（三）高校財務部門工作量隨之增加，公務卡消費報賬不及時
高校公務卡結算製度本是為了減少師生員工的現金使用量，從而減少財務部門工作量，但在公務卡結算製度實施過程中，財務部門的實際工作量反而在增加。公務卡結算製度下報賬需要操作的流程比傳統的報賬流程更多，影響了工作效率。部分高校製定的必需使用公務卡結算的金額限額低，報銷時所需提供的發票和所附的明細清單、POS機刷卡小票或轉賬記錄等附件增多；部分高校規定的公務卡報賬製度辦理手續過於複雜，這些都使財務部門花費在報賬審核上的時間和精力都相應增加，不利於提高公務卡使用效率。
高校的寒暑假給公務卡的報銷還款帶來不便。使用傳統的結算方式時，高校財務人員寒暑假期間僅辦理借款、校內轉賬等業務，其他的公務消費支出開學後才能辦理報賬業務。高校實行公務卡結算製度後，由於公務卡免息透支還款期有時間限製，不及時還款，要承擔因此產生的罰息及不良信用記錄，這隻能要求財務人員在寒暑假期間照常辦理日常報賬業務。以本校為例，寒暑假期間財務部門雖然定期安排多名人員輪流值班，但每個報賬日的報賬人員比正常上班期間隻多不少、人滿為患，而財務人員比正常上班期間人手少，即使每天都在延長報賬時間，也不能滿足每個報賬人員的需求，這給公務卡還款帶來不便。
（四）在某些特定期間，公務卡報銷受到限製，產生了不利的影響
在某些特定期間，如學期末、年底、財務催支出進度、國庫支付係統即將關閉時，公務卡報銷會受到限製，產生不利的影響。特別是每年的年底是財政國庫支付係統關閉的時間，也是高校財務部門報賬業務繁忙的高峰時期，財政國庫支付係統最晚的要等到第二年的5月份經費才會陸續到位。若未能及時報賬，教職工又不想產生不良的信用記錄，隻能由個人先行墊付資金還款，給教職工帶來不便，容易引起教職工的反感，今後會減少使用公務卡，從而造成財務部門對公務卡使用率的監管困難。
（五）公務卡製度無法完全杜絕貪汙腐敗、浪費現象
高校公務卡結算製度作為一種新型的財政監管製度，能夠將公務消費的持卡人的姓名、卡號、日期、金額、收款單位等信息全麵地記錄下來。財政部門和高校財務部門本應通過國庫集中支付係統、公務卡結算製度對公務活動消費監管到位，基本杜絕貪汙腐敗、浪費現象的發生。但在實際情況中，有的教職工、商家受利益驅使，在使用公務卡過程中出現非法操作獲利，如虛假交易，虛構公務卡消費內容，虛抬價格給回扣、折扣，消費達到一定金額返納現金等。另有：高校教職工在寒暑假、節假日期間用科研經費和家人去全國各地旅遊，回來報賬時卻注明為科研調研出差，其家人為科研團隊重要成員。無論是從公務卡管理製度還是差旅費管理製度的要求，其票據、刷卡小票等均齊全，財務部門無鐵證證明其為公費旅遊，使得這部分教職工不但能報銷其全家外出旅遊的花銷，還能獲得大筆差旅補助。多開、虛開發票報銷，湊票報銷等行為更是屢禁不止，高校公務卡結算方式無法從根本上遏製其發生。高校財務部門在審核公務卡結算報銷業務時，僅能鑒別公務卡消費發票的收款單位、日期、金額等相關信息與刷卡小票或轉賬記錄是否相符，對業務活動的真實性、必要性無法鑒別，奢靡浪費、貪汙腐敗等行為依然無法避免。高校公務卡結算製度隻能是預防腐敗的一種方式，不能僅僅依靠該製度來完全遏製腐敗的發生。
（六）高校科研工作的特殊性使公務卡的使用有局限性
高校研究科研項目的科研團隊由團隊學科帶頭人和若幹教職工組成，大多數老師又帶有若幹博士生、碩士生。很多高校老師集教學、科研，甚至行政於一體，工作繁忙，不可能凡事親力親為。經費項目主管是某一個老師，但經費的具體使用者通常是團隊的其他教職工或學生。大批量的實驗材料、固定資產、辦公用品等的采購在辦理完一係列規定的程序後由財務部門網銀支付係統直接支付給供貨商。日常零星的實驗材料、固定資產、圖書、辦公用品通常由教職工或學生去現場購買或網購；開展科研工作還需要高校教職工和學生經常天南地北地出差進行調研活動，這些學生通常是導師們開展科研工作不可或缺的力量。教職工們雖然都辦理了公務卡，但學生們沒有公務卡，公務卡數量有限，可透支限額有限，需要隨時用到公務卡的人和消費金額卻未知。這些情況下無法強製執行公務卡製度。
一個科研團隊具體由哪些教職工組成，哪個老師是哪些學生的導師，財務人員並不清楚，師生員工即使嚴格執行了公務卡消費製度，財務人員也無法逐一分辨哪些業務是真實的科研業務，哪些是教職工們互通有無湊票報賬，或是公款私用。
（七）公務卡可透支額度小
公務卡使用範圍廣，但可透支限額僅為2—5萬元，高校很多學院的業務骨幹、學科帶頭人的一項科研經費就可能少則幾萬元，多則幾十、上百萬元。可透支額度小，使部分教職工埋怨使用受限，不能很好地開展工作。
（八）公務卡辦卡人多，給財務管理增加了額外的工作
實行公務卡結算製度後，高校在職教職工都必需辦理公務卡，公務卡可用於個人消費，這就為一小部分素質低的教職工提供了惡意透支的條件。盡管這是個人行為，由個人承擔責任，但公務卡一旦被個人惡意透支，高校財務部門就會被要求協助對口銀行對持卡人進行追償，給高校財務部門的管理工作增加了額外的負擔。高校教職工流動比較頻繁，在因調動、離職或其他原因離開學校時，若這些持卡人透支公務卡又沒有及時償還時，學校又沒有及時通知代理銀行更改相關信息，學校就要承擔一部分連帶責任，這也會給學校財務管理增加額外的工作。