對軍隊的清理不僅在核心隊伍中進行，在對俘虜中留用乃至征集挑選出來的七萬餘治安軍中也廣泛的展開了。所不同的是對這些並非核心力量的“外人”按照舉報和口供兩相核實就可以決定的原則來進行，在這些隊伍中一時件也有近千人被翻出舊案，數百人被嚴刑處決。
當初處斬上千人，關押八九百人的清洗不但在隊伍中的戰兵部隊和原工匠營組成的核心隊伍中帶來了震撼，也同樣震撼了新組建不久的治安軍各營。
在隊伍之外，原本視張海等人為闖入城內的賊寇的不少人也對這股力量的印象大為改觀，雖然舉人以上受到抄掠和嚴懲的那些利益群體不可能有多少人投靠，但在采購和采辦乃至經濟動員等許多事物上原本讓張海隱隱感到的消極對抗情緒卻削弱了很多。
在青州之戰前利用工匠營的人做為戰勤和輔兵實際上是一種擴軍時兵源匱乏的迫不得已之舉。在完成了對部隊的清理後，張海對隊伍進行了重新的整編：
近衛一營、二營、三營三個兩千人左右的營群十二個連群正式升級擴編為三個步兵旅、十二個步兵營，三十六個步兵連。雖然戰兵部隊在清洗中也有所損失，但在補充了柳香等人從江北帶來的山東挑選征集並經過了一月之久訓練的少年新兵後仍然保證了擴軍後每連一百六十步兵官兵、總計近六千官兵左右的規模。十二個步兵營在獲得了一些青州新造的補充裝備後所擁有的炮兵規模重新恢複到了青州之戰前張家新軍全軍所擁有的炮兵數量，不過炮連的規模有所精減，擁有七十二門九斤彈青銅炮及二十四門臼炮及其所配屬的一百幾十噸炮彈被分屬到了十二個炮兵連近兩千人左右的炮兵隊伍中。每個炮兵連所攜帶的火炮少了，但是所攜帶的炮彈並沒有減少多少。加上營指揮力量及必要的通信聯絡機構，整個南京城內張家新軍的核心力量重新恢複到八千七百人、兩千多匹馬的規模。
在武器裝備方麵：加上出征後的一個半月青州府內新造並由柳香等人帶來的兩萬餘支舊銃及相營的彈藥。僅在南京三個步兵旅八千七百餘人所擁有的臼銃總數達到四萬五千餘支、經過補充和整備後彈丸總數重新恢複到三十餘萬發，所能跟隨隊伍攜行的就超過十八萬發。而九百名左右的弓手所能攜帶的箭支總共隻有五萬餘支箭左右。
從火力和彈藥上來說，火炮和臼銃等火器暫時成為隊伍主要的戰鬥力構成，除了這些兵器最容易在比較短的時間內形成戰鬥力並被新兵所掌握外，經過簡單改進後的臼銃和火炮在這江南陰雨之地更能保證戰鬥力的可靠性是重要原因之一。
在盾甲及其他兵器方麵，江南之地獲得了不少水力機械方麵的人才，可不論是秘密後膛火器的研發試製還是類似西方水準全身板甲的研發和試製都暫時還沒有眉目。不過依靠從青州之戰至運河一路而來多次大戰殲滅眾多敵人的繳獲還有大戰前隊伍出發時的家底，以步兵為主的戰兵幾乎全員保證了能普及到比較堪用的包棉鐵甲，在七萬多治安軍步兵營中，大部分人也普及到了明軍一般戰兵水準的繳獲來的鎧甲。
舊曆十月二十一日，當重新清理整頓後的隊伍重新集結起來時候，張海看到又重新看到了青州城防戰及之前那些完全由與自己差不多年紀的少年們組成的單純而又朝氣蓬勃的隊伍。
“自從鹽山舉事以來，我新朝義軍雖然多次攻城掠地大破敵人，但始終是在流動中的點線上作戰。最多時不過擁有幾府數縣之地，然而自今日起：革新戰爭的轉折點終於到來了：那就是我們將要向敵人的至少一省之地展開全麵進攻，不僅僅局限在少數城牆或寨牆構築起的防區裏，也不僅僅是以運動或隱蔽來做偽裝，我們堂堂正正的向敵人進攻並尋求決戰。當新進入隊伍不久的戰士也能按照我們隊伍中的要求完全達標的時候，那就是徹底推翻舊天下革新人間的時機將要到來了。經過幾次大的殲滅性打擊，至少在半年之內朝廷都難以對我們長江以南的主力發起有威脅的反撲。我也相信你們不會在掃蕩江蘇浙北的殘敵時遇到克服不了的困難。但是要記住你們的使命不僅僅是普通的戰士、在革新事業的初期還有執掌天下為廣大良民百姓做主的重任。我不希望南京城裏之前那血腥的一幕重演，也不希望你們不是倒在敵人的刀槍銃箭之下，而是因為無法約束住自身而遭到軍紀國法的處決之下。”張海並沒有多少顧忌的對清理整頓之後，準備踏上新的征途的隊伍把任務和責任講清。眾弟子中也沒有多少人擔心因為消息的泄露而導致敵人有所防備或者準備頑抗，而這種明確了任務的出征作戰相比舊時的愚兵之法，則在很大程度上減輕了新戰士們對第一次隨老兵們參加作戰的顧慮。