（三）財務管理內部控製不健全
大部分的醫療行業的財務管理工作中存在著內部控製不健全的問題，在財務管理中並沒有形成相互牽製、相互製約的財務管理體製，沒有做到不相容職務、不相容崗位相分離，審批與執行相分離等措施，嚴重影響了醫療行業會計信息的真實準確性。即使是一些醫療企業財務管理有健全的內部控製製度，也沒有與內部控製製度相一致的監督製度和評價審計製度，且執行起來也不到位。
（四）投資管理不科學
對於醫療行業來說，一部分的醫療行業已經進行了體製改革，但是一部分沒有進行體製改革，大部分的醫療企業在投資管理上依然存在著盲目性，投資前沒有成立專門的投資小組，沒有進行係統的資金成本、投資期限、投資收益率、市場回報率等的有效分析，隻是由領導一人做主，也沒有通過市場調查分析市場的需求，客觀環境和政治等因素的影響，造成了盲目投資，導致醫療資金大量的浪費，是企業蒙受巨大的損失。
（五）缺乏嚴格的內部審計製度
目前，在我國一些醫療行業中，特別是醫療器械行業並不像那些家電、電子行業等在內的民營企業那樣，大多數都會受到政府的幹預，缺乏自主管理的積極性，不能夠建立完整的審計製度，即使是有的醫療器械企業設立了內部審計部門，在內部機構不健全的情況下，也很難發揮出很好的監督作用，加大了財務管理工作的阻力。
三、完善醫療行業財務管理的對策
（一）提高財務管理人員素質
財務管理離不開高素質的財務管理人才，要求財務管理人員在具備紮實的專業知識的同時，還應學習必備的專業素質。醫療行業提高財務管理能力可以通過以下幾點來改善：首先，根據企業自身經營特點定期對管理者進行培訓，以提高管理人員的專業知識；其次，企業也可以製定相應的獎勵政策，這樣不僅可以鼓勵員工通過自身努力提高職業素質，同時也可以使員工的責任感和成就感得到增強；再次，在不斷提升財務管理人員職業素質的同時也要對其加強法律知識的普及，使財務管理人員具備良好的職業操守。同時，樹立醫療行業內部員工的財務管理意識，讓員工認識到財務管理工作隻有在全體員工的努力下才能得到更好的實施，同時在人才的引進、培訓、管理等過程中培養一種激勵人才、尊重人才的良好氛圍。
（二）優化預算管理機製
預算管理機製對於提高醫療行業財務管理水平有著重要的作用，因此我們可以通過以下方式強化醫療行業的預算管理機製：
1、設立專門的預算管理部門
在醫療行業內部應該設立專門的預算管理機構，並根據醫療行業未來的發展方向製定相應的預算年度方案，預算當中應當根據收支統一管理等原則將各項業務的收支狀況都編製在內。與此同時也要製定相應的預算考核製度，定期對醫療企業的生產、銷售過程中的預算執行情況進行考核和監督，確保預算工作的順利進行。
2、加強收支預算管理
醫療行業要根據企業自身的經營狀況，對預算的收支情況進行審核，看其是否存在預算收支不合理，預算支出是否有不合理浪費的現象。
3、加強營運資金的管理
醫療企業的運營需要大量資金，因此要將營運資金納入預算，這樣既可以保證營運資金的存量，還可以避免因資金積壓過多造成的浪費。