內部控製是一個有機的係統，包括控製環境、控製目標、控製技術三方麵的內容。因而，企業要加強內部控製，需要結合自身特點，從以下三個方麵著手，在管理實踐中不斷完善內部控製係統，提高內部控製的效率。
1.控製目標要明晰
內部控製目標是內部控製所要實現的目的或收到的效果。目標的主要功能，一是提供一個中心點，來分配組織資源和擬訂作業計劃；二是提供一個尺度，作為評價進度與績效的指標。
企業內部控製的目標與其經營目標緊密相關，企業經營目標一般包括：提供良好的產品與服務，超越競爭對手，為員工提供合理的待遇，維持正常的發展，維持合理的投資報酬，重視社會整體利益等。內部控製的目標雖然有多種提法，但主要有維護資產安全、完整及有效使用，保證各種管理信息的存在、可靠與及時提供，盡量減少不必要的成本、費用以求盈利，保證下放的各種職責得到圓滿履行，提高各項作業的效益或效率，預防或查明錯誤和弊端，為管理政策的製定尋找依據和履行各種法律義務。
要實現上述內部控製目標，應確定企業內部每一管理階層所應達到的具體目標，進行目標分解；內部各階層應協調合作才能達到預定目標，因此有必要在各部門之間有效地分配資源；將各作業目標與作業計劃傳達給有關負責人，使其了解本部門的工作職責；誘導各部門主管盡可能以最精簡、最有效的方法領導下屬；維持各部門的平衡，促進整體活動的協調；準確而適時地表揚績效卓越的下屬，或批評績效不佳的下屬，並幫助其找出原因及解決辦法。
明確控製目標，前提是科學地製定目標。依據企業戰略目標製定公司年度計劃，並將其細分至相關部門，確定產品（技術）、銷售、生產、成本、工資、費用、利潤、資金等各項部門子計劃，各部門再據以製定更詳細的目標，如銷售分解至片區落實到業務員、成本分解至生產工序落實到班組、費用包幹至部門落實到項目等等。
有了控製目標，企業的一切工作才能有的放矢。而更重要的，是必須在計劃的執行過程中強化控製目標的剛性。企業的生產經營總是處於動態之中，實際的運行會與計劃有所偏差。一般來說，計劃的製定者會根據以往經驗和預測因素考慮一些彈性，使製定的計劃在執行過程中更符合實際和切實可行。當實際工作沒有達到計劃目標時，不能輕易容忍差距，而應認真分析執行過程，尋找原因。這樣堅持下去，一方麵可以督促企業全體人員施展才幹、各負其責，為完成總體計劃盡最大努力；另一方麵也可以促進製定的控製目標更趨科學。
2.創造好的內部環境
一個企業的內部控製不可能在真空中進行設計、執行和評價，它必然受到組織結構、職工的勝任能力及忠誠度、分權與責任表達、預算與財務報告、組織牽製與製衡等多種因素的影響。控製環境是對控製程序和控製技術的選擇及其有效性有著重要影響的各種因素的總和，包括外部環境和內部環境兩大類，但外部環境超出了企業的控製能力，因而不能作為內部控製係統的組成部分。
內部環境主要包括三方麵的因素：
（1）製度執行者的態度與素質。
執行內部控製的企業中層管理人員和企業廣大員工是否充分認識內部控製的重要性、各自工作崗位的重要性及對整個控製與管理的意義；各崗位、各環節的執行者，有沒有勝任本職工作的專業知識和專業技能，有無較強的工作責任心與誠實的態度。
（2）企業管理層對內部控製的重視程度。
企業管理者是否強調和宣傳內部控製的性質與重要性，是否認真組織和領導內部控製製度的設計工作，是否以身作則嚴格遵守控製製度的規定，是否采用了相應的管理政策與措施來保證製度的認真執行及科學評價等。