在解決了信息流和資金流等問題之後，阿裏巴巴不排除會挺進物流行業的可能性，因為物流在電子商務產業鏈中將會扮演越來越重要的角色。要想讓天下沒有難做的生意，馬雲走這一步是必然的。
2006年11月22日，阿裏巴巴跟中國郵政簽訂合作協定。中國郵政的EMS成為支付寶的推薦物流服務商，作為交換，中國郵政的綠卡和網上支付彙款業務將與支付寶掛鉤。雙方合作之後，阿裏巴巴和淘寶及外部千餘家網店用戶可輕鬆選用EMS標準服務（簡稱E標準）和e郵寶作為物流形式。
阿裏巴巴和國家郵政局的合作，除了上述物流方麵，還在資金流方麵展開。網上購物用戶將突破以銀行卡為基礎進行網上支付的限製，郵政綠卡用戶可以開通網上支付業務通過支付寶進行網上購物，非郵政綠卡用戶也可以直接在郵政櫃台交付現金生成電子商務彙款單，並在櫃台預留密碼，憑借彙款單彙兌號以及預留密碼給支付寶賬戶充值，參與網上購物。用戶選擇支付寶作為支付工具在網上購物之後，可以實現在線向EMS下單，而EMS根據支付寶傳送的信息提供上門收件服務，無須電話聯係，大大方便了普通個人用戶。
可以看出，引進中國郵政的速遞公司作為戰略夥伴，可以有效地提高電子商務的投遞服務質量，同時阿裏巴巴也能以規模談判來降低物流成本。
馬雲這樣解釋他選擇與中國郵政合作的原因。物流是電子商務發展的瓶頸，與中國郵政的合作將有效彌補阿裏巴巴的缺陷，從而達到優勢互補的目的。
借助中國郵政遍布全國的經脈，無疑將進一步延長馬雲旗下產品的覆蓋率。馬雲說：“我一直都希望，有一天能夠參加中國郵政的建設，所以在阿裏巴巴成立之初，我就希望能夠跟國內實力最強大的物流公司——中國郵政合作。”
物流係統完善了阿裏巴巴的平台架構，也使得它再次走在了時代的前頭。從與中國郵政合作的舉動上，可以看出馬雲對未來市場的巨大信心。“在未來幾年之內，它一定會對中國的電子商務、電子支付產生重大的影響。”馬雲如是展望。
支付、物流及誠信一直被認為是電子商務的三座大山，2006年國家也開始把誠信作為電子商務焦點問題來解決，這意味著電子商務的三座大山正在逐步被攻破。
阿裏巴巴正逐步由為中小企業提供在線交易平台的初級服務轉變成為中小企業的生態鏈提供服務的更高級B2B業務，不僅提供在信息流、物流和資金流上的服務，還在中小企業最急缺的線下展會、貸款融資、信息化管理等方麵提供更加全麵的增值服務。
【業界看台——與時俱進，擁抱變化】
馬雲無疑是善變的，浙商的精明在他身上一覽無餘。互聯網最大的特征是變化，阿裏巴巴就處在不斷的變化之中。馬雲深知，在千變萬化的市場麵前，不變的結果隻有死路一條。
“擁抱變化”是阿裏巴巴的所謂“六脈神劍”之一。馬雲對此的解釋是，突破自我，迎接變化，把變化當作日常生活。
的確，這些年，阿裏巴巴都在經曆劇烈變化。成立中國供應商、推出誠信通、成立淘寶、成立支付寶、收購雅虎中國、分拆業務、籌備上市，幾乎沒有停歇，阿裏巴巴員工從幾十人發展到幾千人。
在阿裏巴巴內部，變是不需要理由的，馬雲要摧毀的，是員工頭腦中的一切慣性和惰性，他要榨幹的是，員工的全部創造性。
關於“擁抱變化”，阿裏巴巴的詳細闡述是：突破自我，迎接變化。對於本行業的特點有深刻的認識，堅信變化是我們的日常生活。對於公司的變化，認真思考，充分理解，積極接受並影響和帶動同事。對於變化對個人產生的影響，理性對待，充分溝通，誠意配合。在工作中善於自我調整，具備前瞻意識，建立新方法、新思路。麵對變化後產生的挫折和失敗，能夠重新調整，以更積極的心態投入到改進中。
我們認為，除了我們的夢想之外，惟一不變的是變化！這是個高速變化的世界，我們的產業在變，我們的環境在變，我們自己在變，我們的對手也在變……我們周圍的一切全在變化之中！
在建立阿裏巴巴的時候，不少電子商務公司是麵向大企業的。但馬雲預測，網絡的普及可能就是大公司模式的終結。因為，在網絡時代，一家公司要進入他國市場並不需要太多的錢，網絡的大量即時性信息使中小企業可以獲得更多的市場機會。
當其他人還沒有意識到互聯網這個動向的時候，馬雲就已經敏銳地捕捉到了這一變化。因此，馬雲想：“我為什麼不能給這些企業一個網絡出口呢？”於是就有了不同於當時任何電子商務模式的、專為中小企業服務的“阿裏巴巴”。