獨立董事製度作為完善公司治理結構的重要舉措，在國外已經有二十多年的實踐，尤其是在美國，相關的公司製度建設、法律建設以及獨立董事的選拔、聘任、激勵與約束機製已經相當完備。我國，獨立董事製度剛開始建立，相關的配套製度設施還不健全，並且我國上市公司與美國上市公司存在著一些顯著的差異，在我國現有的製度條件下，僅僅照搬國外的獨立董事實踐，很難擔負起應有的責任。我們應結合我國上市公司的特點和本國國情，進行相應的製度創新，這樣，才能夠發揮獨立董事製度的重要作用。
一、我國上市公司獨立董事製度存在的問題
（一）我國缺乏一個有效的外部治理機製
保證獨立董事製度有效性的外部治理機製包括完備的法律製度、法律訴訟製度，健全的職業經理人市場，獨立董事市場，發達的中介機構以及法律完善機製的快速反應。而在我國相關的法律製度還不完善，公司法裏沒有關於獨立董事職責的相關條款，公司治理原則中也沒有相關規定，隻是限定了內部董事比例，即不能超過董事總人數的1/2.在《指導意見》中規定了獨立董事應不少於董事總人數的1/3，但是在2004年獨立董事統計中仍然有很多的上市公司沒有聘請到足夠的獨立董事，這實際上反映了執法不嚴的問題。保護股東權益的法律訴訟製度不健全，《公司法》並未要求責任方承擔訴訟成本，這樣對於個人股東來說，訴訟成本高昂，那麼獲得的收益就會大打折扣，很可能得不償失，影響這一股東權益保護機製作用的發揮；獨立董事市場評價機製尚未建立，獨立董事要發揮作用，也需要培育獨立董事的聲譽市場機製，但在目前獨立董事仍然比較缺乏，競爭性不強，獨立董事還無法通過市場機製進行鑒別；沒有健全的職業經理人市場，獨立董事在提名新的職業經理人需要健全的職業經理人市場，這在我國也並不完善；因此在我國外部治理機製難以對公司治理起到約束作用。
（二）我國上市公司股權結構的特點抑製了獨立董事職能的發揮
盡管上市公司在2005年已經進行了股權分置改革，流通股與非流通股並存的局麵發生了改觀，但是控股股東和相對控股股東的局麵沒有發生顯著變化，內部人控製的問題還沒有得到徹底解決。上市公司普遍擁有控股或者相對控股的第一大股東，在不改變選舉獨立董事的投票規則情況下，大股東基本上控製了董事會成員包括獨立董事的選舉，這與一元製公司治理模式的內部人控製相比沒有本質的區別，當國有股出資人缺位的情況下，成為管理者的內部人控製，而其他大股東控股時，導致大股東主導的內部人控製。在獨立董事比例比較低的情況下，很多決策即使獨立董事表示了不同意見也無法左右最終結果，獨立董事的職能難以發揮作用。
（三）獨立董事履行職責的機構不健全
在獨立董事整體比例不高的情況下，許多重要的職能難以全麵履行。美國上市公司要求成立全部由獨立董事組成的審計委員會對公司財務負責，比較常見的委員會還有提名委員會和薪酬委員會，隻有設置這些次級委員會，獨立董事才能更好的履行其職責。而在我國並沒有這樣的強製性要求，因此，獨立董事履行相應的職責隻能通過董事會以及獨立董事個人之間的相互溝通，這影響了獨立董事職能的發揮。另外，《指導意見》中規定的獨立董事對關聯交易的批準負責，對獨立董事來說可操作性不強。因為，我國上市公司主要采取剝離包裝上市的方式，上市公司與剩餘部分通常形成控股母公司關聯密切，上市公司中與關聯方的關聯交易比較常見，盡管關聯交易的公允性值得懷疑，但是上市公司的不獨立性導致關聯交易的不可或缺性，獨立董事在履行是否批準關聯交易的職責方麵進退兩難批準關聯交易有失公允，可能侵害其他股東利益，不批準關聯交易，公司難以運營，也可能損害股東利益。
（四）獨立董事的激勵約束機製、保障機製不健全
獨立董事的激勵機製包括薪酬激勵、聲譽激勵兩個主要方麵，上市公司如果存在控股或者相對控股的大股東，獨立董事薪酬的製定同樣存在大股東幹預的問題。因為獨立董事的薪酬首先由董事會製訂預案，然後股東大會表決通過，這種薪酬決定方式，可能會影響獨立董事的獨立性。獨立董事的約束機製包括法律約束機製和市場約束機製，法律約束包括民事訴訟賠償和行政處罰。盡管證監會對違規公司的獨立董事有過經濟懲罰記錄，但是這屬於行政性的罰款，這並不是經濟賠償的主要方麵，隨著股東代位訴訟製度的出現，對獨立董事錯誤決策的訴訟標的會越來越大，成為約束機製的主要方麵，但目前對這一方麵的規定相對來說還沒有建立。因此，我國對獨立董事的約束主要以行政性的處罰為主。聲譽機製在美國等比較發達的國家對獨立董事的約束力比較明顯，它能夠區分出獨立董事的優劣。有關研究發現在處於經營困境的公司任職的獨立董事將來獲得的就職機會會更少一些，從而影響獨立董事的未來收益。而在我國獨立董事聲譽市場機製還沒有形成，個人信譽記錄沒有公共資料可以查詢，聲譽機製對獨立董事的影響比較小。獨立董事在製定公司決策方麵也麵臨著一定的風險，如果沒有一定的保障機製，合格的獨立董事可能不會在上市公司中任職，為了更好的保護獨立董事的積極性，防止因為巨額的民事賠償給獨立董事造成的嚴重的利益損失，在美國，上市公司會給獨立董事提供責任保險製度，在一定程度上降低獨立董事履行職責麵臨的風險，留住合格的獨立董事。而在我國，獨立董事製度剛剛建立，董事責任保險製度的建立還需要一個過程，對於保險的範圍還有爭議。從目前來看，獨立董事麵臨的風險也是比較高的，這對於獨立董事製度的發展是一個製約因素。