約翰遜教授對中國的“三農”經濟問題也進行了分析。盡管他否認農業會威脅中國的經濟增長，但也指出，對快速增長的經濟如果管理失誤，農業不僅會對農民的福利構成主要威脅，同時也會威脅整個中國的經濟及其增長。而當信用過度擴張並引發貨幣供給的增加，從而導致的通貨膨脹超過了政治和社會的承受能力時，就表明對快速增長經濟的管理出現了失誤。中國農業在過去十幾年取得較好的成績主要是由於勞動投入和生產管理及其效率的提高，這些均是家庭聯產承包責任製改革的結果。因此約翰遜教授認為家庭聯產承包責任製是農村經濟改革中最徹底的。約翰遜教授指出政府必須認真對待未來的農業生產。在“中國農村與農業改革的成效和問題”一文中，他明確指出1979年開始的農村經濟改革成功之處遠多於失敗之處。通過對比改革前後農業生產的幾個主要指標，顯示了改革的巨大成功。由於采用家庭責任製，極大地提高了農民的生產積極性，人均收入得到了提高，同時通過改革，農村創造了大量的非農就業機會，農村鄉鎮企業的快速發展也有利於中國經濟的快速增長。當然，改革的缺陷也是比較明顯的，首先城鄉人均收入的差距擴大，同時並沒有建立全國統一的糧食市場。不斷擴大的收入差距將會對未來的社會和經濟穩定造成嚴重的威脅，同時他認為，地區間不平等主要源於經濟機遇的差別，城鄉之間的不平等則更多的是主觀政策的結果，而中國當時的政策極大地偏向城鎮。關於中國農業的未來，約翰遜教授指出，今後幾十年，農業部門和農村地區的就業調整將會成為中國所麵臨的主要困難。調整問題來自於大幅降低農業就業水平的需要，同時，還要找到勞動力的有效替代品，使得農業產出以和農產品需求相同的比率增長。他同時指出，當經濟增長發生時，農業必然要變革。變革的一部分與農業對經濟增長的貢獻有關，另一部分內容與農民對分享經濟增長成果的需求相關。農業變革的標誌是生產率的全麵提高，尤其是土地與勞動生產率的大幅度提高，是通過新知識的運用以及對土地與勞動力的替代品的發現而實現的。隨著經濟增長，農業所需做出的主要調整是改變它所使用的資源數量和結構。為此，約翰遜教授提出要使農村居民與城鎮居民享有同等受教育的機會，同時還要使農村地區成為在生活與工作上更具吸引力的場所，這涉及對農村基礎設施包括道路、電力、通信以及社會與文化活動設施追加大量的投資，加大對機器、設備和廠房方麵的投資及擴大農場的規模，強調繼續對農業科研給予高度優先的投資。
針對中國是否存在糧食問題，約翰遜教授認為中國沒有糧食問題，但中國存在與糧食問題相關的一係列與糧食收購、儲藏和購銷有關的政策問題，包括現行糧食收購係統的低效率以及降低成本和減少浪費在保證糧食安全方麵的巨大潛力。要更多地允許私人買賣糧食，放開糧食收購和零售價格，允許所有糧食價格季節浮動，把國內的糧食貿易融入世界糧食市場。他認為，現行政策的製定和執行過程中的缺陷，不應成為廢除家庭聯產承包責任製、采用更大的集體農場製度的理由，也不應成為壓製單個家庭的積極性、創造性，強行提供各種社會化服務的理由。在家庭聯產承包製度下生產力還可以繼續得到發展。與此同時，政府必須提供對土地使用權的保護，允許土地使用權資源轉讓，通過有效、靈活的市場提供投入要素和服務；而不是回到業已失敗的公社體係。盡管政府決定糧食生產和購銷政策的做法在相當程度上是成功的。但他在對中國農業農村改革的整個過程跟蹤中也發現了一些影響糧食生產、定價和購銷的政策變動呈現出倒退的跡象，對糧食的生產、銷售和農民的福利產生負麵的影響。這主要包括：一是嚴重的政策失誤，造成1992—1993年糧食市場化改革進程遭到挫折；二是糧食的國際貿易決策失誤，造成1995年和1996年兩個大豐收年的年份卻進口了大量的糧食，而如果按照市場環境決策的話，這兩年應是出口糧食；三是現行的糧食價格扶持政策對中國糧食貿易的影響，對於減輕農村人口將要麵臨的調整負擔沒有太大作用。