關稅與貿易總協定，原來是打算作為正式國際貿易組織成立之前的臨時性協定，後來由於一些國家的政府沒有批準1948年3月24日53個國家通過的哈瓦那《國際貿易組織憲章》，所以國際貿易的正式組織未能成立，而“總協定”實際上代行國際貿易組織的職能，它有關完備的機構，履行著約束國際貿易行為的職能和有效的運作。
一、關稅與貿易總協定的組織機構
1.締約方全體和代表大會
締約方全體是關貿總協定的最高決策機構，它每年舉行一次大會，稱為締約方全會。全會由各國政府負責貿易事務的官員參加，召開代表大會時從代表中選出主席、副主席。一旦哪一國的代表擔任主席、副主席就得停止執行本國政府的代表職能。締約方全體可以根據需要召開各國貿易事務方麵的部長級會議。
2.代表理事會
這個機構是1960年第16屆締約方全體會議決定建立的，它是締約方全體大會期間的機構，也是締約方全體的行政機構，它代替過去的“休會期間委員會”。代表理事會有權處理締約方全體大會處理的所有問題，它為締約方全體大會作準備，它有權設立認為必需的附屬機構，它可以監督各委員會、工作組和總協定附屬機構的工作，向締約國全體提出建議理事會主席由締約方全體1年選舉1次。
3.委員會
它是由締約方全體或代表理事會設立的附屬機構。這些委員會有些是常設，有些是為解決專門問題而特設的。目前的委員會有：國際收支平衡限製措施委員會，保障措施委員會，農產品貿易委員會，預算、財政和行政委員會，貿發委員會，關貿總協定貿易中心聯合谘詢小組，聯合谘詢小組技術委員會，十八人協定小組，紡織品委員會，發展中國家優惠安排參加國委員會，反傾銷措施委員會，補貼與反補貼措施委員會，貿易技術壁壘委員會，進口許可證委員會，海關估價委員會，保護措施分支委員會，欠發達國家貿易分支委員會。這些委員會有些是常設的，有些是根據需要設立的，有些是專門為發展中國家的貿易和發展而設立的。
4.工作組
工作組是為處理一些更為具體的技術事務而設立的，其職責是對有關問題進行調查，寫出報告，任務完成後即行解散。有些調查小組是為解決爭端而設立的，其任務是調整爭端事實，協調爭端各方進行磋商、消除分歧。這兩類小組有：貿易工作小組，瑞士加入協定書第4款工作小組，羅馬尼亞稅責工作小組，結構調整和貿易政策工作組，美國農產品進出口限製措施工作小組等。工作組和調查小組都由有關締約國派出，但工作組成員是作為政府身份的代表，而調查小組成員是以個人身份進行工作的。
5.十八國谘詢組
1975年7月11日，關貿總協定理事會通過決議設立由18個國家組成的谘詢組。1979年11月22日，關貿總協定締約方大會決定該組正式確立為常設機構。該組織由關貿總協定總幹事任主席，每年開會3～4次，主席每年向事理會提交一份報告。其任務是尋求和堅持與關貿總協定宗旨相符的貿易政策，適應國際貿易的發展，防止多國貿易體製和國際貿易關係遭到突然幹擾，並采取行動予以解決，並調節關貿總協定與國際貨幣基金會組織的關係。
6.總幹事
《國際貿易組織憲章》規定總幹事是國際貿易組織的主要行政官員，但因為關貿總協定不是正式的國際貿易組織，所以直到1965年3月23日才正式決定設總幹事。總幹事沒有明確的法律授權，是根據經驗的發展而確定的職能和身份。總幹事的職能主要是主持協商性活動和非正式談判，消除締約國之間的分歧，在談判中隻能運用說服力，沒有法律權力和強製手段。總幹事起著總協定的保護者、總協定最佳發展方針的引導者、各締約國消除分歧的協調者、行政工作經理的作用。
7.秘書處
關貿總協定規定設有總協定秘書處，它在總幹事領導下工作。秘書長沒有決策權，隻負責關貿總協定的日常工作。
二、關貿總協定的運作
關貿總協定是最大的、最有權威性的國際貿易組織。關貿總協定大體上以三種方式進行運轉：一是作為締約國一致同意的管理政府貿易行為的多邊規則進行運轉，締約國都要根據總協定製定的原則和各個“回合”所產生的規則進行國際多邊貿易；二是作為貿易談判的場所進行運轉，通過以關貿總協定的規則和規定為準繩，進行多邊或雙邊談判，使締約國進一步開放國內市場，使關貿總協定的規則得到延伸，優化自由貿易的環境，使國際貿易法規有很強的透明度和預見性；三是作為解決國際爭端的法院進行運轉，由關貿總協定出麵調停、解決國際貿易的爭端，使國際貿易的環境逐步改善，貿易壁壘得到消除，以推動國際貿易的增長和世界經濟的發展。