企業在製定內部控製製度時，應遵從以下原則：
1.領導（業主）重視原則
目前我國企業中個體私營企業居多，家族式企業居多，這樣的企業，內部控製的成敗很大程度上決定於領導或老板的重視和執行程度，如果領導或老板對內部控製不重視，或自身置於內部控製之外，隨便變更、存廢控製製度，將造成內部控製製度失效。
2.時效性原則
內部控製隨著企業內外環境的變化，其效果也會發生變化。因此，企業主（或相關人員）應當適時對內部控製進行評估，以發現可能存在的重大缺陷，並采取措施予以補救。
3.靈活性原則
不同企業行業分布廣，各有特點，因此，在製定內部控製製度時，不能照搬其他企業的做法，而應當根據本企業業務、規模等特點，靈活地製定適合本企業情況的控製製度。
4.成本效益原則
內部控製的任何分工、審核、製衡，都必須考慮是否符合成本效益原則。如果分工和製衡的成本高於其效益，則不應當采用該項控製。判斷一項控製的成本效益，並非易事，而往往需要較多的主觀判斷。需要指出的是，判斷一項控製是否符合成本效益原則，應當站在企業整體利益的角度上考慮。如盡管一些控製會影響工作效率，但對整個企業來講，如果不采用該項控製，則可能對企業造成更大損失，則仍應實施該項控製。
5.重要性原則
對企業成敗有直接影響，如影響盈虧、成本的重要事項，嚴格控製；次要的事項，根據企業的能力限製，簡單控製或不控製。
6.相互牽製原則
相互牽製既是內部控製的一個基本方法，也是內部控製的一項基本原則。內部控製應當保證單位內部機構、崗位及其職責權限的合理設置和分工，堅持不相容職務相互分離，確保不同人員和崗位之間權責分明、相互製約、相互監督，應避免一個人對某一項業務可以單獨處理，或有絕對控製權，而必須經過其他人或部門的審查、核對，以最大限度地減少錯誤和舞弊現象的發生。當然，中小企業由於人員有限，不可能像大企業那樣實行嚴格的相互牽製製度。但是仍應當避免一個人包攬一項業務的整個過程，可以采取相互交叉複核，定期檢查或指定專人審核的辦法，使個人都無法方便地進行舞弊行為。