這件事傳開後，引發了民眾的義憤，不時有人在街談巷議中抨擊時政，有越來越多的人被官府投放下獄，臨獄裏人滿為患。而更讓官府感到頭疼的是，原先已接近銷聲匿跡的市井遊俠，如今又活躍起來，他們襲擊地方官員和執行焚書命令的辦案人員，一天數起，弄得地方官吏和辦案人員風聲鶴唳，草木皆兵。
各地的郡守紛紛要求朝廷給予他們更多生殺之權，甚至要求朝廷派遣大軍駐防各地，以防民亂。
接到各地的奏報，秦始皇立即召集李斯、蒙毅商諛對策，並把長子扶蘇也叫了來。
扶蘇哪一點都像秦始皇，英武、果敢、天姿聰穎，隻是太過於忠厚仁慈，在秦始皇看來，忠厚仁慈就是軟弱。
秦始皇意識到扶蘇快28歲了，卻沒有經過政治風險的曆練，沒有經曆過戰爭的考驗，比起當年28歲的自己，不可同日而語。自己28歲時，已經當了15年秦王，在內政、軍事、外交上已經經曆了無數次大風大浪。此時的秦始皇因為長年為軍國大事操勞，身體健康狀況大不如前，他決定讓扶蘇開始接觸軍國大事。在秦始皇看來，隻要經過一番曆練，扶蘇就能成為大秦帝國未來的合格掌門人。
李斯和蒙毅就一個要堅持原則，一個要根據實際情況靈活變通，彼此爭論不休，各有各的道理，秦始皇沒有立即表態，他問扶蘇有何看法。
扶蘇認為，立法宜嚴，但執法宜寬，因為人事千變萬化，不是區區幾條法令就能囊括殆盡的。譬如說，秦地老百姓不注重讀書，在這些地方執行焚書令不會遇到多大的阻力，但是，齊魯兩地文風甚盛，先前齊宣王還設置稷下學宮，召集天下學者討論學術，書簡氣息濃厚，大家都喜歡讀書，幾乎家家戶戶都有藏書，所以，要在這兩個地方執行焚書令，肯定會阻力重重。尤其是在魯地，那裏是孔子的故鄉，孔子在那裏被稱為聖人，如果要拆他的祀廟，恐怕會招致民眾的抗議，甚至會引發更大的風暴。所以扶蘇鬥膽進言，對於挑撥是非的人要嚴懲，但大成殿不必拆除。朝廷應派專人去安撫，恩威並濟，雙管齊下，這樣才能平息老百姓的不滿。
始皇轉過頭去問李斯和蒙毅：“扶蘇的意見，兩位卿家以為如何？”
兩人一致讚同。但派誰前去安撫呢？這個人必須要有威望，能代表皇帝說話。很顯然丞相李斯是最合適的人選。但李斯不願前去，他心裏很清楚，焚書一事是由他引起的，他若前往魯地，不僅魯地的百姓要找他討說法，那些刺客遊俠恐怕也不會放過他。而派蒙毅前往，秦始皇又覺得他的身份不夠。思來想去，他決定派長子扶蘇前往。
扶蘇輕車簡從，隻帶了少數護駕人馬，深入民間探訪民情，並做好探訪紀錄。
他取道魏地，經過原來的趙國和齊國，前往魯地曲阜解決孔府大成殿問題。
一路上，他明令地方官免掉接送等繁文縟節，也不要隨同陪護。每到一個城市或集鎮，他都會微服私訪，帶著兩名隨從，在市井茶摟閑逛，了解民間實情。
通過和各地父老鄉親近距離接蝕，扶蘇了解到了事情的真相。焚書令對絕大多數民眾沒有產生太大的影響，一個縣城也找不到幾戶藏有古籍的人家，絕大多數老百姓都沒有讀過書，不識字，就是認得幾個字的人，也不會讀這些艱澀的古籍，他們靠一代一代傳承下來的經驗生活，對燒不燒書漠不關心；商人雖然識字，但忙著賺錢還來不及，哪有時間關心這些。真正嚷著反對焚書的，是那些靠研究古籍、著書立說為生的儒生和其他各派學者。
雖然如此，但焚書一事所引起的後遺症是可怕的，地方官員乘機勒索；仇家借此誣告興訟；儒生在中間挑撥煽動，說這些古籍都是上天借由聖人傳下來的啟示，嬴政燒這些書就是褻瀆上天，背逆天意，天下人都會跟著他遭殃。
一路上，他所見最多的是得不到休養生息的百姓和破碎凋敝的農村，很多地方狀況讓他慘不忍睹。他一麵安撫百姓，一麵告訴地方官焚書令到此為止，不定人以罪、敲詐勒索，更不得以嫌疑的罪名拆人房屋，除非真正抓到了真憑實據。
他沿途查辦了幾名借焚書令貪汙和公報私仇的官員，將其流放到北邊修築長城，老百姓拍手稱快，他還將民眾所提的意見全都記載下來，作為日後勸諫皇上的依據。
他所到之處，民憤一一平息，地方父老稱賀道謝，互祝將來會有這樣仁慈的好皇帝，真是老百姓的福氣。
扶蘇到了曲阜，先在郡守和孔鮒等人的陪同下祭拜了孔子陵墓，然後讓郡守等人退去，單獨來到大成殿。看到孔子生前的種種遺跡，扶蘇不禁肅然起敬。他要侍從備好三牲香燭，再次祭拜孔子。而後，他摒退左右，和孔鮒就焚書問題深入交換意見。至此，對於焚書所帶來的負麵影響，他已了然於心。