但是，帝國政府的各項措施，並沒有從根本上消除邪教。在帝國政府打擊之下，隱藏得更深，偽裝的更好。而一有風吹草動，他們馬上死灰複燃。
無論是陝甘寧、晉冀魯豫這些老解放區，還是中南半島一帶的吳哥省、交趾省，孟加拉省，以及灣灣島、九州省，邪教分子們均蠢蠢欲動！
邪教危害最嚴重的地區，莫過於西北各省。
大明朝200年，帝國的西北部地區,一直存在著門宦與帝國政權對立。
門宦是內地宦門門閥一詞的延伸，是中國秘密教派的特有組織。它上有教主，道堂，下有各種寺廟，組織非常嚴密。教主一呼百應，教徒唯命是從。各個門宦之間，各自獨立，相互排斥，矛盾和衝突經常發生。
隨著明末亂局的產生，帝國西北部一帶，秘密教派內部又分裂出四大門宦，這些分裂主義分子，妄圖在帝國的陝甘寧一帶，建立政教合一的國家。
華夏帝國建立之後，周垣為了維護國家的統一，對門宦勢力采取了嚴厲打擊和極力壓製的政策。盡管如此，門宦勢力還是在境外反華勢力支持下，發動了屠殺異教徒的叛亂，將矛頭直接對準帝國的普通公民以及地方政府。
邪教叛軍，以清除異教徒為理由，發動了所謂的聖戰，進行了人類曆史上最殘忍的種族滅絕大屠殺。叛軍血洗村莊八女井，將全村一萬餘口不分男女老幼集體屠殺。他們比希特勒屠殺猶太人手段更殘酷。不分男女老幼，全部用刀砍死，用火燒死，進行種族滅絕大屠殺。不是為謀財，不是為謀地，單純為殺人而殺人。
[轉自鐵血社叛亂一發生，大西北地區的邪教教徒紛起響應，短時間內形成了十多股勢力，他們先後進攻，西安和潼關，一度威脅著陝晉豫的咽喉要地和山西濱河一帶的地區。
華亭，隆德，平遠，海城，固原五個地區，人口總損失百多萬，占叛亂之前人口的八成、
平涼華亭縣。邪教叛軍入境，焚殺極慘。初叛之時，尚愛鄉土，不甚殘毒。後來，無所顧惜，焚殺慘於十倍。華亭從此丘墟。鄉鎮民屋焚殺殆盡，遺民數百悉逃蓮花台。剿滅叛軍之後，招安遺民，歸城者僅七十餘人，男女老幼死亡數萬。”
平涼隆德縣破城之後，從此官逃莊浪，城空無主者五年．人民殺斃餓死十有八九，老弱逃盡，全縣無二三十人家。全縣村村焦土，十室九空．人口死亡比例高達90%。
在慶陽縣，四鄉堡寨攻陷無遺，而縣城獨全，蓋四鄉之人逃出虎口者，生後入城避難。是月初九日，邪教叛軍入城，全城糜爛，死者不知其數。叛亂之前，全縣人口26.9萬，戰爭損失23。4萬，損失比例為87%。
這一場叛亂，起勢之猛，發展之快，讓帝國政府措手不及。帝國政治保衛局、生產建設兵團、各地駐軍因為承平日久，思想懈怠，心慈手軟，以至於平叛不利。
平涼、固原、西寧、狄道、河州、寧夏等地，先後被叛軍占據。最終在甘肅形成了以金積堡、河州、西寧、肅州為中心的四個叛亂基地。
此刻的陝甘寧一帶，“遠近城邑寨堡，慘遭殺掠．民靡孑遺。平、慶、涇、固間．千裏荒蕪，彌望白骨黃茅，炊煙斷絕，被禍之慘，實為天下所無”。
邪教叛亂，天下皆驚。世界各國紛紛發表評論，嚴厲斥責這種反社會反人類行為。
華夏帝國皇帝周垣發布總動員令，任命賀人龍為陝甘總督，從內蒙古、山西、四川等地調集軍隊，進入陝甘寧地區進行平叛。
賀人龍深知這些原教旨主義軍難以對付，因此，他向華夏帝國皇帝進陳方略說:“方今所患者，邪教叛軍耳。以地形論，中原為重，關隴為輕；以用兵次第論，欲靖西陲，必先清腹地，然後客軍無後顧之憂，餉道免中梗之患。”
“進兵陝西，必先清關外之賊，進兵甘肅，必先清陝西之賊，駐兵蘭州，必先清各路之賊，然後餉道常通，師行無梗，得以一意進剿，可免牽掣之虞。”