病蟲害會降低鮮花保鮮的時間及降低鮮花的品質。在切花及葉上常帶有病蟲卵是限製其國際貿易的主要原因。因為切花中有病蟲是引起其較快速衰敗的主要原因，因而在出口時切花常用甲基溴化物熏蒸消毒以延長其采後壽命，但它對許多切花也相當有害，甚至在不引起可見的物理損傷時，減少其貨架壽命。
作為替代法，新西蘭的鮮花生產商用采後將鮮切花放在一個箱內熏蒸消毒的方法來控製病蟲害。具體方法是：將青黴素溶解於二氧化碳（在一個壓力罐中），並將此“溶液”用管子輸入箱中，隨二氧化碳的揮發，青黴素在葉或花的表麵覆以一層，殺死很大範圍內的對其敏感的昆蟲。
所使用的熏蒸劑為甲基溴化物或青黴素。由於花通常不食用，因而采後受有毒化學品的影響，從理論上講，應比用於食用的水果、蔬菜小。對花卉來說，影響的主要是環境。因而在有害化學品登記時，相當困難。另外，一些消費者擔心有毒化學品的使用。由於這些原因，許多國家花卉生產者正努力嚐試用非化學法來殺死昆蟲，如用某種蟲害的天敵來殺死昆蟲，但這給切花生產者帶來了檢疫問題，發展上受到了限製。
常用的切花采後防侵染處理是電離射線法。射線被廣泛用於消毒醫用物質及設備，也用於食品消毒，用射線殺死切花中的昆蟲的效果不好，甚至殺死昆蟲所需的劑量較低時，射線處理也會引起切花貨架壽命的顯著降低。但日本近年來的研究顯示，對菊花來說，將花放入含蔗糖溶液的瓶中，則電離射線的副作用可完全克服。