第一階段，諸外藩蒙古中政治地位最高時期（1636年——1659年）。從實際的意義上說，明朝建立後，元政權並沒有滅亡，而是退居長城之外，可稱為北元，林丹汗是北元的最後一個大汗。額哲投降後將元朝曆代皇帝的傳國玉璽獻給皇太極。②在崇德元年，以額哲為首的漠南蒙古十六部四十九位領主，在盛京（今遼寧沈陽）舉行大會，共尊皇太極為蒙古大汗，並奉上“博格達徹辰汗”的尊號，整個漠南蒙古諸部都臣服******。該年後金改國號為清，皇太極正式稱帝。皇太極非常高興，不但封額哲為和碩親王，③“爵秩最尊，位冠於紮薩克諸王之上，又不令其屬民分離，仍舊管領。”[3]而且將自己的親生女兒④嫁給額哲親王。其後，滿族中央政府一直對外藩察哈爾實行懷柔政策，外藩察哈爾也積極服從中央政府的調遣，在清初參加了鬆錦之役、出征北京及山東之役、山海關之役和順治初年追擊蘇尼特部騰機思之役，與八旗兵一道衝鋒陷陣，為清朝定鼎中原立下了汗馬功勞。1641年（崇德六年正月），額哲親王病逝，時年20歲，無嗣。其異母弟阿布鼐年幼，由固倫公主攝政（1641-1648年），1645年（清順治二年），固倫公主再嫁阿布鼐。1648年（清順治五年），阿布鼐襲爵為和碩親王，成為外藩察哈爾第二任紮薩克（旗長），這一時期為外藩察哈爾與中央王朝親和程度最高時期。
第二階段，與中央政府摩擦時期（1659年——1669年），以阿濟薩行剌案為起始轉折點。1659年（順治十六年五月），外藩察哈爾旗內發生一起刑事案件，和碩親王阿布鼐及其旗下官員審理失當，受到清廷嚴厲處罰，這一事件及其以後接連發生的事情，直接導致了察哈爾旗的覆滅。《清世祖實錄》記載：“理藩院議，察哈爾國固倫額駙親王阿布鼐，因部人阿濟薩持刀行剌，不遵例知會掌紮薩克別旗王、貝勒等，擅自處斬，應削親王爵，罰馬一千匹。審阿濟薩案之固山額真阿克喇瑚、噶爾瑪色稜擅將阿濟薩父母及伊弟伊妻不啟請本王，竟行處斬，俱應棄市，籍沒家產。其噶爾瑪色稜所襲拖沙喇哈番，令其別支子弟承襲。同審之薩馬克坦、綽瑚、席達、晉藎、博爾波、他珥、塞冷等俱應籍沒家產。議上，得旨，阿布鼐從寬免削親王爵，罰馬一千匹，阿克喇瑚、噶爾瑪色稜從寬免死，並薩馬克坦、綽瑚、席達、晉藎、博爾波、他珥、塞冷等俱籍沒，餘依議。”[4]這一處罰激怒了年輕氣盛的阿布鼐親王，作為蒙古大汗後裔的阿布鼐自命不凡，因此對中央政府懷恨在心，負氣不再朝覲。康熙皇帝即位以後，阿布鼐仍不來朝，清廷對其藐視中央政府的行徑一再隱忍。
第三階段，走向軍事反清並被中央政府削藩時期（1669年——1675年），以阿布鼐親王被囚禁為起始轉折點。康熙八年（1669年）二月，清聖祖命理藩院查處阿布鼐親王。《清聖祖實錄》記載：“禮部請封外藩蒙古諸王妃。得旨，察哈爾阿布奈親王之妻（注：固倫公主於康熙二年病故，此應為阿布鼐親王之蒙古妻子）著停封，餘如議。阿布奈係出征所獲之人，乃尚以固倫大長公主，命為親王，恩遇優渥，較之在內諸王及外蒙古諸王，止有太過，並無不及。乃在外諸王、貝勒等，每年俱來問安，年節來朝。阿布奈竟忘恩養，八年以來不一朝請，（朕）且每年遣人存問公主所生之子，頒給恩賜，阿布奈猶不親身一問太皇太後及朕躬安。公主所生幼子（指羅不藏），阿布奈理應撫養，乃交與已分家之長子（指布爾尼），更屬何心。此等情節著理藩院嚴查議奏。”[5]五月戊申（16日），康熙皇帝又設計逮捕了跋扈的輔政大臣鼇拜，並治其罪，隨即懲辦藐視朝廷的外藩察哈爾，這是康熙親政，樹立威信的重要舉措，阿布鼐再次受到嚴懲。五月己未（27日）“理藩院遵諭議覆：阿布奈無藩臣禮，大不敬，應論死。革去王爵，不準承襲。得旨，阿布奈理應依議處死，但向經恩遇，姑從寬免死，著革去親王，嚴禁盛京。”[6]九月，清廷拘捕阿布鼐親王並將其囚禁於盛京之後，命其長子布爾尼襲和碩親王爵位，並成為外藩察哈爾第三任紮薩克（旗長）。襲父爵的布爾尼親王恢複了正常朝覲，但無論是親王還是其屬下官員均表麵順從，內懷怨恨，這就為以後的軍事反清埋下了隱患。