當前用於觀賞植物近距離運輸的工具主要是卡車及船運，海上船運或卡車運輸比飛機運輸更經濟，但需時較長。較長期運輸的問題與長期貯藏相同，如葉、花褪色，脫落，花苞不能開放，疾病的快速發展與傳播等。
保持盆栽植物的品質和種植條件與運輸過程密切相關。在種植因素中，最重要的是光照與施肥。種植時，盆栽植物暴露在高水平的光合強度下。在運輸及出售時，光照強度通常低於光補償點。對觀葉植物，低的光強導致葉褪綠、脫落，同時降低碳水化合物和葉綠素含量。低光強時，如溫度適宜，損害可部分避免。
對長距離運輸，植物需有非常好的品質，根係應無害蟲。植物應在運輸前一天澆水，冷藏室的相對濕度保持高於90％以防植物退化。
盆栽植物在可控環境內運輸，應保持溫度穩定，空氣循環及通風。將其包裝在箱中，並放入敞口卡車上運輸，這種方法也常用於運輸較大的盆栽植物。一些植物對物理損傷抗性較大，可采用水平放置運輸或裝入條板箱中運輸。一個相對新的方法是裸根運輸，由於去除運輸介質及容器，運輸費用大大減少，可減少超過50％的運輸空間及重量。這種運輸法也用於水培法生產的植物，以符合一些國家製定的衛生要求，防止土傳病原體的傳播。
長途運輸前，用乙烯活性抑製劑處理植物，可減少乙烯的危害。對一些植物，用萘乙酸處理，還可減少各種植物器官的脫落，起到了萘乙酸與乙烯活性抑製劑的協同效果。完全開放的花比花苞期的花對乙烯更敏感，因而，觀花的盆栽植物在花苞期運輸是非常重要的。
在國際市場上，盆栽植物俏銷，經常遠離產地銷售，因而需運輸。對一些觀花的盆栽植物，貯藏可延遲開花，以滿足特殊的節日需要（如百合）。