個人來做，企業有不少冗員；同時，企業推行的是低工資製度，工人的工資中並沒有養老金的成分，職工退休後依然由原企業承擔相應責任，這被稱為社會性負擔，這兩者共同形成了國有企業的政策性負擔。雖然為了上市，國有控股母公司會把冗員和退休職工從要上市的子公司剝離，由母公司承擔起來。但不少上市的子公司缺乏自生能力的戰略性負擔問題並未解決，而且，即使從母公司剝離出來上市的子公司所在的行業是符合我國的比較優勢，其母公司由於背負著巨大的人員和不良資產的包袱，仍然普遍是缺乏自生能力的公司。顯然，母公司之所以願意為上市子公司承擔社會性負擔，並花大量的資金為其包裝上市，目的不僅僅在於建立一個合乎現代企業製度規範的股份公司，其將子公司作為一個融資工具，以“圈錢”為目的，在實現這個初步目標後或者直接侵占，或者大量非法挪用上市子公司的資產、資金和經營收益，甚至直至“掏空”上市公司，恐怕才是其更重要的目的。這也就是為什麼我國證券市場母公司與上市公司之間關聯交易屢禁不絕的主要原因，而相當部分關聯交易是以侵害小股東的權益為代價的。上述的實例可謂比比皆是，如ST猴王、濟南輕騎、東方鍋爐、三九醫藥等。這是導致代理問題惡化的第一重原因。
其次，股權分置的製度設計導致了大股東和小股東利益在更大的程度上發生分離，更加劇了代理問題的惡化。我國將公司發起人的股份認定為非流通股，而將對外公開發行的股份認定為流通股，由於非流通股每股持股成本遠低於流通股每股持股成本，而非流通股與流通股相比不具有公開的流通性，所以大股東的利益與小股東的利益就發生了本質上的背離。第一，大股東每股持股成本遠低於流通股每股持股成本，導致其一般所持大量股份卻隻需付出比小股東少得多的資本額，這種製度設計非常類似於雙重股權（DUALCLASS），其結果是大股東的所有權和控製權發生了分離，其對小股東的侵害就更加嚴重；因為大股東的種種機會主義行為（包括過度融資、分派高額現金股利、關聯交易等）所導致的成本大部分由小股東所承擔，而其收益則大部分被大股東所占有；第二，由於非流通股不參與市場流通，大股東對二級市場的股價走勢並不敏感，大股東的侵占行為和管理不善即使降低了二級市場股價，但卻絲毫不影響其所持非流通股的價格，這也導致大股東不會關心公司其他小股東的利益。
再次，我國上市公司所有權非常集中；XULIPING（2004）研究表明，超過半數的上市公司隻有一個大股東，第二大股東的平均持股比例低於5%。控股股東通常持有出席股東大會全部股份中的84%，這意味著控股股東擁有足夠的投票權來實施對上市公司的有效控製。胡天存、楊鷗（2003）以我國上市公司2002年1066家樣本考察了股權結構，發現我國上市公司中第一大股東絕對控股的比例為40.08%，第一大股東控股比例在30%以上的有71.97%，在20%以下的隻有0.94%。鑒於我國流通股股東持股份額較少且較為分散，其對上市公司治理的影響還很微弱的事實，作者又以非流通股為基數，考察了控製權的配置情況，發現72.62%的上市公司大股東掌握絕對控股權，大股東控股30%以上的比例高達96.04%。從第一大股東與其他非流通股股東持股比例看，第一大股東平均持股44.5017%，是第二大股東平均持股比例8.6561%的5.14倍，是第二至第五大股東持股總和的2.984倍。這表明，上市公司控製權基本上掌握在第一大股東手裏。集中的所有權結構導致大股東和小股東的力量高度不對等，大股東基本壟斷了公司經營管理及內部信息，小股東沒有渠道參與到公司的重大事項決策當中來，“搭便車”行為也導致其沒有動力去監督大股東，甚至投票反對它。信息不對稱問題非常嚴重，導致廣泛的會計信息失真和內幕交易猖獗，小股東利益因此受損。
隨著經濟體製改革的深入，民營企業也終於叩開了證券市場緊閉的大門，盡管道路曲折，但民營上市公司仍逐漸增多，截至2004年底，深滬兩市共有336家民營上市公司。民營上市公司的增多反映了市場化改革的不斷深入和民營經濟在我國經濟生活中的地位已越來越重要，並且許多民營企業的確是比較優秀的，它們相對獨立、不受行政幹預、對市場非常敏感、堅持以利潤最大化為導向，從而很有效率。但是，由於我國是新興市場經濟國家，家族企業的共同特征在我國也有反映，甚至還有過之而無不及。楊興君、宗長玉和江藝（2003）發現，錯綜複雜的“係”———由民營企業控製多家上市公司的現象越來越普遍，比如著名的德隆係、複星係、格林柯爾係和萬向係等。截至2002年底，我國控製上市公司市值最高的民營企業（新疆德隆）所控製的5家上市公司的總市值為190.01億元，占市場總量的1.52%。張華、張俊喜和宋敏（2004）考察了中國民營上市公司的現金流權、控製權以及二者的分離對企業價值的影響，發現金字塔結構在我國民營上市公司中非常普遍，而且現金流所有權和控製權的分離程度與東亞諸國（地區）相比也是偏高的，而東亞是世界上公認的家族企業通過金字塔結構侵害小股東程度最嚴重的地區。顯然，民營上市公司的這種控製結構會導致嚴重的代理問題，從而不利於公司價值，德隆係的最終崩盤和格林柯爾係掌門人顧雛軍最近事發並非偶然事例。