這些民間的批判並沒有引起可口可樂公司高層的重視，他們並不擔心民間的討論會影響到這一收購案。可口可樂的理由很簡單，可口可樂本以為中國會同意可口可樂投入資金以進一步做大彙源這個品牌。從中國政府的層麵上看，自2008年秋季全球經濟加速下滑以來，中國也加快了海外投資的步伐。中國政府正在進一步放寬政策，公布了降低中國企業海外投資監管限製的規定。中國商務部部長陳德銘呼籲國際社會共同反對貿易保護主義。因此，可口可樂把收購彙源的計劃看作單純的商業活動。
中國商務部最終否決了可口可樂與彙源收購案。商務部的理由是：“商務部依據《反壟斷法》的相關規定，從市場份額及市場控製力、市場集中度、集中對市場進入和技術進步的影響、集中對消費者和其他有關經營者的影響及品牌對果汁飲料市場競爭產生的影響等幾個方麵對此項集中進行了審查。審查工作嚴格遵循相關法律法規的規定。審查過程中，充分聽取了有關方麵的意見。”
商務部認定：“此項集中將對競爭產生不利影響。集中完成後可口可樂公司可能利用其在碳酸軟飲料市場的支配地位，搭售、捆綁銷售果汁飲料，或者設定其他排他性的交易條件，集中限製果汁飲料市場競爭，導致消費者被迫接受更高價格、更少種類的產品；同時，由於既有品牌對市場進入的限製作用，潛在競爭難以消除該等限製競爭效果；此外，集中還擠壓了國內中小型果汁企業生存空間，給中國果汁飲料市場競爭格局造成不良影響。”
商務部這一最終結果讓可口可樂公司大失所望。可口可樂首席執行長穆泰康無奈地在一份聲明中說：“我們感到失望，但尊重中國商務部的決定。”
可口可樂公司高層沒有意識到中國政府正在生美國的氣。一些國際事務分析家說，美國剛剛拒絕了中國兩家企業收購美國企業的申請。美國國會在駁回中國海洋石油總公司2005年收購加州聯合石油公司的計劃時的理由是涉及國家安全（雖然後者70%的能源儲備分布在亞洲）。BainCapital提出收購網絡設備公司3Com的計劃也因同樣原因被否決。中國華為技術公司持有3Com16%的股份。
中國商務部一再表示否決可口可樂收購彙源案全是從經濟原因出發，並非“報複”或其他政治目的。商務部聲明表示，“該部委否決可口可樂公司對中國彙源果汁集團有限公司的收購提議並非保護主義行為，同時也與中國的外商投資政策無關。”同時商務部一些官員還舉例說，可口可樂公司在以往的並購案中也遇到過反壟斷問題。可口可樂公司曾被迫縮減了對CadburySchweppesPLC旗下飲料品牌的並購規模，當時歐盟的監管機構不同意它在歐盟成員國實施這些並購。而法國也曾以會形成壟斷為由否決了可口可樂公司對PernodRicardSA旗下Orangina業務的收購。
不管中國商務部怎樣解釋，在這樣的時刻對可口可樂公司收購彙源一案做出否決的決定都會引起外界的懷疑和猜測。
一些中國經濟學家們擔心中國政府以“將對競爭產生不利影響”為由，否決了可口可樂公司斥資24億美元收購中國最大果汁生產商的交易，此舉有可能給那些在中國尋求並購機會的外國人澆一盆冷水，並有導致其他國家如法炮製阻撓中國海外投資項目的風險。他們舉例說，這一決定的影響正波及遠在南半球的澳大利亞。“已經成為澳大利亞反對黨領袖人物的喬伊斯認為，中國政府對這樁交易做出的決定應當作為如何對待希望收購澳礦產資源企業股份的中國公司的參照。”澳大利亞政府已經對中國的幾家澳鐵礦石的鋼鐵企業收購申請執行延期審批。
中國的律師和投資銀行家們說，政府的這項裁決是中國《反壟斷法》的牛刀初試，它損害了中國政府反對保護主義障礙的公開立場。時值全球經濟衰退之際，這些保護主義壁壘正引起各方的高度警覺。反壟斷壁壘抬高可能成為外資企業在華並購和投資的新障礙，外資企業此前一直難以從國有企業手中收購資產。認為中國對外國投資者存在敵意的想法反過來會損害中國企業趁海外資產價格低廉之機對外投資的前景，尤其是對經濟持續增長至關重要的石油、金屬和其他自然資源領域。
中國社會科學院的研究員易憲容對商務部否決可口可樂收購彙源果汁提出了批評。他說，鑒於飲料行業的激烈競爭，商務部的裁決是站不住腳的，有可能是中國民族主義者對這樁交易的反對導致了商務部的這一裁決。
國際觀察家和經濟學家們對於中國商務部這一“否決”的收購案也給出了猜疑。
美國律師事務所WilmerHale北京辦事處的律師萊斯特·羅斯說，這一裁決傳遞了一個非常負麵的信息。與這樁收購交易無關的羅斯說，他認為中國政府是在保護主義驅動下做出這一裁決的，而公眾對一家外國公司收購一個中國知名品牌的憤恨又對此起了推波助瀾的作用。