企業股份製改造最根本的好處在於從根本上轉變了企業的經營機製，由原來的對上級單位負責變成了對全體股東負責，由原來的按計劃經濟規律辦事變成了按市場經濟規律辦事。有的企業進行股份製改造後，原來的上級母公司變為占絕對控股地位的第一大股東，股份公司領導仍由上級公司指派，有的幹脆就是一套班子兩個公司。這種股份製改造往往是換湯不換藥，換籠子不換鳥，企業經營機製沒有得到根本性的改變。萬科的股份製改造從一開始就進行得比較徹底，公司股權非常分散。目前第一大股東僅持9％的股份，國有股不到10％，法人股僅占11％，是名副其實的公眾股份公司。沒有控股母公司的支持，萬科一切都得靠自己。所有權和經營權的徹底分離，使得萬科的經營管理必須麵對更多的監督和壓力，同時也更加規範，更加靈活，可以完全按照市場經濟規律辦事。
1998年12月，王石接受《上海證券報》記者采訪時說道：“不要說20年前，就是在10年前發行股票的時候，我也決沒想到發展會如此之快。而在其中起關鍵作用的並不是我們這些人，而是市場這隻巨大的無形之手。”
這句話的後麵，確實有著王石的切身經驗，在一個大時代，很多事情都超出了個人的預期和把握。
萬科發行股票沒有半年就遇到北京春夏之交的政治風波，經濟走勢偏軟，一些股東沉不住氣，低價出售萬科股票。一年之後，深圳櫃台交易的股勢發生微妙變化，一路追漲不停。當時股票交易的規則還比較粗糙，交割的方法還是背書式的手工操作，但有一條是現在深滬兩地股市想做卻做不到的：個人股、法人股、國有股都一視同仁，可以自由掛牌買賣。90年代初，能在深圳證券公司櫃台掛牌的就那麼幾隻股票，僧多粥少，股票狂漲！萬科股票從一元零幾分盤升到38元，櫃台外交易（黑市）則接近50元。投資也就是一年多的工夫，就有百分之幾千的利潤啊，此時不出貨待到何時？
萬科最大的股東是特區發展公司，當時擁有800萬股，按平均每股25元計算也值2億元。在母公司總經理辦公室裏，王石熱情鼓動王新民總經理趁昂揚的行情拋售股票，回籠資金。被資金短缺所困的老總苦笑著：公司是政府所有，企業股也是國有資產，變賣等同國有資產流失，誰敢賣？
同是國有企業的北京廣播器材廠（非董事股東）卻采取了市場化的做法。廠長王殿圃心急火燎地通知深圳沽售40萬原始股，在市場上以每股30元的價格拋出，獲利近1200萬元，投資建造職工宿舍，獲得全廠上下擁戴。幾年後，王廠長調到深圳任賽格董事長，提起此事依然視作得意之舉。
同樣是在體製的約束之下，做法不同，結果完全不一樣啊。
大股東擔心的是賣出萬科股份犯了禁忌，萬科擔心的是原來的上級公司也就是第一大股東，如何按市場價格參與擴股。盡管不能在市場價格好的時候出售股票回籠資金，但為了保持控股地位，卻要在每次擴股時按市場價格跟進，這是特殊的製度結構導致了大股東陷於兩難的局麵。自從改製為股份公司後，許多人都羨慕萬科股權的分散，認為萬科的股權架構避免了一股獨大的局麵，完成了所有權同經營權的分離。而王石隻能苦笑，他說，根據萬科發展的曆史得到的體會，在企業還沒有足夠大以前，獲取大股東的支持是非常重要的。但由於萬科的第一大股東的股權隻占9%，不會全力以赴支持萬科的業務拓展，尤其在需要資金支持時更加會造成很多摩擦。實際情況是，自1989年萬科股票實現櫃台交易以來，萬科一共擴了四次股，除1993年增發B股外，每次擴股都同第一大股東發生矛盾，尤以1997年增發最為激烈。