靳輔原任安徽巡撫。他在安徽任上即注意農田水利，曾“疏請行溝田法”，“澇則泄水，旱以灌田”，並針對黃河年久失修問題多次上疏，闡明自己的治河主張。康熙帝對他的工作十分滿意，“獎輔實心任事”。因此，在五易河督而不得其人的情況下，康熙帝深知靳輔“可任大事”，遂決定起用。然而，朝廷中有不少人反對，康熙帝“排群議而用之”，於康熙十六年（1677年）三月大膽提拔了他。當時，人們對黃河水患大有談虎色變之感，群臣對於河道總督也視為畏途。靳輔受命之後，果然不負康熙帝之重望，他“不憚胼胝，不辭艱巨，不恤恩怨”，全力以赴地投身於治河工作之中。經過數月艱苦細致的實地考察，他製定了包括八項內容的治河方案。不料，這一方案卻在廷議時被議政大臣們以經費緊張及用夫過多為由請暫緩實行。這時，康熙帝雖然已被靳輔的治河方案所打動，但並未簡單地下令支持他，而是很策略地說：“河道關係重大，應否緩修，並會議各本內事情，著總河靳輔再行確議具奏。”一方麵表現了他對治河工作的慎重，同時也表達了對靳輔的充分信任和支持。靳輔深知康熙帝的用意，於是再次對黃、淮、運各重要工程進行周密地考察，最後終於用無以辯駁的證據、令人信服的道理征服了群臣，使治河方案得以通過。在施工過程中，靳輔又親臨第一線晝夜指揮，即使有時身體不佳，“顏色憔悴”，也堅持在治河工地。幾年之後，治河便取得了顯著效果。
治理黃河絕非一勞永逸之事，康熙帝也深知治河之艱難，因此，不時召集有關的治河大臣於禦前會議，命其各抒己見。後來，在禦前會議上發生了直隸巡撫於成龍與靳輔之間的爭論和矛盾。於成龍也是一位治河專家，但他與靳輔的意見不一致。靳輔力主在高家堰修重堤，反對在下流開海口；於成龍則反對築重堤而主開海口。彼此在禦前爭辯，各持己見，寸步不讓，後來竟發展為互相攻擊。於成龍攻擊靳輔“事事貪黷”，“罪不勝誅”，又說他於上流放水，淹沒下流，“江南百姓欲食伊之肉”。靳輔則說於成龍“妄自尊大”，“因羞成怒，恨臣刺骨”，其所說“皆誣陷之言也”。康熙帝雖然認為二人在禦前互相詆垢，殊失大臣之體，但是為讓各人暢所欲言，而且因為二人都是幹練大員，並不因言廢人。
於成龍說靳輔“事事貪黷”。康熙帝曾問靳輔僚屬中何人最清廉。靳輔坦率地回答：“清廉二字，人所難能。臣起家寒微，蒙皇上畀總督河務之職。河工浩繁，員役眾多，其中賞賚激勸，使之奔走，不無費用。即臣衣食所資，亦皆仰托皇恩，舉家溫飽。若古人一介不取，一介不與，遠愧不能。臣自揣如此，何敢保其僚屬清廉，以欺聖明。”他直言不諱地承認自己並不清廉，僚屬更是如此。康熙帝並不深責，說：“此語正見汝之不欺爾！”於是一笑置之，仍舊依靠重用，以發揮其特長。靳輔治河十餘載，嘔心瀝血，不辭勞苦，終於大見成效——“黃淮悉複其故，運道大通”。
靳輔說於成龍“妄自尊大”，康熙帝也深知其人爭強好勝。但於成龍畢竟辦事有魄力，而且任直隸巡撫政績頗優。因此，康熙三十一年（1692年），靳輔死後，康熙帝便命於成龍繼任河道總督。於成龍上任後，依舊按照靳輔所規劃的方案治理黃河。康熙帝問他：“爾嚐短靳輔，謂減水壩不宜開，今果何如？”於成龍回答：“臣彼時妄言，今亦視輔而行。”當時，廷臣認為“成龍懷私妄奏，當奪官”。但是，康熙帝考慮，於成龍既已承認錯誤，又有能力，便命留任，並且照舊信任。這使於成龍非常感動，遂實心任事，並為治河做出了貢獻。
康熙三十九年（1700年），於成龍病故。這一年，黃、淮兩河泛濫，“南北阻絕，運道難通”，形勢十分嚴峻。康熙帝又任命張鵬翮為河道總督。早在於成龍在任時，康熙帝便詢問“諸臣中誰可繼者，眾以公（指張鵬翮）應”。可見，康熙帝對河道總督的人選早就作了考察與安排。張鵬翮上任後，采用逢彎取直之法治理黃河，取得了明顯效果。康熙四十七年（1708年）秋汛時，黃、淮兩河安然無恙，自靳輔以來幾十年的治河效果在實踐中獲得了檢驗。康熙帝十分欣喜，稱“兩河安晏，堤岸無虞，深為可嘉”。康熙朝對黃河的治理取得了很大成績，並在古代治河史上留下了光輝的一頁。無疑，這與治河專家靳輔、於成龍、張鵬翮等人的努力是分不開的。而康熙帝知人善任，能夠不計較他們的過失而充分發揮他們的特長，給他們以施展才能的機會也是至關重要的。著名清史專家孟森先生在論及康熙帝治河時曾說他“愛惜人才”，“未嚐熒聽而輕罪爭執之人”，“可謂有道之氣象矣”。正是對康熙帝善於用人的充分肯定。