（3）企業所得稅方麵
根據所得稅征收管理辦法，單位應納稅所得額的計算，應以權責發生製為原則，而事業單位會計核算一般采用收付實現製。目前的情況是事業單位對財政撥款資金的管理較為規範，但對經營性收支的管理不到位，經營支出存在較大的隨意性。一是事業收入沒有按照規定將應稅收入和非應稅收入分開核算，導致應稅收入不明確。二是經營性支出未執行會計配比原則，沒有將經營支出與經營收入配比，沒有正確劃分事業支出與經營支出的界限。對確實無法劃分成本費用的經營支出，也沒有合理的成本、費用分攤標準。在計算應納稅所得額時，其財務、會計處理辦法同稅收規定不一致，從而導致事業單位無法正確計算繳納企業所得稅。
三、針對上述存在的問題，筆者認為加強事業單位稅收管理應從以下方麵做起：
（一）事業單位要轉變納稅觀念，提高依法納稅意識
隨著市場經濟的迅猛發展和稅收體製改革的不斷深入，政府也日益強化對事業單位的稅收征管，完善事業單位的稅收政策。同時隨著事業單位體製改革的不斷深入，越來越多的事業單位在經費上出現缺口。因此，作為事業單位應當主動加強對稅收政策的學習和研究，轉變“事業單位不需納稅籌劃”的觀念，提高依法納稅意識和稅收籌劃能力。
（二）事業單位應建立科學的育才、用才機製
稅收籌劃是一項專業性和實用性很強，涉及多領域的係統工作。納稅籌劃需要納稅人對稅收、財務、會計、法律等相關政策及對業務的了解和掌握。一個單位稅收籌劃意識和能力的提高主要依靠中高級會計人才。為此事業單位應加強高級會計人才的培養，建立激勵機製，各盡其用，使其自身和單位都得以更好的發展。
（三）加強事業單位部門間的溝通協調，形成“三位一體”的納稅籌劃理念
加強內控的組織領導，有效實施內控，為稅收管理營造良好的內部發展空間。一個單位的稅收籌劃涉及管理者、會計人員及業務人員。隻有形成稅收籌劃管理部門、業務部門、財務部門“三位一體”的理念，加強財務人員參與管理的意識，促進財務部門與管理部門、業務部門的溝通、配合與協調，才能從源頭、事前做好稅收籌劃工作，從全局出發，強化納稅理念，提高納稅管理水平。
從事業單位的具體稅收來看，筆者根據實際工作情況舉例說明如何進行稅收籌劃。
首先個人所得稅方麵。我國現行個人所得稅法對工資薪金采用七級超額累進稅率，月扣除費用為3500元，最低稅率3%，最高稅率45%，超額部分按高一級稅率納稅。而按照我國年終獎金個人所得稅計算方法，可以將年終獎分為12個月，尋找適用稅率計算個人所得稅。筆者認為職工的工資性收入可以采用更為優化的發放方式進行納稅，盡量設法保證年終一次性獎金的稅率不高於月工資薪金的稅率。科研事業單位的人力資源管理部門和財務部門應在全年工資性支出發放時合理調節年終獎與月工資的分配比例，在不違背國家稅收政策前提下，為職工降低個人所得稅支出，製定有效的個人所得稅納稅籌劃方案，從而利於實現職工收入最大化和公平化，有利於提高科研人員工作的積極性，為科研單位吸引人才、穩定人才、用好人才，促進科研事業單位的健康發展起到重要作用。
其次增值稅方麵。筆者所在單位是醫藥衛生行業中的事業單位，承擔部分國家藥品檢驗用標準品的供應任務，同時承擔科研、市場開發服務工作，以及兩份醫藥雜誌的編輯出版工作，成為增值稅一般納稅人。
適用增值稅率包括：非生物類檢驗用標準品收入實行17%稅率，雜誌出版收入為13%稅率， “四技合同”收入為6%稅率，雜誌廣告收入為6%稅率，實驗動物的供應免征增值稅。經科技管理部門認定的技術開發和技術轉讓收入免征增值稅。適用增值稅簡易征收率的生物類檢用標準品在2014年7月1日前為6%稅率，2014年7月1日以後國家統一簡並增值稅征收率為3%稅率。
根據增值稅暫行條例的規定，納稅人兼營不同稅率的貨物或者應稅勞務，應當分別核算不同稅率貨物或者應稅勞務的銷售額；未分別核算銷售額的，從高適用稅率。因此，針對同一納稅人增值稅收入品類繁多，同時適用多種稅率的，必須分類核算清楚，否則的話，可能對納稅人產生不利影響，稅務機關有權從高適用稅率對納稅人所有收入征收增值稅，加大納稅人稅收負擔。
我單位的會計科目設置就比較詳細，在應交稅費/應交增值稅/銷項稅額下設明細科目，分別為：應交稅費/應交增值稅/銷項稅額/ 17%標準品收入稅金、13%雜誌收入稅金、6%服務收入稅金、6%廣告收入稅金、3%簡易征收稅金、動物免稅收入、技術轉讓免稅收入。簡易征收部分設置科目有：應交稅費/未交增值稅/3%簡易征收稅金和應交稅費/未交增值稅/一般計稅轉入增值稅。這樣的設置為我單位合理繳納增值稅奠定了基礎。