一般而言，參與虛擬企業的夥伴比較多，而且運作期間還可能發生夥伴的變動。為此，學者們從不同角度對虛擬企業的組織結構進行研究，基本認為虛擬企業采取的是一種兩層次結構，即整個虛擬企業由核心層和鬆散層構成。
其中，核心層的各成員企業主要負責市場機會的識別、合夥企業的選擇、利益分配方案的製訂等，在虛擬企業中具有重要地位，並且在整個虛擬企業的運行過程中不宜變更。鬆散層的各夥伴也稱為外圍夥伴，他們在虛擬企業的不同階段可以發生變化。但由於其一般不負責關鍵項目且替代夥伴較多，所以，不會影響整個虛擬企業的運行。
這種組織結構不僅實現了虛擬企業的“動態性”、“靈活性”，對市場的變化能做出迅速的反應，容易把握市場機遇；也可以解決“流動性”問題。因為核心層的成員企業由於利益共享、風險分擔，其聯係較為緊密，相對穩定，流動性較小；而外圍夥伴所負責的工作不是核心任務，相對流動性較大。同時，這種簡單的兩層次結構減少了虛擬企業的複雜性，如虛擬企業的領導機構主要負責對核心夥伴的協調和管理，而外圍夥伴一般直接跟某一個核心夥伴發生業務關係，其協調工作可由該核心夥伴負責。
在上述兩層次結構的總體框架下，按照核心層成員的數量，可以將虛擬企業的組織模式分為：星形模式（Star-likeMode）、平行模式（Parallel Mode）、聯邦模式（Federation Mode）三種。
星形模式，又稱為有盟主的虛擬企業組織模式，它一般由一個占主導地位的企業（即盟主）和一些相對固定的夥伴組成。
盟主主要負責製定虛擬企業的運行規則，並負責協調各成員企業之間的關係及協調各種衝突。星形模式比較適合垂直供應鏈的企業，其中由掌握核心技術、資源的企業作為盟主，如耐克公司。這種模式有利於虛擬企業統一籌劃所有資源、能力，保證協調生產。
平行模式，又稱為民主聯盟組織模式，即虛擬企業中不存在盟主，沒有核心層和鬆散層的區別，所有成員企業在平等的基礎上相互合作。這種模式比較適用於產品的聯合開發，是一種理論化和理想化的組織模式，在實際中很難找到。
聯邦模式，即建立一個協調指揮委員會（Alliance Steering Committee．ASC）或類似機構負責整個虛擬企業的構建、內部協調、資源整合、戰略決策等。這種模式組織靈活，利於企業的統一計劃、管理，適用於某種產品的快速聯合開發，是一種比較通用的虛擬企業組織模式。
可以看出，虛擬企業核心層和外圍層的關係及構成變化產生了以上三種組織模式，這三種組織模式和虛擬企業的兩層次結構有著緊密的聯係。聯邦模式是最具一般意義的虛擬企業組織形態；星形模式是在聯邦模式基礎上，將核心層縮小為一個機構的極端狀態；平行模式是在聯邦模式基礎上不斷擴大，將核心層與外圍層融合為一的極端狀態。這三種基本組織模式各有自己的適用情形，在實際中，具體采用何種模式需要視具體情況而定，也可能在不同層次上采用不同的模式，從而形成一種混合的組織模式。
4.2虛擬企業財務組織結構安排
虛擬企業財務組織結構安排就是按照所有權的安排邏輯，在界定虛擬企業內部財權關係的基礎上，合理安排各個財務控製主體的權利範圍，便於各項財務製度的有效實施。虛擬企業在設計自身財務組織結構時，除體現虛擬企業財務治理的特點外，更要著重考慮財權配置的框架，以實現權利的相互製衡並發揮最大的作用。
具體而言，財權配置框架可分為兩大部分，一是財權的初始配置，即企業財權的內外部配置與製衡；二是財權的二次配置，即財權的內部配置與製衡。虛擬企業財權內外部配置與製衡體現的是核心企業與外圍層企業、債權人等之間的權利平衡。
核心企業依據在虛擬企業中的主導地位，利用信息優勢維護自身的權利，屬於優勢行權者，財務決策權等往往都掌握在其手中。而外圍層企業、債權人等相關者對企業財權也有訴求，由於受信息等因素的限製，其權利請求與實現形式是相對被動的，一般主要從製衡方麵要求並取得財務監控權，從而實現對虛擬企業財務決策的參與和有效監督。虛擬企業財權內部配置與製衡是財權配置在核心企業內部的延伸，主要包括財務集權與分權和財務分層兩方麵的問題。目前，西方學者提出了一係列關於組織設計的理論，他們以信息及其比較成本為研究主線，主張通過設計合理的企業組織方式和管理結構來減少內部各部門的監督矛盾與衝突，這也為財權配置中的集權和分權問題研究奠定了理論基礎。通過不斷的研究，Radner（1993）發現當采用將內部組織所需信息整合到一個或多個同一部門同時處理的辦法，即進行信息的平行處理（Parallel Processing），可以減少一定因信息拖延而造成的機會成本，如果減少的拖延機會損失大於信息處理成本，組織適宜采用集權方式；反之，平行處理所減少的拖延機會損失小於信息處理成本，則適宜采用相對分權方式。從組織理論進一步拓展，我們可以認識到財權配置集權、分權的程度取決於信息成本等方麵的權衡，最終是為了尋求一種綜合信息成本最低的配置方式。事實上，核心企業是由一個或多個企業構成，他們居於虛擬企業的中心地位，可以憑借便捷的信息網絡快速溝通。同時，財務作為一種價值運動，集中運作的難度相對較小，這為虛擬企業財務集權運作提供了條件。在財務實際操作中，各虛擬企業由於自身規模的變化、所處生命周期階段的不同、財務戰略的差異等多方麵原因，可能會采取不同的財務配置方式，調整集權分權的程度，以適應企業發展的需要。此外，還需考慮財務分層。財務分層主要是從不同財務主體角度縱向對企業財權的劃分。虛擬企業不同於傳統企業的組織結構，不能簡單地劃分為幾個權利層次。虛擬企業是一種短暫性的組織，不適合較為繁雜的財務組織結構，因此，我們應該依據虛擬企業的特點和組織模式設計出有效、合理的財務組織結構。