比拿戰時代的葡萄彈還大了不少的六兩的重鉛彈飛到一千八百米遠左右的射程邊緣仍然有著鈍殺傷重裝步兵的威力，但對於不少磚瓦石房內的人卻並沒有能力構成多大傷害了。可城頭上的二十四門長炮在三十輪開中打出的近兩萬發重鉛彈卻足足殺傷了雲集在宮城附近的近一成守軍，著實引起了不小的騷亂。在這不過一頓飯左右的時間內，在城頭指揮下徑直從各個方向上突向宮城的第三旅步兵營就逼近到距離宮城很近的地方。利用配屬各營的銅鼎炮和長炮在弓箭拋射邊緣的射程上對宮城內的敵兵展開了抵近射擊。
在突擊過程中隊伍也時不時遭遇了城內一些“見義勇為”的武士們零散的襲擊，這些人的數量還不少，但宮城主要地區都遭到炮火壓製的情況下卻難以有效的調動指揮，在進攻通道上隊伍遇到的上千零星抵抗的敵人雖然給隊伍帶來了幾十人的傷亡，卻也連遲滯的作用都沒有起到多少。當三個主力營的隊伍在京都宮城外完成了彙集組成了比較有效的戰線後，從後麵包抄過來的敵人也遭到了一邊島般的殺傷。
京都城一帶有自己的武裝力量，可武裝力量的規模比江戶一帶少了很多。沒有周邊隨時可以動員的八萬旗本武士以及二十萬大軍，兵力僅僅隻有江戶一帶的四分之一，還不到進攻的第三旅群兵力規模的十倍。
在這種情況下，戰鬥呈現出一邊倒一般的態勢，宮城附近雲集起來的大軍在又遭到了猛烈槍彈炮火的橫掃後還不到一刻種的時間就土崩瓦解了，而做日式城鎮似的核心堡壘，也在猛烈的炮擊下被打的千創百孔，石壘率領部隊從唐門、永明門、日華門、月華門等各個方向上衝入了京都宮城。
明清時代的中國皇宮內宮女太監護衛等等人數繁多，此時的日本天皇皇宮可沒有那樣的排場，不少人還都躲了起來，使在炮火下遭到沉重打擊的整個宮城顯得鬼氣森森。可強悍的戰鬥力使的新軍主力部隊敢於分成以班為單位的分隊行動，在二百多個分隊的掃蕩下很多躲避在宮內的敵人及非武裝的宮女仆從不是被消滅就是被俘虜後集中起來看管。
巷戰給新軍戰鬥力終究打了不少折扣，麵對經常處於暗處的敵人第三旅的部隊在最終的清理行動中傷亡累計達一百七十餘人，傷亡比差距同正常的野外交戰縮小為原來的三分之一。但這並不妨礙整個突擊作戰行動以最快的速度達成了。
為了避免給之後的抄掠還有吃大戶帶來麻煩，石壘也覺得寧願多承受幾十人的傷亡，也應該避免一入城就用放火解決問題。雖然哪怕是京都，這些建築也往往比中原的城鎮更為易燃。
或許是因為城頭上炮火的威懾使宮城內的不少要人不感輕舉妄動，或許是第三旅在淩晨登陸之後不理睬前來談判的使節，直接進行快速而直接的突擊作戰，終究還是使政仁天皇、德川和子以及政仁所偏愛的一名宮女還製三名護衛終究沒有來的及從地道逃脫掉。這多少使得石壘有些欣慰。