關貿總協定的基本原則是國際慣例，各締約國在一般情況下必須嚴格遵守。然而，針對世界經濟貿易中的特殊情況和各締約國的特殊差異，關貿總協定也規定了許多例外條款，這些條款同關貿總協定的一般規定和要求產生不相一致的措施。例外條款主要有：
一、國際收支平衡例外
當一國遇到國際收支困難，出現嚴重的貿易逆差時，可以實行進口限製。但是以國際收支平衡為理由實行進口限製，必須經關貿總協定成立工作組進行定期審查，當該國的國際收支改善後應取消進口限製。關貿總協定工作組審查一國國際收支情況時，要聽取國際貨幣基金組織對這個國家收支情況的報告。
關貿總協定的這一條款對發展中國家更為有利，允許發展中國家保持足夠的外彙儲備，維持其經營地位，滿足其發展需要。關貿總協定對實施這一條款還有許多嚴格的限製要求，規定進口限製不得超過預防貨幣儲備嚴重下降所必需的程度；對貨幣儲備很低的國家不得超過儲備合理增長所必需的程度。在實行進口限製時要盡可能采取擴大國際貿易，而不是縮小國際貿易的措施；實施限製的國家要考慮其他締約國的貿易和經濟利益，避免造成不必要的損害；實施的限製不得阻礙商業貨樣的輸入，也不得阻礙專利權、商標、版權或類似程序的遵守。此外還有許多防止濫用進口限製的規定。
二、幼稚工業保護例外
有些締約國因某些工業剛剛建立，不具備國際競爭能力，可作為幼稚工業實行進口限製，提高關稅，實行許可證、征收附加稅等辦法，保護該國這類民族工業的發展。但不能籠統把一締約國的整個工業都確定為幼稚工業，而要對具體行業進行認真的審查以確定真正處於幼稚階段的工業及其產品。確定什麼是幼稚工業，要由需要保護的締約國提出申請，交締約國有關組織審定批準，方可確認。
三、關稅同盟和自由貿易區例外
關貿總協定允許和讚同建立毗鄰國家邊境貿易協定、關稅同盟和自由貿易區。允許對邊境貿易、關稅同盟和自由貿易區成員之間互相給予的貿易優惠可以不同時給予非成員國。歐洲共同體、歐洲自由貿易區、美加自由貿易區都根據這一原則相互之間給予優惠，而非加入國則不享受這種優惠。關貿總協定第24條明確規定：“本協定的各項規定，不得阻止締約各國在其領土之間建立關稅聯盟或自由貿易區，或為建立關稅聯盟或自由貿易區的需要采用某種臨時協定。”但是，關稅同盟和自由貿易區在實施例外規定時，不得對其他締約國提高貿易壁壘，對未參加同盟或自由貿易區的國家實施的關稅和外貿規章，不得高於或嚴於未建立關稅同盟或自由貿易區時的一般限製水平。
四、緊急保護措施例外