2.行政綜合執法中新的權力交叉出現。行政綜合執法就是對行政權進行重新配置，但由於權力配置並不徹底，隻是部分權力的讓與。這種情況帶來的必然問題就是職權不清，綜合執法機構承擔的職權與其它部門的職權存在交叉、重疊或空白的現象，極大破壞了“精簡、統一、效能”的原則。這種權力交叉問題，不僅不利於各部門工作的開展，同時職責不清所帶來的相互推諉扯皮也阻礙著執法工作的正常進行。例如，有些管理領域雖然采取了綜合執法，但相關部門的執法職能和隊伍仍然存在，有的部門將行政執法權劃轉給綜合執法機構，但卻未將有關執法力量和技術支持（技術人員、機構、設備等）轉移，仍在從事某些執法工作，形成新的職責交叉和多頭執法，有的事爭著管，有的事無人管[5]。
3.行政綜合執法中部門間協調配合欠缺。由前麵所述的行政綜合執法的概念可知，行政綜合執法是由一個依法成立的行政機關來行使原由其他行政機關所具有的行政職權，由此可知，綜合執法機關執行的工作實際上是從其他行政機關轉移過來的職權，這就需要依賴相關職能部門的配合才能進行有效的工作。但是在現實執法實踐中，由於部門利益的驅使以及各執法機關之間的信息不暢等因素的影響，各部門之間的協調機製不暢，這不僅降低了執法效率，同時也影響了執法功能和效果的發揮。
另外，綜合執法部門本身的合作意識淡薄，害怕這些“麻煩”會影響或損害各自機構履行自己更為重要的職能，都在一定程度上阻礙著綜合執法部門之間協調配合。
4.行政綜合執法中行政組織體係不完善。行政綜合執法是一個係統的工程，需要上下級、中央到地方形成統一的、健全的組織體係，然而現實生活中，中央這一層級的綜合行政執法推進比較滯後，而省一級又不準設立綜合行政執法機關，這就造成了綜合執法機構在組織體係上的斷層，隨之引發了一係列的社會問題。其中一個就是當行政相對人在行使行政複議權時，由於省、自治區和國家沒有專門的主管部門，所以無法向作出行政處罰決定的上一級行政機關申請複議，隻能向作出行政處罰決定的行政機關的同級人民政府申請複議，加上同級機關某些官僚主義作風，根本不利於申請行政複議人的權益申訴，實際上就是沒法保證行政相對人的行政複議權。另外一個就是由於沒有統一、細化的法律參考，各地在行政處罰權的適用範圍、執法主體、程序規則、責任規則等各方麵都不盡相同，沒法保證統一的組織行為規範。
5.行政綜合執法中執法人員的執法能力偏低。現階段，在我國行政綜合執法隊伍中存在很多問題。首先，編製內的執法人員數量不足，需要外聘很多執法人員；其次，這些外聘執法人員往往來自不同領域，沒有接受過專業知識的學習和培訓，缺乏實際執法經驗，普遍存在很多暴力執法、野蠻執法的行為。最後，對於這些編製內的執法人員，因為有了這些合同製等外聘的人員，他們隻要待在辦公室從事簽字蓋章等工作，逐漸出現“貴族化”傾向，官僚主義作風盛行。這些現實因素阻礙著我國行政綜合執法隊伍綜合素質的提高，使官民衝突愈演愈烈。
6.行政綜合執法中執法程序和監督體製不健全。由於曆史原因，我國地方行政執法的依據大多是部門規章及其它規範性文件，種類繁多，五花八門，所以在執法程序上沒有嚴格統一的規定，同時在現實執法過程中執法人員的隨意而為也造成了執法程序的不規範和混亂。
此外，對於各項行政權力，如果沒有對其實現監督，則權力尋租問題會極大敗壞政府的形象，行政綜合執法權也是一樣。由於我國現存的監督體製中還存在很多問題：如人大監督製度比較疲軟，執法監督流於形式；政協監督乏弱無力，同時監督觀念也比較淡薄；行政內部監督情況複雜，執法與執法監督職能不分，監督形同虛設，難以落到實處；群眾監督缺乏有效途徑，行政行為的不透明更增加了群眾監督的困難；最後的媒體監督雖然效果良好，但是政府對新聞媒體的過度管製也在一定程度上限製了媒體監督作用的發揮。
三、行政綜合執法完善的對策建議
黨的十七大報告在加快行政管理體製改革方麵明確提出要“轉變職能、理順關係、優化結構、提高效能，形成責權一致，分工合理、決策科學、執行順暢、監督有力的行政體製”[6]。順應國家轉變政府職能的大背景，行政綜合執法作為一新的製度，也應該在正視現有問題的基礎上，不斷調整，不斷完善，以適應新的外部環境。行政綜合執法的實踐證明其有存在的必要性，“從法治的發展維度著眼，如果一種製度設計是值得並有一定可行性的，我們就必須為它的建構邁出第一步，哪怕會遭遇種種阻力，甚至阻力過大而使這一步走歪了。畢竟，任何製度文明的發展都是在學習、矯正、積累的過程中完成的。[7]”所以，在筆者看來，要實現行政綜合執法的權責一致、廉潔高效、結構優化、執行順暢以及監督有力，從而更好的實現為人民服務的執法宗旨，還需要從下麵幾個方麵進行有益的嚐試：
1.樹立行政綜合執法的新理念。行政綜合執法的實踐證明，它改變了傳統行政執法模式下的多頭管理、權責不清的弊病，一定程度上促進了我們國家的行政管理體製改革。當然作為一種新的嚐試，雖然其也存在很多問題，但是需要我們進行不斷的改革和完善。所以，我們應該清醒的認識到：綜合行政執法是對現行行政執法體製的創新與革命，是對權力與利益格局的重新調整，在這個過程中必然會出現很多問題，遇到很多阻力，我們要重樹信心，不斷更新執法理念。此外還要樹立階段性和長期性相統一的觀念，任何改革都不是一蹴而就的，一些體製性的問題不可能隨著改革馬上解決，需要在不斷的實踐中，階段性的實現問題的有效解決。所以一定要重視行政綜合執法帶來的良好效益，樹立行政綜合執法的新理念，不斷地改革與完善。
2.完善行政綜合執法的法律法規。“無規矩不成方圓”，行政綜合執法遇到的種種阻力和障礙，歸結到底還是在於法律法規的不健全，沒有一套健全、細化的法律來保障行政綜合執法的有序實施。因此，法製創新是行政綜合執法理論和實踐領域的核心問題。要不斷依靠這些法律工作者，不斷地研究行政綜合執法中所麵臨的困境，改革和廢除現有不相適應的相關法律法規，盡快研究出台綜合行政執法的地方性法規以及相關配套的政府規章，進而不斷地製定和出台一部適合整個國家的行政綜合執法的法律文件，使行政綜合執法真正能夠做到有法可依，執法方式和手段規範科學，從而得到行政執法相對人的理解和支持，構建和諧的社會環境。