1943年春節剛過，錢正英被分配到澮南地區辦學，並擔任了澮南分校教員兼黨支部書記，其主要任務是在學生中建立基層黨組織和動員當地青年參加革命工作。1944年，錢正英又被調回半城鎮，擔任了淮北行署水利科長之職。同年，彭雪楓犧牲，淮北區黨委決定修建一座抗日烈士紀念塔，紀念彭雪楓和全體陣亡將士，錢正英協同魯莽等人一起參與了這座抗日烈士紀念塔的修建工程。
“我堅決要求人工流產”
在解放戰爭中，錢正英在山東戰場上當了一年修路架橋的工兵後，於1947年底又回到了水利戰線上。從1948年到1950年，錢正英開始擔任山東省黃河河務局副局長、黨委書記，為了順利度過黃河“淩訊期”，她和有關專家在黃河大堤上廢寢忘食地研究和製定打開黃河“冰路”的方案，最終獲得了成功。麵對重新開始從事水利工作，後來她滿懷深情地回憶說：“我為黃河的巨大魅力所吸引，已經深深地愛上了她，也深深地愛上了水利工作。”
1950年3月，錢正英被任命為華東軍政委員會水利部副部長。7月，淮河流域發生嚴重水災，10月14日，中央人民政府政務院頒布《關於治理淮河的決定》，並提出關於“蓄泄兼籌”的治淮方針。10月，在蚌埠成立治淮委員會，時任華東軍政委員會副主席和華東財政委員會主任的曾山兼任了治淮委員會主任，錢正英兼任了治準委員會工程部副部長。為了貫徹國家的話淮方針，治淮委員會工程部部長汪胡楨同錢正英及一大批專家規劃在淮河幹流上遊修建一批水庫，攔蓄洪水，開發水利。
1951年秋，在治淮第一期工程完成並安全度過汛期後，經組織批準，錢正英和相戀8年的時任華東共青團團委統戰部部長黃辛自在上海結婚。黃辛白是1942年和錢正英一同由上海奔赴淮北解放區的同學，更是一起參加反“掃蕩”的親密戰友。
1951年9月7日早晨，錢正英從蚌埠坐火車剛趕到上海，便上街采購結婚用品，當晚華東區團委就為他倆舉辦了一個小型的“結婚茶話會”，簡單而匆忙地辦完結婚儀式。錢正英沒有在家中多作停留，即告別新婚的丈夫，又回到了蚌埠治淮的第一線。
正當治淮工作進入第3年時，錢正英懷孕了。麵對緊張繁瑣的工作，她想：自己作為治淮工程的負責人之一，在這個時候懷孕不但會影響整體工作的開展，而且必然也會造成不好的影響。思慮再三，她決定打掉孩子。曾山是錢正英的直接領導，錢正英把自己的煩惱告訴了曾山，她說：“我堅決要求人工流產。”曾山聽了後，卻微笑著搖了搖頭說：“不要做人工流產手術。我的愛人生過幾個孩子，我對女同誌生孩子的問題有所了解。按照你的體質，懷孕了雖然稍稍有些反應，但是不會影響工作，你可以一直工作到臨產。產前休息沒有什麼意義。要把產假用在產後，一般就影響兩個月的工作。”曾山這一席話，給錢正英從各方麵都做了設想和分析，這才打消了她不要孩子的所有顧慮。
對山西引黃工程的貢獻
在任水利部長期間，錢正英曾參與或負責修建過不少水利水電重大工程。在山西人民的生命工程——萬家寨引黃工程的立項與建設中，這位可敬的共和國水利元老也起了重要作用。錢正英對山西引黃工程的貢獻集中表現在兩個方麵：一是將引黃工程提上了國家領導人的議事日程，並不斷推動立項進程；二是在技術上給予了引黃工程全麵的大力支持。
山西省政協原主席、引黃入晉工程總指揮郭裕懷在紀實作品《摸著石頭過黃河》中，曾深情記叔了錢正英部長在引黃項目立項低潮時出謀劃策、奔走呼號所付出的心血和努力。可以說，正是錢正英向時任國務院總理李鵬和副總理姚依林打的報告，才拉開了引黃工程正式進入立項程序的序幕。她所起的作用，遠不止是技術層麵上的。好幾次，引黃工程麵臨極大困難甚至是夭折的危險時，都是她在上層努力斡旋，才得以轉危為安。
從技術層麵上講，引黃工程是一項十分複雜的超大工程。錢正英深知這項工程的難度，無論是工程選址、勘察設計，還是組織施工、引進國外資金、技術和管理經驗，她始終全程關注，並給予大力支持。